不过，坦率地说，蒋介石与共产党人的冲突，更多的还并不是表现在对工农运动的不同态度上面。至少在蒋介石的各种言辞记录当中，其责难共产党人的原因，主要还是怀疑共产党人暗中挑动民众，制造倒蒋风潮。
他显然不了解，中共中央这时其实曾一再叮嘱各地党部，要设法维系与蒋的关系，包括迎汪，也“必以蒋同意或前敌战事大胜为条件，万万不可鲁莽从事”。如蒋坚不让步，也可以实行“汪暂不回，以广东省政府权交给左派”的策略以为妥协。
问题是，无论中共中央和共产国际代表怎样向蒋许诺保证，基层组织依旧还是把迎汪同倒蒋混为一谈。甚至还在1926年11月间，就已经出现“打倒蒋介石”的呼声。如果说对武汉工人和黄埔军校学生中的反蒋言论，还只能怀疑是共产党挑唆的话，那么，随着鲍罗廷借迁都之争公开批评斥责，却让蒋砸实了自己的猜测。
将党政中心从广州北迁的问题，是随着汉口占领后逐渐提上议事日程的。蒋9月上旬考虑到武汉地理位置重要，实际控制权却落在湘军领袖唐生智手中，故建议谭延凯等先行来汉“主持一切”。此议虽未能得到10月国民党中央委员与各省区代表联席会议的赞同，11月中旬却因鲍罗廷改变主意，致使中央政治会议临时会议于26日正式同意迁都武汉的方针。
很快，鲍罗廷就于12月10日率领部分国民党党政领导人先行抵达武昌。鲍罗廷一行动身不久，广州中央党部和国民政府就于12月5日宣布停止办公，也开始分批北上。鉴于这种情况，鲍罗廷提议在中央执行委员会政治会议未迁到武昌开会之前，先由国民党中央执行委员和国民政府委员组织临时联席会议，“执行最高职权”，此一提议当即得到通过。
注意到蒋介石实际上身为国民党党政军最高领袖，蒋委托战时暂行代理其中央常务委员会主席职务的张静江，因此也被排除在“最高职权”之外，蒋再度处于可能任人摆布的地位，不难了解他对此会产生怎样一种感想。
蒋最初对这种联席会议的设想，可能带来怎样严重的权力挑战，尚未十分了然。因此，他开始虽有不满，但并没有公开反对。经过短暂的犹豫之后，他终于发现同意联席会议可以代行最高职权，势必等于重新让苏联顾问说了算。即使这只是一个暂时的过渡形态，一旦它通过决议推翻二届二中全会以来的种种军政体制，“三二0”以来的所有努力都将化为泡影。
据此，蒋不得不于1927年1月3日乘张静江、谭延凯等中央执行委员路过南昌北上武汉之际，召集中央政治会议第六次临时会议，劝说与会者同意将最高权力机关暂时设置于他直接掌控的南昌，迁都问题以后再议。蒋介石对联席会议的抵制态度使鲍罗廷进退维谷。
如今若向蒋妥协，同意中央党部和国民政府暂驻南昌，鲍罗廷不仅颜面尽失，更重要的是等于拱手把中央权力送到蒋介石手上去。鲍罗廷早就设想北伐军到武汉后，可利用蒋介石与唐生智等地方派系的矛盾，逼蒋交权。他乘中央党部和国民政府北上之机迅速成立联席会议，接管“最高职权”。
鲍罗廷首先致电莫斯科，声称在迁都问题上不能对蒋妥协，否则不仅会大大加强蒋的独裁地位，而且难免会被北方军阀和帝国主义看成是广州软弱的表现，自己也将会因此而无法在现在的岗位上继续留任，非辞职不可。莫斯科回电反对鲍罗廷因为任何理由离开国民党中央的领导岗位，它也赞同鲍罗廷的担心，他同时仍建议鲍罗廷应亲赴南昌劝蒋，争取妥协解决争端。
既然莫斯科基本赞同他的意见，鲍罗廷遂横下一条心，不惜与蒋介石摊牌。据此，他在1月12日欢迎蒋介石一行来武汉的宴会上，直言不讳地批评有军人摧残党权、欺压CP和妨碍工农运动的发展，进而指名道姓地对蒋说：“蒋介石同志，如果有压迫农工，反对CP的这种事情，我们无论如何要想法子打倒他的。”
鲍罗廷这时的杀手锏，多半有三个，一是在武汉的财政部长宋子文掌握着所需的大笔军费；二是留在南昌的其他中央执行委员，如谭延凯、何香凝等亦不愿随蒋破裂；三是唐生智等相当一批北伐将领已在武汉方面领导之下。与此同时，鲍罗廷同样相信各地工农运动正在广泛兴起，它势必会对国民党及其北伐军形成强大的牵制作用，各地赞成迎汪的国民党人声势日渐浩大，必然会对蒋介石造成极大的压力。
正因为如此，鲍罗廷虽然事后也曾一度忐忑不安，担心自己的做法过于唐突和冒险，会太过损伤蒋的自尊心，但他却没有停止推动剥夺蒋的党政权力的斗争。
蒋介石在迁都问题上前后不一，强令暂以南昌为都城的做法，使武汉的国民党左派极为不满。蒋介石刚一离开武汉，国民党左派领袖和共产党人就大张旗鼓地发起“恢复党权运动”，以打倒“昏庸腐朽分子”为名，明批国民党中央常务委员会代理主席张静江，暗批蒋介石。
武汉国民党左派还决定利用人数优势，于3月召开二届三中全会，重定党政军领导体制。但他们没有想到，此时的蒋介石在北伐已经得到了不少拥护者。 在这方面，最典型的是蒋介石的军队所经过的江西、福建、安徽、浙江等省，社会中上阶层所表现出来的拥蒋热情。
蒋介石到来后，为抗拒共产党人和左派国民党人，往往会借助于本地倒戈的军事领袖，或选派政治上区别于激进派的亲信，另立党政机关，以控制地方。对于这些地方的工人、店员和农民群众，凡与共产党工会农会不合者，他们都会积极予以扶植。纵使找不到合适的扶植对象，他们也能够找到青红帮组织伪造工会团体，与共产党人的工会组织相对抗。
蒋介石对其亲信支持、指使拥蒋的工人、店员，甚至是青红帮分子，在众目睽睽之下冲击共产党人和左派分子领导的国民党党部、工会等机关团体，甚至大打出手，常常是默许，时而干脆就是变相鼓励。在这里需要指出的是，蒋介石开始不择手段地来与跨党分子争夺地方和群众，是与他所感受到的权力失落的威胁程度密切相关的。
直到1927年3月之前，一直跟着蒋工作的郭沫若虽然对蒋在个别地方工人运动问题上的处置手法心存疑问，却并未发现蒋有明显异常的表现。但在3月上旬之后，当蒋被迫同意中央党部和国民政府迁鄂，紧接着武汉又召开了旨在削弱其权力的二届三中全会，郭沫若才意外地发现蒋介石开始大踏步地转向极端。
当时，蒋介石掌握的是军权，武汉国民党左派掌握的是党权和政权。在旧中国，军权大于一切。武汉国民党二届三中全会企图以后者取消和限制前者，其后果应当是可想而知的。