孙中山与共产党人的相同点，主要在于他们当前所面临的主要敌人和决心用激烈革命的方式取得政权的观念是相同的；而他们之间的最大区别在于，孙中山没有特定的依靠对象，因此也不存在固定的敌人，一切取决于人们是否赞成和接受他的政治主张。
共产党人却坚持以阶级画线，相信社会上存在着压迫与被压迫、有产与无产等相互对立的不同阶级，自己是被压迫阶级和无产阶级的代表，只能依靠被压迫阶级和无产阶级。从共产党人的角度出发，当然不会接受孙中山和国民党的政策主张。共产党人充其量不过把孙中山和国民党看成是俄国二月革命的领袖及其资产阶级、小资产阶级政党，相信或迟或早，都必须发动十月革命，造成自己的政权。建立在这样一种基础上的共产党和孙中山的关系，自然会存在矛盾甚至冲突。
陈独秀已是中共党内这时比较看重孙中山和支持加入国民党的一派领导人了。即使是陈独秀，刚刚加入国民党，也明白提出：对国民党既要联合，也要斗争。就在马林1922年夏天从莫斯科拿到共产国际支持建立国共“党内合作”关系的八月指示不久，共产国际第四次代表大会就通过了一个明显有些不同的较为激进的决议，以强调共产党的独立地位。
决议指出，中国共产党的任务就在于，要以在民主基础上实现中国统一的倡导者的身份开展活动。应该将自己的主要注意力用于组织工人群众、成立工会和建立坚强的群众性共产党方面。受到这种观念的影响，无论是共产国际内部，还是中共中央内部，对马林不满的倾向迅速升高，甚至很快就出现了指责马林右倾的声音。这种批评自然使马林的工作遇到阻力。
1922年12月23日，马林为了证明自己的方针正确有效，再度返回莫斯科，申诉意见。他对中共党员加入国民党以来四个月间的两党关系，做了十分乐观和充满希望的描述。马林坚持，任何试图修改几个月前共产国际关于国共关系的指令，“希望把我们的力量集中在建立自己的群众性共产党的人，在我看来是完全不顾现实情况的。”他认为，应当采取“革命的机会主义”的态度，因为现实的情况是中国并不存在真正的共产主义运动，即使存在，也只有在与民族主义运动密切合作的情况下才能发展。
马林的报告明显受到部分与会者的质疑。1920年4月最早受命前往中国帮助推动建立共产主义小组的维经斯基，坚持把教育落后国家共产党开展对本国资产阶级民主运动的斗争，和发展无产阶级运动作为共产国际特别重要的任务。他认为，加入国民党之后，中共有丧失自身独立性的严重危险。
对于马林与维经斯基等人的争论，共产国际领导人布哈林这时采取了“和稀泥”的策略。布哈林既不反对维经斯基提出的建议，也不反对马林的观点。他的说法是：在目前，“最重要的任务是中国的民族革命”，但“具有特殊重要意义的任务是成立工人政党”，二者不可偏废。
会议最后形成的文件事实上是妥协的产物。决议肯定国民党是中国唯一重大的民族革命集团，强调国民党是上工人、知识分子、华侨和商人四种人组成，工人运动尚不强大，中共党员应当留在国民党内，这大都符合马林的看法。但是，指出国共党内合作“不能以取消中国共产党独特的政治面貌为代价，党必须保持自己原有的组织和严格集中的领导机构。中国共产党重要而特殊的任务，应当是组织和教育工人群众，建立工会，以便为强大的群众性的共产党准备基础”，这无疑是维经斯基等人的意见。
一方面强调“全力支持国民党”，“立即着手把中国最大的、真正的政党国民党建设成为一个群众性的政党”，准备向国民党提供大笔援助；一方面坚持独立地开展共产党的工作，强调共产党要大力组织和争取工人群众，争取“建立强大的群众性的共产党”，这明显是一个自相矛盾的任务。事情很明显，孙中山为争取苏援而接纳共产党，想要借此发展、壮大国民党。而共产国际和中共内部却更指望中共自身迅速发展，对要不要“全力支持国民党”意见冲突。这种情况难免不会对本来就极其微妙的国共关系产生负面影响。
1923年2月7日，被中国共产党人引为骄傲的京汉铁路工会领导的罢工运动遭到了直系军阀吴佩孚的武力镇压，一度颇具声势的北方工人运动一朝颠覆。这种情况对共产党领导人震动极大，开始意识到孙中山的国民党及其广东革命根据地的价值。于是，马林的观点在党内得到了广泛的同情。
1923年6月，中共召开第三次代表大会。陈独秀开始赞同马林观点，在他起草的决议案中承认：中国产业落后，工人运动尚不强大，“自然不能发生一个强大的共产党”。因此，“我们须努力扩大国民党的组织于全中国，使全中国革命分子集中于国民党，以应目前中国国民革命之需要”。
但是，负责党的理论宣传工作的蔡和森和负责工会组织工作的张国焘，以及北方工会组织的代表都持不同意见。他们坚持：“在中国没有哪一支力量的发展速度能与工人力量的发展相比，在许多地方我们可以控制工会工作，那里没有国民党的影响。国民党是资产阶级的政党，是我们的敌人，我们不能帮助他们，不能扩大他们的影响。”无论如何，“不要把工会运动从我们手中转到国民党手中”去。
问题是，“二七”惨案发生之后，党内的激进情绪已大为软化。蔡和森和张国焘的主张没有能够得到与会者的积极响应。马林的理由很有说服力，既然中共几年之内很难在秘密工作的条件下成为一个群众性政党，我们无论如何不能等到中共有条件发展壮大后再来进行国民革命。既然国民党有充足的政治资源，又具有国民革命的明显倾向，苏联也决定全力支持国民党，中共当然责无旁贷地应当加入国民党，协助苏联帮助国民党改组并推动它走向反帝革命。
马林最终促使中共三大作出决议：不仅正式批准中共党员加入国民党，而且没有直接提到任何旨在争取建立群众性共产党的实际目标。
马林的热情未能够得到孙中山的配合。1923年初，广州克复，孙中山回到广州，设立大本营，重新埋头于军政事务之中，国民党的改组工作因此逐渐停顿。这不能不让马林倍感沮丧。在马林的观念中，革命只能像法国以及俄国革命那样，在中心城市宣传和组织群众来进行，反对任何利用军阀夺取地盘的“革命”方式。他甚至不止一次地在中共的刊物上化名发表文章，批评国民党的这种做法只会使自己日益背离下层民众的意愿和需要。
马林对孙中山态度的变化，十分焦虑。他终于不能不转而注视中共的作用，企图通过国民党内的共产党员，引导国民党去执行“国民革命的政策”。马林据此推动中共中央通过决定，以中央委员会诸委员的名义，联名致函孙中山，要求他在华南停止军事行动，到上海去，组织工商学界的国民会议，把现有的各联合会组织成为自治政府。他建议，如果孙中山不能接受，“李大钊在北京和其他城市的其他同志，就要着手去把国民党的地方支部争取过来，采取党的这个新策略。”
但是，李大钊等人的一系列努力却并未取得实际效果。在西北或东北建立一支军事力量，是孙中山久已有之的梦想。为此，他坚持与张作霖保持密切关系，同时极力劝说苏联政府的代表，支持他在中国西北地区建立军事基地。孙明显地对坚持广州根据地和发展自己的军事力量给予了更多的关注。
这时，马林在极力协助苏联外交代表越飞，为孙中山争取到俄国的援助之后，突然发现自己犯了一个致命的错误。注意到孙中山在军事上的进展，马林开始失去耐心。在他看来，孙中山军事上越有利，他就会越满足于政治谋略，“而更不乐意与我们接近”。因此，他尖锐批评越飞不该为孙中山争取到财政援助，断言“拿钱支持国民党是不负责任的”，“从经济上支持孙在南方的军事计划并无益处，那些计划其实并没有革命意义。”马林提出，与其为了帮助孙中山控制广东，真不如用钱帮助为数不多的共产党人。
但到这个时候再来鼓励共产党进一步展开对国民党的批评和竞争，已经太晚了，它反而会让正在期待苏联援助的孙中山怀疑共产党人蓄意拆台。随着陈独秀等人在中共中央机关刊物上一再发表文章，批评国民党幻想占据广州一隅之地，利用军阀实行北伐来成就中国革命的做法不切实际，孙中山很激烈地表示了他的不满。无论如何，孙中山坚决维护国民党、不允许身为国民党员的中共代表人公开批评国民党的态度，是再清楚不过了。
为此，中共中央立即紧急召开会议讨论。根据各方汇集的情况可知，不仅孙中山对中共的批评强烈反感，而且上海和广州的国民党人都表示出同样的情绪。他们甚至怀疑陈独秀等人只是想利用国民党，孙中山委任他为大本营宣传委员长，他却在利用这一职务做同国民党决裂的事情。身为国民党员的中共领导人面对这种情况，深感为难。
按照共产国际的决议和共产党自身的观点，他们无法对国民党在政治上的问题和不足视而不见，否则就不足以显示其组织上的独立性；但基于共产国际中共党员必须留在国民党内的决议，他们又不能轻易破裂与国民党的关系。讨论后，最后的决定是，继续过去的路线，在批评上避免激烈词句，同时加强有利于国民党的宣传。这样一种方针，显然不可能解决问题。
到1923年7月，马林不仅自己灰心丧气，而且也失去了共产国际的信任。眼见在马林的影响下，中共中央以国民革命为中心任务，自身的发展宣传工作受到影响，共产国际东方部对这位荷兰人有理由强烈不满。这样，马林成了东方部官员嘴里的“右派”的代名词，最后被调离了中国。