然而，斯摩棱斯克周围的战斗并未随着该城7月15日陷落于古德里安之手而结束。直到9月的第一个星期，苏军才在铁木辛哥和朱可夫的率领下发起大规模反攻，这次反攻至少暂时地阻止了德军继续向前推进。

斯摩棱斯克战役，沿390英里的战线，持续63天，苏军后撤150英里，58万名参战人员中，“无可挽回”的损失达31万人。如果加上伤病者16万人，则伤亡率达到了令人震惊的80%。

虽然伦德施泰特的第1装甲集团军在7月11日之前突破了苏军第5集团军的防线，进至距基辅仅10英里的地域，但该军无法占领该城。德军先前所取得的成功，让通讯线路大幅延长，这给国防军造成了严重的后勤问题，特别是游击队还在后方不断干扰补给线。

甚至斯大林的亲儿子、第14装甲师第14榴弹炮团的炮兵连指挥官朱加什维利中尉的家人也未能幸免。他于7月中旬在维捷布斯克被俘，他的妻子就在劳动营中被关押了两年。朱加什维利于1943年被枪杀，当时他潜入他所在战俘营的外围区域，也许是想要越狱，更有可能的是他想要用这种方式自寻死路。

对作战初期所俘获的大量苏军战俘--到1941年9月为200万，次年3月增至360万--采取优待措施，至少是理性对待，是大规模合作的必备前提，然而纳粹来此的目的在于全盘的清算，他们甚至无法假装出解放者的姿态，反而偏偏要成为种族灭绝的征服者。

1941年7月进军基辅是希特勒在战争中所做出的引发最多争议的决策之一，他选择攻占乌克兰首都，而不是重中之重的首都莫斯科 。

苏第五军已经后撤，但仍能威胁到挺进乌克兰的德军北翼，所以德军最高统帅部决定，一旦斯摩棱斯克附近苏军被击溃，古德里安的第2装甲集团军与中央集团军群的第2军应中止向莫斯科的前进，折回向南绕到普里皮亚特沼泽地背后以摧毁苏第5军，并和已在此时作战的第1装甲集团军联手攻占基辅。

博克和古德里安反对原计划的这种改变，害怕进军莫斯科的勇猛势头将丧失殆尽，结果这种恐惧为后来的事实应验，但他们二人的意见却被希特勒驳回。

希特勒于8月4日亲自来到罗弗伊鲍里索夫，并说他认为克里米亚是首要进攻目标，否则克里米亚将变为“苏军针对罗马尼亚的一艘不沉的航空母舰”。希特勒意欲从斯大林手中夺取乌克兰的粮食、高加索的石油和顿涅茨地区的煤炭，这让他犯了重大错误，没有继续向莫斯科推进，反而南下准备攻占基辅。

希特勒参谋部想要打败俄军主力，并尽快攻取莫斯科，但希特勒所提出的基于经济战争的大战略占了上风，他为完成这些多重任务，将部队分散各处，这样就抛弃了攻取莫斯科的机会。然而莫斯科是苏联南北交通枢纽的一个重要节点，是苏联行政和政治中心，对于苏联红军士气有着不可估量的影响，而且莫斯科城本身就是苏联重要的工业中心。