对国民党来说，共产党最大的威胁在于其掌握着自己的军队，因此蒋介石最终决定不惜拖延谈判，也要设法剥夺共产党的军事指挥权。因此，眼看协议将成，蒋又指示编后军队中须加派副佐人员，包括政训人员，顾祝同特别是贺衷寒等人自然也难免想要插上一手，把协议修改得更加符合蒋的愿望。
3月8日，周恩来、叶剑英与顾祝同、张冲、贺衷寒会谈。周将一月来之谈判结果形成了文字，准备通过电报报告给蒋。
这一文件的主要内容如下：政治问题：1、中国共产党承认服从三民主义的国家及国民党在中国的领导地位，彻底取消暴动政策及没收地主土地政策，停止赤化运动，要求国民政府分批释放共产党，容许共产党在适当期内公开。2、取消苏维埃政府及其制度。3、红军取消，改编为国民革命军，服从中央军事委员会及蒋委员长之统一指挥，政训工作由中央派人联络。4、政治方面请求参加国民大会。5、军事方面请求参加国防会议。
改编问题：1、改编现在红军中之最精壮者为三个国防师，计六旅十二团，步兵团及其他直属之工炮通信辎重等部队。2、在三个国防师之上，设某路军总指挥部。3、红军原有之骑兵三个团及一个骑兵连，共约一千四五百人马，拟编骑兵一个团。4、改编后的经费、给养补充，统照国军同行待遇。
对于周恩来形成的这一协议的文字，贺衷寒最不满意。贺衷寒对周恩来的文字大加删改，使之具有他所希望的收编的性质。
经过贺衷寒修改后的条文主要内容如下：1、中国共产党今后服从三民主义的国家及中国国民党的领导，彻底取消暴动政策及没收地主政策，停止赤化运动，请求国民政府分批释放共产党，容许其在适当期内公开各节，可面报领袖修核。2、取消苏维埃政府及其制度，改编军队，指定现在之地区，遵照地方行政区之规划，执行中央统一政令，其行政人员得由地方及中央任命。
3、取消红军，改编为国军三个师，服从军委会及蒋委员长一切命令。各级军政人员第一步得由部队长保荐呈请军委会任命，各级副佐人员由中央改编后逐渐派遣，政工工作由中央召集原有政工人员加以训练，与新派人员一同回部队工作。
4、请求参加国民大会及国防会议，由中央决定后通知。5、各事接洽妥善，望将中国只能实行三民主义而不能实行共产主义之真谛宣告国人。
国民党方面态度的反复使周恩来深感不满，依照新的条文，不仅苏区将被一分为三，民选制度不能提，就是军队指挥、人员任用等，中共也失去自主，编制也被压至三万，这无论如何难以让共产党人接受。
为此，中共中央召集了专门会议，决定要求周恩来采取强硬立场。中共中央强调了最后限度：1、三个国防师组成某路军领导不变，副佐不派，政工人员不变，每师人数一万五千余，服从国防调动；2、苏区完整，坚持民选，地方部队不能少于九千人。”
14日早，周恩来得到中共中央来电，直接抄送顾祝同和张冲，并准备立即返延。中共中央此举顿时使西安的气氛紧张起来。顾祝同不得不请张冲转告周恩来，称“此事实为贺衷寒所弄坏”，要张冲根据原案再谈。
但周恩来根据中共中央关于应停止西安谈判的指示明确加以拒绝。16日，周恩来返回延安。之后，于19日携中共中央已经草拟好的谈判条件回到西安。20日，周恩来将该文件示以张冲，它明显地增加了对国民党方面的要求，并提出了较过去要强硬的条件。
中共要求国民党保证：1、实现和平统一置疑御侮的方针，全国停止“剿共”。2、实现民权，释放政治犯，容许共产党在适当时期公开。3、修改国民大会组织法及选举法，使各党各派、各民众团体、各武装部队均能选派代表参加。4、修改国防会议条例，使国防会议成为准备与指导对日抗战的权力机关，使共产党亦能参加。5、实行准备对日抗战工作及改善人民生活的具体方案。
并且在继续承认“拥护革命的三民主义及国民党在中国的领导地位”等前提下，坚持要求将“红军中之最精壮者，为三个国防师计六个旅十二团及其他直属之骑兵、炮兵、工兵、通信、辎重等部队，在三个师上设某路军总部”。声明：“红军改编后之总人数，不少于四万三千人。”
此时，蒋介石也急于想要根本解决共产党问题，因此特别电约周恩来3月22日至25日赴沪相晤。根据蒋电，周恩来22日与张冲同机飞往上海，并很快转赴杭州。24日，周恩来先将中共对修改国民大会组织法和选举法的意见以信函的方式递交蒋介石。26日，周恩来面见蒋介石，并表明了中共的意见。
蒋介石要求中共不要宣传什么国共合作，主要是与他个人合作，他希望中共这次改变政策，能够说话算数，做到与他永久合作。他特别强调了纲领与领袖两个问题，特别是共产党组织与蒋介石个人和共产国际的关系。据蒋自己所记，他当天谈话中最核心的问题其实只是后面这个问题，即“要求共党改正组织，决定政策，并承认谁为领导者”。