蒋介石提出整理党务案，目的是限制共产党的发展，确保自己的和国民党的政治生命与前途，而不是想要马上和共产党分手。一直在做军校校长并且带兵打仗的蒋，比较国共两党军官教员和学生的工作精神和工作能力，他的感受同孙中山、戴季陶等人一样，深知共产党青年“最能奋斗”。
因此，当他在“三二0”事变后开始考虑不得不让第一军中的共产党员党代表退出去时，他最突出的感触就是：“对于退出军队之共产分子甚难怀也，军队政治工作无人”了。 基于这样一种心态，蒋介石虽然对视为自己看家本钱的第一军，不得不采取断然处置，却并不愿意看到两党关系的根本破裂。
他因此还是反复宣传过去的观点，即国共两党应当在三民主义的基础上团结起来。他力图向共产党员说明，中国今天需要的首先是三民主义，然后才是共产主义。也正因为如此，蒋仍在试图根本消除军队内部两党党员的冲突。他取消了青年军人联合会和孙文主义学会，自己出面组织了一个黄埔同学会，既请了孙文主义学会的干部，也请了青年军人联合会的干部来参加筹备和组织，力图使两派同学慑于自己的权威而不再相互对立。
在北伐开始之后，蒋更打破畛域，重新启用了一批共产党员进入第一军参加军事工作，如蒋先云、包惠僧等。既不愿意看到共产党员统统退出军队，又深知整理党务案通过后，两党关系已呈不进则退之势，再难将共产党员重新收到麾下来，蒋介石开始设想最彻底的解决办法。
很明显，他早就怀疑，中国革命是否需要有两个革命党。就思想上而言，他在事变后已经逐渐地回到孙中山的观念上来，开始怀疑阶级斗争的主张在现时是否必要。过去他极力宣传国民革命不仅要反帝反军阀，而且还要反对地主资本家和土豪劣绅，否则不能完成革命。如今，他悄悄地改变了说法，再三说明国共两党的区别，就在于它们所代表的阶级不同。
要说服共产党员相信，国民革命只要有国民党，暂时不需要共产党，在蒋看来，一个重要的理由就是，国共两党现阶段的革命目标是同一的，没有必要互争短长。而且中国革命是世界革命的一部分，世界革命有第三国际统一指挥，中国的国民革命是要由国民党统一指挥的。
正是基于这样一种思想，蒋从6月初开始，一直在设想如何使国民党取代共产党而成为共产国际的一部分，接受共产国际的指导问题。因为事情很清楚，只要共产国际仍旧只承认中国共产党，而不承认中国革命必须要由国民党“一个党来专政和专制”，中国革命两个中心、两个主义的问题就仍然难以解决。
蒋介石为此一方面专门派邵力子为代表，前往莫斯科与共产国际正式接洽要求加入共产国际，确认国民党对中国革命领导权的问题。 蒋介石号召跨党的共产党员退出国民党，不可避免地会引起共产党人的不满。广东共产党领导人张太雷针锋相对地发表了一篇《到底要不要国民党》的文章，表示说：不要以为共产党对5月15日整理党务案的让步，是因为共产党要靠国民党来过寄生的生活。
对此，蒋在6月28日的讲演中公开做了答复。他一方面严厉批评了张太雷“不要这样轻侮国民党”，另一方面也表示，“我们中国国民党同中国共产党，确定是要合作到底的。”“而要做到这点，一定要党籍分明，或者是脱离CP，或者是脱离国民党，这样才能消除我们将来关系破裂的祸根。”
蒋介石大权在握后的第一件事，自然是北伐。二届二中全会过后，国民党中央执行委员会即通过“迅速出师北伐”等提案。北伐既经提出，蒋立即提出党政军民财政等各项权力的集中统一与在后方实行总司令领导下的独裁体制的问题。据此，7月7日，在蒋介石以北伐总司令的名义于1日下达了北伐部队总动员令后，国民党中央政治委员会即公布了《国民革命军总司令部组织大纲》，规定总司令统辖国民政府属下所有海、陆、空军，对国民政府与国民党在军事方面负完全责任。
蒋介石力主革命应由一个党来专政和专制，甚至劝告共产党员退出共产党，但这不不表明他这时已经决心反共，而是企图取消共产党的独立性，使共产党接受国民党，特别是他本人的领导。
足以说明蒋此时思想状态的是7月24日他给张继的一封回信。张继是西山会议的重要支持者。整理党务案后，张即致函蒋，说明仅以整理党务案决议而限共，不足以消除共产党谋代国民党计划之威胁。蒋回函称，共产党乃革命党，与革命党合作，为既定政策，不应变更。通过整理党务案后，亦不复存在共产党篡据取代国民党之可能。
因此，可以肯定的是，蒋这时虽已大权在握，并在相当程度上改变了过去的某些看法，但尚未走到根本改变孙中山的容共政策这一步。基于此，蒋介石对共产党员在军队中的作用仍旧相当看重。注意到只靠国民党还无力完成北伐的革命目标。他一方面向中共及苏联顾问表示，希望退出第一军的共产党员回去工作，一方面再三公开强调总理联俄容共两大政策不能动摇。