大约5000年前,由于全新世的大海侵,今珠三角一带地势较低的地方形成一个广阔的浅水湾,俗称“广州溺谷湾”,海岸线一直延伸到今广佛以北。珠江三角洲的大部分花岗岩基底沉入到海平面以下,残留下的一部分变成了今天珠三角平原及珠江口大大小小的岛屿、山丘、台地和丘陵。
由此,与其他大江大河相比,珠江入海口独具特色。一般来说,大河三角洲多为平原,土地平坦、长河蜿蜒。珠江三角洲却是低山、丘陵罗列,台地纵横,其中著名的有广州白云山、中山五桂山、佛山西樵山等。
当海侵退去,珠江水系携带的泥沙逐渐淤积扩展,连接成陆。河流遇到山丘或沙洲时,只能绕行或者分汊,从而形成不同的入海口。相邻山丘之间的决口被称为门或口门。口门两侧的山丘非常坚硬,就像牢固的门框,使原本善变的河道“老老实实”奔流到海。
到清代晚期,珠江水已循六大入海口出海,即历史上的“六门出海”。东边有虎门、蕉门、横门,俗称东三门;西边有磨刀门、虎跳门和崖门,俗称西三门。这些口门也是珠三角的河流与海洋的分界线。
清末民初,珠三角地区进入又一次大开发。滔滔珠水裹挟大量泥沙,在横门与焦门间的乌珠大洋上冲积出一片浅滩沙洲,东莞明伦堂在此围垦,希望在汪洋巨浸之中造出万顷沙田,万顷沙因此而得名。
20世纪初,焦门西侧又辟出一条水产,也就是今天的洪奇沥水产,其入海口则为洪奇门,成为八门入海中的第七门。珠江八门中,洪奇门算是年轻的了,但最年轻的当数鸡啼门。
鸡啼门水道自珠江斗门区尖峰山鬼仔角角起,到金湾区红旗镇小木乃村入海,因河口形似雄鸡啼鸣而得名。鸡啼门并非珠江传统入海口门,而是在20世纪50年代末,白藤堵海防咸工程中江水改道而成。
至此,珠江“三江入粤,八门出海”的格局正式形成。八门分布在珠江三角洲自东至西长达450公里的海岸线上,最东是虎门,最西为崖门。东四门主要承接东江、北江和部分西江水,由伶仃洋汇入南海;西四门承接西江和北江之水,主要在黄茅海等处注入南海。