麦克阿瑟和华盛顿之间产生了新的危机，这次是关于台湾问题。杜鲁门极为恼火，甚至认真地考虑到要把麦克阿瑟就地免职。他们在两个层面上存在分歧，一个是政治层面，另一个是在军事层面。前者主要是关于台湾问题，使杜鲁门和国务卿艾奇逊跟麦克阿瑟形成对立；后者是关于仁川问题，参谋长联席会议及其在海军和海军陆战队中的同盟跟麦克阿瑟作对。麦克阿瑟他寻求的目的与政府的全然不同，这为以后出现更大的危机埋下了种子。

6月27日，杜鲁门政府改变了不插手台湾的政策之后，台湾危机便从其对待蒋介石的逻辑谬误中显现了出来。虽然美国已正式让该岛“中立化”，从此单方面创造了一个“远东的瑞士”，一个“中立化”的台湾和一个由强权保护下台湾之间的差别用肉眼是难以看得出的，尤其是在北京看来。另外，一旦台湾变成美国的保护地，就难以限制对蒋介石提供直接军事援助。但是，尽管参谋长联席会议和国防部长约翰逊一再摧促，杜鲁门总统还是没有批准这样的援助。显然，军事援助的事需要加以核查。6月25日，杜鲁门批准从麦克阿瑟司令部派出一个考察团前往执行此项使命。麦克阿瑟表示，一俟朝鲜局势许可，他便计划亲自赴台湾一趟。

同时，美国情报部门发现，在台湾对面的大陆，中共军队有大量集结的迹象。7月25日，参谋长联席会议指示麦克阿瑟把第七舰队派往台湾水域示威。7月28日，参谋长联席会议致信国防部长约翰逊，如果红色中国执意进攻台湾地区，单靠第7舰队是难以完全挡住的，红色中国的一些士兵或许会突破进入该岛，危及蒋介石的政治并在国民党军中引发叛逃；参谋长联席会议建议授权蒋介石的军队对大陆的两栖集中地实施突袭，并在台湾对面的大陆水域布雷。国防部长约翰逊同意了参谋长联席会议的建议，但国务卿艾奇逊坚决反对。他认为，轰炸大陆，即使完全由中国国民党飞机去实施，也是不行的，因为显然美国要对此负责，这样便会激怒友邦，特别是英国，甚至可能会挑起与红色中国的战端。

在当时正在保卫台湾的第7舰队司令的陪同下，麦克阿瑟到达了台北市。麦克阿瑟的来访给了蒋介石一个让美国难堪的机会，他暗示他和麦克阿瑟之间存在一个秘密协议。这使得杜鲁门和已经承认了红色中国的英国大为恼火。但是，最大的危害来自于在红色中国所产生的后果，红色中国很自然地把远东司令亲自访问台北看做是一个证据，证明蒋介石与美国之间结成了新的可能是进攻性的联盟。

国防部长约翰逊还请参谋长联席会议起草一则电文，授予麦克阿瑟永久权利，任何时候情报部门发现中共攻台在即，他便可批准国民党进攻大陆。结果却是，约翰逊的提议惹得杜鲁门怒火中烧，由此进一步削弱了约翰逊本人在总统心目中日益下降的地位。8月5日，根据杜鲁门的命令，以约翰逊的名义发出一份电文告知麦克阿瑟，杜鲁门6月27日发布的台湾“中立”的命令仍然有效，台湾的地位没有改变。