6月21日，武汉方面寄予最大希望的盟友，第二集团军总司令冯玉祥，与武汉最大的敌人蒋介石等人在徐州举行会谈。冯玉祥及其国民军自1925年以来一直得到苏联的大力援助，从经费到武器、到顾问，苏联援助冯的力度甚至在某些方面都超过了给国民党的援助。但是，冯玉祥并不因此听命于苏联或由共产国际扶助的共产党。
他这时已经开始对造成种种矛盾冲突的党部与农协发生反感。但建议，立即送走鲍罗廷，武汉政府与南京政府“合而为一”。 冯玉祥一回到驻地，就采取分共做法。其具体办法是，虽然与朱培德一样是和平礼送，政治上却学习了南京清党的一些经验。
他这时公开告诫军政人员要认清主义，摆脱共产主义影响，并明令：1、不准跨党；2、共产党跨党领袖一律解除职务、开除党籍，必要时得以严重监视；3、在国民革命期间，不准以共产党名义活动，也不准假国民党名义做共产党工作，违者按反革命条例治罪。之后，冯将全军200多名政工人员统统集中起来，赠以川资，遣送出境了事。
6月28日，第三十五军军长何键率先发表宣言，指责“两湖地方，民众团体，时常发现越轨行动。”宣言完全抹杀工农运动的正义性和取得的各项成就。何键的宣言，再加上社会上迅速流传工人纠察队将缴三十五军军械的谣言，武汉也已经山雨欲来风满楼了。
据蔡和森回忆，这一天谭平山报告，武汉国民党人中最鲜明地赞同工农运动的邓演达已弃而走，行前特别告诫共产党注意，汉口的马日事变即将来临，何键一定开刀无疑。
据此，张太雷当即提出，纠察队、童子团问题今天一定要解决。考虑到自夏斗寅叛变以后，工人纠察队人心已散，队员纷纷逃跑，留之亦无大用，且给军队政变以口实，故经周恩来请示中央军部和省委军部后，决定“宣布解散纠察队，实际编入张发奎军”。
然而，解散之说刚一传出，原本早就人心惶惶的纠察队及其办事人员马上“弃枪弃职，逃走一空”。而受到何键宣言鼓动的三十五军及卫戍司令部的部队得知纠察队解散，转眼就派兵去抢占全国总工会和省总工会的房子。第二天国民党政治委员会开会时，对共产党此举表示赞赏，并下令严禁匪徒骚扰或损害工会。
实际上，尽管形势发生很大的变化，武汉国民党人和中共中央也并没有马上放弃和国民党合作的努力。汪精卫一再表示自己两边受气，这边共产党各行其是，“似不与之合作”，那边军队将领公开威胁取缔工农运动，逼迫中央与共产党分离。
有鉴于此，中共中央为减轻汪精卫等人的压力，要求谭平山、苏兆征两人分别辞去刚刚任职不久的国民政府农政部长和劳工部长的职务，同时决定每周与汪精卫等开两次联席会议，以便于国共两党随时协商。翟秋白随后受命起草《国共两党关系决议案》，规定在肯定国民党领导地位的情况下两党关系的基本原则。
不过，要长期保持这样一种不死不活的合作关系，实际上已经不大可能。首先莫斯科方面就无法容忍。可以肯定的是，斯大林始终相信，保持这种合作关系对共产党有利。但是，斯大林为什么还必须在口头上保持激进呢？
这是因为，联共中央这时的权力斗争十分激烈，包括在联共党内有着深厚基础的托洛茨基和季诺维也夫等人，都是激进革命的有力主张者，并据此攻击斯大林的退让策略。单纯地从苏联自身的利益来制定对国民党的灵活政策，不符合这个时候绝大多数党员的思想认识。因此，为了适应党内斗争的需要，斯大林只能用这种首鼠两端的办法来使自己保持主动地位。
不过，随着武汉工人纠察队宣告缴械，和唐生智枪毙反对马日事变的张贴标语者的消息传到莫斯科，本来就在攻击斯大林主导的中国政策的联共党内反对派们，马上就开始发动对斯大林政治上的进攻。他们于7月7日致函共产国际执委会主席团，明确认为：两湖工农运动遭到镇压的事实，证明斯大林“指望武汉政府成为‘有组织的革命中心’的政策遭到了彻底失败”，有必要马上召开会议纠正共产国际前此指导方针的错误。
面对这种情况，斯大林不能不改变策略。联共中央据此召开紧急会议，发出指示说：“在这种情况下，共产党人不能留在政府里。但退出国民政府并不意味着退出国民党。共产党人必须留在国民党内，并在国民党的一切组织中和在它的群众中，从现在起，就应当秘密召开紧急代表会议，纠正党的领导所犯的根本性错误。组织党的地下机关，将受到威胁最大的工作人员转入地下。”
莫斯科此举造成的影响可想而知。7月13日，共产国际执委会政治书记处通过根据联共中央8日政治局会议精神起草的，有关中国问题的决议草案，并公开发表。该决议甚至号召“中国共产党党员起来反对中央的机会主义”。
据此，中共中央迅速进行改组，陈独秀辞去书记的职务，另外成立了由张国焘、周恩来、李维汉、张太雷、李立三5人组成的中央常务委员会，决定在张发奎的军队中组织军事暴动；在湘、鄂、赣、粤几省组织秋收起义。
7月14日夜，汪精卫等得知中共中央态度有变，紧急召开政治委员会主席团会议。决定：派遣重要同志赴苏联讨论切实联络办法，并准备在一个月内召集二届四中全会。次日，武汉国民党人进一步召开常务委员会第二十次扩大会议。汪精卫这时把莫斯科密电的内容进行了通报。
汪精卫综合莫斯科密电内容，认为现在不是容共的问题，乃是将国民党变成共产党的问题，国民党的同志想起来，能不痛心！”孙科听后愤愤然称：“我们容纳共产党，真是太过信他们了！我们现在要下一个决心走第三条路。”会议最后通过了政治委员会主席团提出的办法。
根据会议的决定，武汉国民党中央于7月16日公布了限制共产分子的训令。自得知中共准备脱离武汉国民政府的决定之后，武汉军方几乎马上就开始了针对共产党人的行动。限制令刚一发表，包括吴玉章等人在内，住处大多均被捣毁了。
另一方面，中共中央已经散发了《中国共产党中央委员会对政局宣言》，公开谴责国民党中央多数领袖赞助反革命军官，宣布将不对国民党中央现时的政策负责。7月18日，国民党中央政治委员会主席团发表《容共政策之最近经过》一文，公布莫斯科密电等内容，意在表明“谁是极意保持革命联合战线，谁是任意诿过他人”。
7月25日，武汉中央通过了《统一本党政策决议案》，规定：凡列名国民党之共产党员，自即日起声明脱离共产党，否则一律停止职务；在国民革命期间，共产党员不得有碍国民革命之活动，并不得以本党名义，做共产党之工作；本党党员未经本党中央许可，不得加入他党。
然而，还没有等武汉国民党中央及其军事机关采取行动查明军队内的共产党员情况，8月1日共产党人在南昌组织武装起义，公开揭起与武汉国民党中央对立的“中国国民党革命委员会”的旗号。中共并以宋庆龄、邓演达等人名义，发表《中央委员宣言》，指责“武汉与南京所谓党部政府，皆已成为新军阀之工具”。
面对这一突如其来的剧变，武汉国民党显得十分狼狈，汪精卫在大发脾气后，甚至还不得不出面来承担责任。8月3日，武汉国民政府发布通令，第一次严厉规定：对共产党徒一经拿获，决不宽恕。
6日，汪精卫公开发表题为《错误与纠正》的文章，声称前此和平分共处置不当。文称：“我们为什么一直等到共产党员快要消灭国民革命，我们才不容他，这真是我们极大的错误。” 至此，武汉国民党人也走上与南京国民党人同样的道路。