相对于1927年5月上旬国民党清党委员会成立后进一步发起之“清党”运动，此一期“清党”当为第一期。蒋介石此时的“清党”行动较前在各地夺权之最大不同，就是开始公开动用军队和警察的力量，以取缔共产党及其影响下的机关团体，逮捕杀害共产党员、著名的左派国民党人和异己的工会领袖等。
但是，蒋介石以总司令的身份，动用军队取缔军事单位的总政治部尚可，查封或取缔党部与民众团体则名不正、言不顺，仍有非法之嫌。故考虑到政治影响，蒋介石自身的言行还不能不比较谨慎。结果，4月9日夺取江苏省及南京市党部权力的行动，因为蒋人在南京，手下仍只能暗中支持帮会势力组建劳工会，组织劳工会分子实施打砸和抓捕。
同样的情况，蒋介石4月12日取缔上海总工会纠察队，也不得不由白崇禧派人出面去找上海的青红帮，请帮会提供帮助，包括伪装工人去冲击工人纠察队，然后驻军再乘机以制止工人械斗为借口，实施包围和收缴武器，查封纠察队各个办公地点。
然而假借名义，并不能减少非议和纠纷。取缔上海工人纠察队的行动，就引来上海市党部、上海临时市政府以及上海市民代表大会等纷纷发表函电抗议或质疑。总工会不仅号召大罢工，而且工人纠察员更自动启封被封的纠察队总部，入内办公。12、13两日，市党部、总工会、学联会等更接连举行群众大会，发起请愿运动。
13日的请愿群众游行至刚刚由孙传芳五省联军浙军改编而成的第二十六军第二师司令部时，竟发生了军队射杀示威群众的严重流血事件。蒋介石身为总司令，号称以打倒军阀为职任，部属却发生如此恶行，自不免更是受到广泛谴责。 说在发动了夺取上海工人纠察队武器的“四一二”事变之后，蒋介石等计划“表面仍称联俄容共”，颇有些令人疑惑。
但蒋介石等想要利用西山会议派在各地的组织，却暂时不敢马上承认西山会议派为同道，甚至还没有正式决定废止联俄容共口号，却显而易见。眼看与汪精卫约定的时间已到，武汉方面诸人已注定不可能来南京开会。
汪精卫与武汉方面国民党人不到南京来，蒋介石等人就没有办法施加自己的影响，反而还不得不继续受制于武汉中央。故蒋介石非破釜沉舟、独树异帜不可了。为了使自己的行动合法化，将前此讨论过的监察委员会的弹劾案程序化的问题即被提上了日程。监察委员们显然是几易其稿，多次讨论，最终补齐了程序上必需的材料。
与此同时，蒋介石一面开始积极准备另立中央党部和国民政府的行动，一面已陆续开始采取行动正式实施“清党”了。4月14日下午一时，白崇禧受命率部封闭了听命于武汉中央的上海特别市临时政府，东路军总指挥部政治部主任陈群、秘书主任潘宜之等则武装接收了国民党上海特别市党部。当天被捕者据称有千余人。
李济深在广州也采取了行动。李济深于当晚全面实行了突然袭击，广州工人代表会、省港罢工委员会、中华全国总工会等，以及黄沙、广三路等几方面的工人纠察队，均被军队和机器工会有组织的武装工人所包围和攻击。纠察队方面虽有些微抵抗，但均被攻破，死伤工人上百名，被捕者不下千人。
广州政治分会同日决议：在全省肃清共产党，通告限期10天，共产分子自首免罪。但对共产党影响甚大之黄埔军校，因蒋这时尚无明令，故此时广州方面除当晚派舰监视和全体缴械外，并未立即采取捕人行动。蒋16日才正式批复：“彻底清党，不可再允共产分子在校，以维党国。”
显然，到这个时候，无论如何都必须要公开宣示“清党”的方针 。17日，蒋介石分别发布了“清党”布告和通电。4月18日，经过一系列的准备之后，蒋介石等人通过召开中央政治会议的办法，勉强解决了定都南京和成立政府等各项法理上的难题，南京政府亦宣告组成。
进而监察委员会举发共产党谋叛咨文得以正式发表，蒋介石等则以中央执行委员会等名义发表通电和宣言，历数中共“罪行”，要求文武将士、革命同志及全国国民，一并驱除共产党分子。南京政府也宣布通缉共产党人和国民党左派197名。南京国民政府和中央党部的建立及其各项声明、宣言和通缉令的发出，使“清党”行动从此披上了一件合法的外衣。
而南京国民党人与武汉方面公开分裂的结果，使得以武汉中央为正统的几省的左派国民党人和共产党员，瞬间失去了合法抗争的基础，只能四散离去，或转入地下。
因为有蒋介石凡共产党一经讯实，立予正法，不必久押的指示，受命在上海指挥“清党”的陈群、杨虎，则更是常常独断独行，连党部都不放过，更谈不上必要的手续和审批。以至于全面“清党”开始后，除了枪毙共产党要犯还公布消息外，枪毙一般共产党人、国民党左派人士以及其他人等，经常连消息也不发布。
但严格说来，在国民党各地直接参与“清党”行动的人员当中，也并非都是杀戮政策的主张者。对捕到之人，广州李济深主张，此次搜捕共产党未尝非一痛心之事，故除首要者上，其他能具悔过书者，自不应过甚处置。古应芬、钱大钧等则主张将共党分子彻底肃清，抓来的一般均应枪毙，工农组织当一律解散。而陈孚木等，则对杀人问题主慎重，对工农团体更是强调保护。结果，广州“四一五”捕人虽多，开始甄别也早。
然而杀机既开，又如何会因为少数人之呼吁或一两地之稍有收敛而根本改变？南京国民党人此时为动员“清党”，各级军政军官四处讲演鼓吹，党内能舞文弄墨者亦随之撰文宣传，以至于弄得普通国民党员群情激奋，就连国民党各团体在上海举行五四运动纪念大会，也变成了声讨异己分子的场所。
幸而这时国民党尚未一统天下，故还有天津的《大公报》敢于发出抗议之声。其社评称：“今宁汉分裂，且已动杀，此后因军事之变迁，地方势力每一变更，即须流血寻仇报复，必无已时。呼呼！吾人诚厌闻所谓左右国共之争，而实不能不代吾全国青年请求保障。夫不论左右国共，除其中少数奸滑野心之徒外，彼一般青年之从事其间者，宁非为救国救民来乎？夫新中国之建设，终须赖全国有志青年奋斗，而非自私自利之寄生阶级所能办。则对于各方杀机之开，势不能不大声疾呼，极端抗议！”