至少有18架B—17轰炸机和56架战斗机以及其他飞机被击毁，而日军只损失了七架飞机。到战役打响后的第八天，麦克阿瑟仅剩下50架飞机，失去了空中优势，而且在整个第二次世界大战中，失去制空权往往就会导致失败。然而22400名美国正规军和许多菲律宾正规军进行了坚决抵抗，尤其在12月23日，麦克阿瑟认识到他无法守住马尼拉，于是退至巴丹半岛的丛林、山地和沼泽地区，最后又退至科雷希多岛，岛上拥有17世纪修造的工事，扼守马尼拉湾入口，在岛上他面对的是兵力达20万人的日军。

由于缺乏足够的空中掩护，海军上将哈特将美国亚洲舰队撤回至爪哇海，与更为强大的其他盟军舰队会师。美军原计划让麦克阿瑟在菲律宾坚守足够长的时间，以便派遣太平洋舰队前往救援。但太平洋舰队大部分战列舰都已瘫痪在港内，该计划被迫取消。日军使用新占领的空军基地对其12月10日和22日登陆的侵略军进行了增援。不久之后，日本海军兵力已超过美军三倍。麦克阿瑟的部队又被困于巴丹半岛和科雷希多岛上，所以罗斯福总统亲自命令他撤离菲律宾，结果他于3月11日间成功撤退。

4月9日，巴丹半岛投降，然后日军胜利者们押送美国和菲律宾军队的78000名战俘进行了长达65英里的“巴丹半岛死亡行军”前往监狱。退守科雷希多岛的2000名盟军又继续坚守了27天。由于疟疾横行，饮水只能维持三天，岛上守军于5月6日投降。菲律宾保卫战是美军战史上可歌可泣的诗篇，美军共有2000人伤亡，11500人被俘，而日军伤亡为4000人。

现在盟军已无法继续将马来亚和菲律宾作为反攻基地，日军可以开始发起第二阶段的战略。苏门答腊和富产石油的婆罗洲于2月中旬被占领，而帝汶岛于3月底沦陷。爪哇岛由一支庞大的盟军舰队守卫，荷兰海军上将多尔曼乘坐其旗舰---荷兰皇家海军“德鲁伊特尔”号---负责全权指挥。在2月27日下午和夜间进行的长达七小时的海战中，以及在随后两天内的追击战中，盟军舰队被彻底击败，其所有巡洋舰均被击沉，日军登陆仅比原计划推迟一天。3月8日，爪哇岛上荷、英、美、澳守军全部缴械投降。同日，日军在新几内亚西北海岸登陆，缅甸首都仰光失守。

日军1937年就开始了侵华战争，入侵缅甸已策划四年，而且也如同在其他地方一样，行动如暴风般迅速展开。把缅甸作为将来侵略印度的跳板，日军入侵缅甸可以使敌远程飞机无法飞抵马来亚，尤其可以封锁滇缅公路---盟军联通中国的陆上交通线，并借此切断中国战区总司令蒋介石与外界的陆上通讯联系。征服缅甸是日军参谋本部军事目标中的重中之重。缅甸还富产石油和矿石，可以用作盟军反攻中一个重要的补给站。

由饭田祥二郎麾下第15军两个师组成的特遣队于1941年12月11日在缅甸最南端的维多利亚波因特登陆，然后继续北上。直到日军在马来亚和菲律宾取胜之后，他们才又向缅甸投入了两个师的兵力，以及坦克、防空武器、大炮和空军部队，击退了赫顿手下的印度第17师、部分英军部队和当地缅甸守军。日军得到了昂山将军率领的缅甸民族主义武装的支持，他们破坏了英军通信线路，徒劳而天真地期待着东京会赐予缅甸真正的独立。到1942年1月底，饭田已将赫顿的军队赶出了土瓦和毛淡棉，并于2月18—23日间在锡唐河战役中彻底打败赫顿。一如马来亚，英军过度注重防守道路和开阔地，结果他们频繁遭到日军的侧翼包抄。