1926年1月1日，国民党召开第二次全国代表大会。蒋介石的左派姿态表现得更加鲜明。除了继续宣传帝国主义、北洋军阀和一切“不耕而食、不织而衣”的资本家、大地主、土豪劣绅“是我们的敌人”这种阶级斗争的观点以外，他更在宴请与会代表的演说中，明白阐述他对联俄容共政策的看法。
他指出：“中国革命完全是世界革命，我们要中国革命成功，一定要联合世界的革命同志。苏俄是世界革命的策源地，亦是世界革命的中心点。”同样，蒋也公开为共产党员进行辩护，强调：“共产分子是本校本军为最多，可是他们在本党是实行三民主义的。”在他看来，“本党反对共产与拥护共产者，皆非主义之争，不过为私人的权利和意气之争。”
显而易见，在这样一种思想支配下，蒋介石对于国民党二大上共产党人地位的加强与上升，并无太多的反应。至少，在蒋介石这时的日记中，我们还看不到蒋对二大后共产党人在国民党内权力明显扩张这一点有什么样不满的反映。
在整个二大及二届一中全会召开期间，蒋的主要注意力其实更多的还是集中在北伐的问题上。从1926年1月初开始，他就在极力推动北伐的实行。对此，鲍罗廷最初也曾给予相当支持。但蒋无论如何想不到，1925年7月间，他最为信赖的苏联军事顾问加伦将军奉调回国。1926年1月，支持北伐，对他帮助最大的政治总顾问鲍罗廷也突然辞职回国。
接任军事总顾问不久，全面接替加伦和鲍罗廷工作的季山嘉竟然对北伐大加阻拦。蒋介石当然不会了解，苏联顾问对北伐行动的坚决反对，纯粹是因为斯大林和共产国际东方部都有明确指示，要阻止广州进行北伐。因此，不明就里的蒋不会把账算到莫斯科的头上，他只会对季山嘉等人在北伐问题上的出尔反尔和不容商量的武断干涉，产生极大的不满甚至是猜疑。
北伐之结尚未解开，军事委员会忽然又削减了已经定好的黄埔军校经费，平白无故把减下来的部分挪给了本来经费已经不少的第二师。该师是在蒋介石指挥下的第一军的主力之一，但师长王懋功自代理广州卫戍司令以来，与季山嘉和汪精卫走得较近，表现左倾，引起孙文主义学会的忌恨，早有许多流言，让蒋猜疑和不满。如今军委会的做法更不能不使蒋怀疑季山嘉想要把第二师从第一军中挖走。再联系到季山嘉在北伐问题上的态度，蒋尤不能不怀疑季山嘉别有企图。
蒋的性格一向是，合则聚，不合则离。既然大权在季山嘉等人手里，你看不上我，我也不伺候你。于是，蒋不仅辞去第一军军长一职，而且更先后要求辞去广州卫戍司令和东征军总指挥的职务，甚至向汪精卫提出发“赴俄休养”。
2月24日，国民政府组成两广统一委员会，在原有的6个军的基础上，不知何由，空出第七军的名义，而将广西军队改编为第八、第九军。季山嘉等人这种奇怪的做法立即惹起蒋的强烈反弹。联系到将近两个月来种种可疑的情况，他断定此举一定季山嘉等想通过把王懋功的第二师拉出去，另立为第七军，进而削弱自己力量，并夺取广州控制权的一个重大阴谋。
因此，他26日即采取行动，一举将王懋功扣押起来，随即遣送上海，同时任命自己的亲信刘峙接替了第二师师长一职。蒋介石注意到季山嘉并没有马上辞职回国的意思，他不能不担心季山嘉还会采取其他手段对他进行报复。而随后新任第二师师长高峙和邓演达送来的油印反蒋传单，更进一步证实了蒋介石的猜疑，即共产党人很可能会被人利用来反对自己。
就这时的蒋汪关系而言，断言蒋表面上与汪打得火热，实际上把汪同样视为“假想敌”，似欠公允。蒋自知自己资历上远浅于这时的国民党政治领袖汪精卫，汪对其迅速崛升又有相当帮助，蒋这时仍把汪视为可与之交心的上峰与朋友。也正因为如此，与季山嘉的过节乃至整个政策的把握问题，如怎样避免大权旁落，既与共产国际一致行动，又不失主动地位等，他都愿向汪精卫提出并讨论。
有汪精卫的理解，即有国民党组织为后盾，他虽对共产党人有担心，这时也止于批评。让蒋再度意想不到的是，3月14日，当他与汪精卫谈话时，他发现居然连汪也开始对他表现出不耐烦和轻视的态度。这表现在汪明显地相信季山嘉的话而听不进蒋的解释。这一情况显然使神经已经十分脆弱的蒋深受刺激，蒋思想上由此更陷入极度焦虑之中。
想到汪的地位和作用举足轻重，若汪亦不信任自己，再有季山嘉在帝怂恿策划，加上共产党从旁相助，后果岂堪设想？更为严重的是，多疑的蒋马上开始怀疑安排王懋功脱离第一军的计划中也有汪精卫的份。蒋作为一个职业军人，考虑问题及处事直来直去的方式，加上其自身的多疑性格，在政治上和人事上稍遇复杂情况与变化，就难免会陷于极度疑惑乃至焦虑之中。
就在这时，又一个看上去多少有些偶然的误会使蒋介石本来就绷得过紧的神经再也承受不住了。3月18日傍晚，因由上海开往广州的商轮定安号被匪抢劫，有人向黄埔军校求助，军校值班人员当即电请驻省办事处速派船来，以应急需。办事处主任随即向海军局请援，海军局当天夜里即令中山舰出动。次日晨7时，中山舰遂驶往黄埔。
中山舰驶出不久，因俄国考察团上午提出要参观中山舰，海军局身为共产党员的代局长李之龙于是又打电话请求正在广州的蒋介石，告以俄国考察团参观一事，询问可否将中山舰调回。这时又恰好汪精卫两三度问他是否或何时回黄埔，蒋正疑心汪的用意，一听说中山舰没有他的命令已开去黄埔，顿时怀疑其中有诈。
联系到他的赴俄护照刚好得到批准，本来就处于高度紧张当中的他马上就得出结论，相信多半是有人准备用他对付许崇智和王懋功的办法，把他架去苏联。西山会议这时散布的种种谣言，自然更加剧了蒋的紧张心理。
既如此，蒋介石像以往遇到此类事情的反应一样，一气之下，不顾一切，撂下工作马上走人。当然，这时的走，不过是“准备回汕头的东征军司令部所在地休养”而已。走在路上，他一直处在极度愤怒之中，始终认定“对方设法陷害，必欲使我无地自容，不胜愤恨”。蒋这里所说的“对方”，显然是指汪精卫与季山嘉。
但左思右想之后，蒋终于发现悄悄溜走绝非上策，反而容易给汪、季等打击自己进一步提供口实。回到东山寓所后，蒋与部下连夜开会，“四时往经理处，下令镇压中山舰阴谋”。 蒋介石所以会去而又返，并不惜动武，根本原因是因为他已有了武力的凭借，大可不必像过去完全以消极的办法处之。
事变发生后，汪精卫悄然遁迹，蒋介石自认为怀疑得到证实，因而断言：“为人不可有亏心事也”，“精卫如果避而不出，则其陷害之计，昭然若揭矣”。蒋介石爱使性子，容易走极端的性格自然也是重要原因。自负的心理和强烈的抱负心因此已变得更加亢奋，北伐的提出与坚持，就是明证。
如今，蒋自视已没有几位真有资本和威望可以承担孙中山重托的人选，在党面临如此重大的历史选择面前，是拱手把党让给汪精卫和季山嘉去摆布，还是不顾一切阻止党权旁落，自己冒险挺身而出，不惜犯错误以证明自己问心无愧呢？联系到蒋介石过去一向不撞南墙不回头的历史，我们也不难想象他一定会选择后者。