明朝成化十三年，亦即公元1477年，宪宗皇帝朱见深做出一个重要决定，要组织船队下西洋。这个时候已经距离郑和最后一次下西洋过去了整整四十四年了。既然要重拾下西洋，借鉴郑和七下西洋的经验就显得特别重要。
于是朱见深给有关衙门下令，尽快整理郑和下西洋的档案资料，特别是要找到郑和的《航海日志》。可是，令所有人都没有想到的是，当兵部尚书项忠派人进入兵部档案库查阅这些旧档案时，发现关于郑和下西洋的所有档案已经不翼而飞。
从发现档案丢失的那一刻开始，到现在已经过去五百多年了，档案依然没有被找到。一代又一代关注郑和下西洋的人们还抱着一线希望继续寻找档案。除了在明朝档案史料中仔细爬梳外，还到世界各地的图书馆、档案馆寻找蛛丝马迹，然而都一无所获。
那么，这些在二十八年间积累起来的下西洋的珍贵档案文献，究竟去了哪里呢？明朝万历年间出版了一部书，名叫《殊城周咨录》，作者是当地颇有名望的职业外交官严从简。这部书最引人关注的地方，是它第一次披露了郑和下西洋档案的去向。
书中记载，永乐二十二年，即公元1424年，仁宗皇帝即位，应前户部尚书夏原吉之请，停止了郑和下西洋。成化年间，有宦官迎合皇帝的意思，把郑和下西洋之事讲给皇帝听，皇帝遂下诏索取郑和出使的航海资料，但没有找到。
原来是被兵部车驾郎中刘大夏藏匿起来了。刘大夏想，郑和下西洋耗费了数十万钱粮，军民死了上万人，即使从海外获得了奇珍异宝，对国家又有什么益处呢？于是，一气之下，他将档案销毁。
由于严从简的身份是职业外交官，人们对他的说法毫不怀疑，从此以后，刘大夏毁掉郑和下西洋档案的说法得到广泛传播，一直延续了五百多年。一些著名学者、明史专家、史地专家都相信这种说法。
然而，这种说法却受到了一些专家的质疑。刘大夏所担任的车驾郎中是不接触兵部档案的，只有职方郎中才与兵部档案打交道。成化十三年，亦即公元1477年，宪宗皇帝朱见深要重拾下西洋时，刘大夏的职务是车驾郎中，说他此时销毁郑和档案，的确是很牵强的。
那么郑和下西洋的档案究竟去了哪里呢？在明朝万历年间出版了一本书，名叫《酌中志》，作者是宫中的一名太监，名刘若愚，他们把自己在宫中几十年的生活见闻、掌故等加以汇集，写成这本《酌中志》。
该书记载，司礼监所藏之历代典籍，由于管理不善，遗失太多，其中不乏珍贵文献。加上万历皇帝多年不上朝，他在位四十八年，有二三十年不理朝政，任凭朝中大臣自为，有的衙门近乎瘫痪。
皇宫大内管理人员乘机不作为甚至胡作非为，纵容手下偷窃国宝。库中的书卷，更是常年无人悉心管理，因为漏水、鼠咬、虫蛀、霉变等原因造成的损失，有十之六七。书中还提到，皇宫中多次失火，殃及存放档案的库房，烧毁了一些典籍。那么郑和下西洋档案消失，很有可能与此有关。
除此之外，明末战争不断，北京城内屡次大乱，李自成近百万大军进京、清军进京、八国联军占领北京等一系列战事，无不让明宫中档案屡遭涂炭，使得二百七十七年明代档案，如今仅存四千余件，兵部档案仅剩明末年间档案，如郑和下西洋这样的早期档案，如何能在战火中幸免？
讲到这里，有人会提出这样的问题：既然记录郑和下西洋的所有档案全都消失了，那么我们今天还能全面了解郑和下西洋的真相吗？答案是可以的。因为横跨近三十年的下西洋活动除了档案记载外，还必然留下若干痕迹，如当事人的记录、时人的碑刻、郑和航海留下的遗迹等。通过对这些信息的研究和分析，依然能够弄清郑和七次下西洋的基本史实。
在这里，笔者介绍几种具有重要参考价值的文字史料。第一，《瀛涯胜览》。作者马欢曾经跟随郑和参加了第四、六、七次下西洋，亲身经历了下西洋的各种史实，并把二十国的地理风貌等记录下来，修成《瀛涯胜览》。
第二，《星槎胜览》。作者是费信，他曾于永乐七年、十年、十三年、宣德六年四次跟随郑和下西洋，先后到过二十二个国家，每到一个国家，都记下所见所闻，全部航程完成后，便有了《星槎胜览》的成书。
第三，《西洋番国志》。作者是南京人巩珍，曾经跟随郑和参加第七次下西洋，往返三年，访问了二十多个国家。该书自清代乾隆年以后就未发现有传本，直到二十世纪五十年代在天津重新被发现。