1943年前五个月的重点是大西洋战役，英国皇家空军海岸司令部和皇家海军护航航空母舰，成功地为护航队提供了非常重要的空中支援，4月，战斗中海空结合，一直打到了邓尼茨自己在比斯开湾的基地。1943年初，虽然尽量避免平民的伤亡，但是比斯开湾港口还是时常遭到猛烈轰炸。格雷东率领的ONS-5护航队的命运拉开了大西洋战役胜利的帷幕。1943年春天，这支船队在冰岛南端南海岸遭遇恶劣天气。ONS-5护航队的40艘舰船于4月23日，在恶劣的天气条件下，以7节的航速从伦敦德里出发，护航的是两艘驱逐舰，一艘护卫舰，四艘轻巡洋舰，这些舰船比德国潜艇行驶得更慢。4月28日，第一艘德国潜艇在冰岛海岸袭击船队，接下来的九天中，战事不断，其中有一天晚上进行了24次独立袭击，直到5月6日，邓尼茨才取消行动。59艘德国潜艇组成四个“狼群”，向船队发起进攻，这些潜艇共损失八艘，另有七艘遭受重创，盟军损失13艘商船。仅1943年5月，占海上兵力30%的41艘德国潜艇被击沉，德军伤亡惨重，其中包括邓尼茨最小的儿子彼得。

5月24日，邓尼茨被迫从北大西洋撤回所有的潜艇，到柏林向希特勒汇报。希特勒在6月5日的一次会议上告诉他“潜艇战不能停”，“大西洋是我在西方的第一防线，如果非要在那里打防御战，也最好在欧洲沿海打。”德国不再把大西洋看做扼杀英国的潜在手段；现在大西洋可以抵制德军入侵欧洲西北，但是邓尼茨却无法服从元首的命令。6月24日，盟军四年来首次可以让时速15节或以上的船只在没有护航保护的情况下横渡大西洋。1943年9月，虽然还有28艘德国潜艇返回北大西洋，但未来两个月内共有2468艘船只渡过大西洋，德国潜艇只击沉了9艘。尽管大批潜艇投入使用—1943年夏后，从未少于400艘，其中三分之一是可以参战，但是德国大西洋之战的败局已定。盟军1942年损失船只700多万吨，1943年降到了300万吨。虽然数量并不少，但却是盟军可以承受的。1943年8月，被摧毁的德国潜艇的数量超过了被击沉的商船。

1944年初，德军完善了潜艇的“施诺克”通风筒，一根带铰链的空气桅杆，可以使潜艇在充分下沉时，柴油发动机还能够吸进空气、排出废气，这样潜艇不必浮出水面就能进行电池充电，在水中的航行速度可以提高到8节。但是1944年1-3月间，德国损失了29艘潜艇，只击沉了三艘商船，所以德国潜艇无法阻止盟军进攻日的登陆。1944年邓尼茨放弃了在欧洲大陆阻止盟军军队再补给的想法，尤其当一半的德国潜艇在英吉利海峡被击沉之后。1944年6月，图林最伟大的发明—“巨人2”投入运行，正巧可以及时用于诺曼底登陆。这是世界上第一台数字电子计算机，可以实时破译“鱼”和“英格玛”，并可破解德军最高统帅部和西线总司令之间的信息。

苏军沿着波罗的海一路前进，德军不得不把德国潜艇舰队重新部署到挪威。1945年3月潜艇的数量达到一个相当高的数字，但为时已太晚。整场战争德军总共投入使用了1162艘潜艇，其中785艘被毁。德国潜艇一共击沉了145艘盟军战舰，2828艘盟军和中立国商船。整场战争中，英国皇家海军损失了士兵51578人，商队30248个。德国潜艇的艇员异常勇猛，75%的死亡率是德国各军种中最高的，因此他们自称住在“铁棺材”内。

尽管如此，如果纳粹在战前就建立起一支大型的潜艇舰队，英国就可能在大西洋之战中损失惨重，但是也不可能被打败，理由很简单：即使1942年“鲨鱼”密码突然沉寂，但是有美国的参战也就意味着无论损失如何惨重，凭借美国强大的商船生产能力，几乎能弥补任何损失。绝大多数船只都是美国建造的，占总数的六分之一。而且，英国商船队虽然遭到损失，但在整场战争中，其规模一直维持在1600-2000万吨，通过从中立国购买、征收、租用船只和其他手段弥补损失。即使在1939-1941年期间，德国潜艇击沉了大量的船只，英国的商船队规模实际上却增长了75万吨。

这就意味着，1939年德国虽然并不拥有1945年才姗姗来迟的大型潜艇舰队，但是美国参战之后，大西洋战役无论在实际上有多么残酷与艰难，英国的生存能力是从来不必怀疑的，即使当时双方的大多数人并不这么认为。