南岭还发现了先秦时期古人活动的痕迹。狮子岩两座石灰岩山之间有一块峡地,当地人称为“石峡”。马坝人化石被发现14年后,工作人员在石峡发掘出大量陶片、石器和红烧土。后经考古专家多次发掘,石峡遗址先后出土青铜器、陶器、石器、玉器待各类文化遗物1万多件。
考古学家发现,石峡遗址自下而上存在“四叠层”(四个时期的文化遗存):距今约6000年的新石器时代前段文化层,距今约5000-4000年、被命名为“石峡文化”的新石器时代晚期后段文化层,距今约3800-3100年的青铜时代早中期文化层,西周晚期到春秋时期的青铜时代晚期文化层。
在石峡文化时期,岭南先民已开始使用三足陶制鼎烹饪。他们居住的木骨泥墙建筑,与黄河流域史前文化流行的建筑方式接近。彼时,先民会稻作,会纺织麻布。石峡出土的玉琮与浙江良渚玉琮有很多相似之处,表明相隔一千多公里的两地在先秦时期已有交流。
石峡遗址填补了岭南先秦古文化的空白,被评为“二十世纪中国百项考古大发现”之一。