对于这次庐山谈判，中共中央总的来说还是肯定的。这时中共首先看重的是国民党的合作诚意。在中共中央看来，蒋介石在庐山的谈话是表现了某种合作的愿望的。其次，中共中央更为注重的是保持自身组织上的独立性问题，争取实现边区和红军自办，这对共产党是最重要的。因此，其他问题在中共中央这时看来主要只是形式问题，是应当争取但并非不可做某种妥协的。
承认国民党事实上的领导地位，依照国民党政府的要求进行改编改制，包括承认蒋介石所提合组革命同盟会的条件及其最后决定权，这些对中共来说都不是太难的事情，因为中共这时所谋求的最主要的目标，就是要保持自身组织生存发展的独立性。而要保持自身组织生存发展的独立性，军队指挥权问题就成了重中之重，非争不可的问题了。
蒋介石既然刻意提出指挥权问题，自然深知此一问题之关键。他这时未必打算乘机夺取中共军队，但自西安事变以来停止“剿共”，有一个问题必须有所解释，这这是，来自共产党的威胁是否真正被消除了？
蒋既不能收编或遣散红军，红军的继续存在本身，就意味着某种威胁还存在，蒋无论如何难以向党内反对势力加以解释。这正是蒋别出心裁地坚持不允许红军自设总指挥部的重要原因所在。
由于蒋介石亲自来电坚持前议，并声称中共无论如何要作让步，否则自7月起将不能接济部队粮饷。为不使谈判破裂，中共中央准备在保证独立指挥权的条件下，在取消红军政治委员制度、改编后的部队不设总部而以政治训练处指挥部队、朱德和毛泽东出外做事等问题上再作让步。
中共中央电告共产国际说：“我们认为只能让步到：1、可以用政治机关名义指挥军队，但必须有等于指挥机关的组织和权能；2、力争朱为政治主任，万一争不到，即自行改编。如蒋委彭而不委朱，朱亦决出去，毛亦然。”
与此同时，考虑到国民党方面已经预先提出同盟会最高会议的成员，即蒋介石、宋子文、陈立夫、陈诚，邵力子，中共中央也决定，以毛泽东、朱德、周恩来、博古、林伯渠为中共方面的代表。
7月7日，根据中共中央的决定，博古、林伯渠与周恩来一道应蒋介石之邀经西安飞至上海，准备转往庐山，参加同蒋介石的下一阶段谈判。
想不到，当天刚好爆发了卢沟桥事变，这使得国民党在谈判中的地位迅速发生了逆转的情况。中日战争战端初开之际，局势尚不明朗，蒋介石在军事指挥权等问题上仍旧锱铢必较，毫不让步，并不急于立即解决红军改编问题。
当14日周恩来等到达庐山后，首先得知的，就是蒋介石仍不同意中共军队独立指挥权的消息。蒋介石这时提出，红军改编后“各师须直接隶属行营，政治机关只管联络”。蒋介石明言不许中共有军事指挥权的态度，使周恩来等倍感尴尬与困惑。
因此，周恩来致信蒋介石，表示“此次反复，出入甚大，不仅事难做通，且使来一再失信于党中同志，恐碍此后各事之进行”。周恩来同时提出了关于谈判的十二条意见，要求蒋介石同意发表中共宣言，发表陕甘宁边区政府名义，划定十八县之疆界，共同派人赴南方联络与传达两党合作方针，以改编红军游击队。
蒋对周信的反应是：“此事令人愤怒，但不能不强忍之。”17日，周恩来、博古、林伯渠与蒋介石、邵力子、张冲等会谈，双方对政治问题没有太多争论，军事指挥问题仍谈不拢。
蒋介石虽略有让步，从“政治机关只管联络”，让步到“政治主任只能转达人事指挥”，却仍坚持“三个师的经理教育直属行营”，且三个师的参谋长由南京派，政治主任要周恩来或林伯渠，最后甚至提到可要毛泽东任副主任，总之坚持不要军人。
鉴于双方观点相左，一时难以沟通，共产国际又坚持红军与苏区必须全权由自己包办不应让步，周恩来等于“力争无效”之后，不得不返回宁沪“暂观时局变化”。 时至于此，中共中央已不能再退，决心“采取蒋不让步不再与谈之方针”。在这个问题上，朱德、彭德怀等众多红军将领显然态度最为坚决。
显然，由于中日战端已开，中共中央相信蒋介石已失去进一步讨价还价的资本，不仅独立指挥权问题，就是成立独立的总指挥部或军部的问题，“因抗日战起，”都有解决的可能。
果然，7月27日，蒋介石沉不住气了，在反复考虑要不要给红军番号令其改编出动之后，到底还是电摧共产党人照庐山所谈在10内改编完毕，明示南京将发表三个师的番号，及各师旅团与政治主任名单，并建议以康泽为副主任，同意不再加派各级副职人员。
但中共中央这时已不满足于用政治机关代行指挥权的前议了，而是明确提出非有独立指挥机关不可。于是，中共一面申请各种补助，一面下令迅速集中红军主力于三原进行改编，同时决定借此机会设立总指挥部，并“不管南京承认与否，实行在军委领导下之全权指挥”。
7月31日，南京下达了三个师的番号，并同意照中共所提之人数及编制改编。8月2日，蒋鼎文转蒋介石电，邀请周恩来“约同朱毛诸先生即来京面商大计”。3日，蒋介石再电周恩来，要红军立即向绥德、榆林及延安集中，以便出发抗日。4日，蒋介石正式颁布红军改编后的师旅团番号，并在指挥权问题上明显地开始让步。
显而易见，因战争关系，蒋介石虽仍然力图干预，但已不能再纠缠于指挥权不放，只得承认其设立总部了。8月9日，应蒋介石邀请，中共中央派朱德、周恩来、叶剑英等飞往南京，参加南京政府组织召开的国防会议，并与国民党谈判红军改编出动等各项具体问题。
由于全面抗战这时已经展开，蒋介石已直接电令红军参加作战，中共也以国民革命军第一一五师第一旅为先遣兵团依照蒋令向前线运动，国共两党之间的军事合作实际已经开始，政治形式上的分歧已不能成为两党关系的重大阻碍。至18日，蒋介石终于正式发表朱德为第八路军总指挥，彭德怀为副总指挥。于是，拖延甚久的指挥部问题遂告解决。
军队指挥权解决之后，宣言及边区政权问题重又变得突出起来。毛泽东担心会出现“红军受命出动后即变为蒋之属下，彼以命令行之，彼时党的问题与边区的问题由彼解决，甚至将不许发表宣言，并取消苏区”的极端被动局面。故中共中央此时在部队出动问题上仍十分谨慎。
在第一一五师和一二0师按南京指挥地点前进的同时，对第一二九师则决定“非把国共间各主要问题弄好后决不出发”。尽管，南京方面对红军出动缓慢颇有怨言，蒋以此为由拖延发表宣言，甚至红军将领和中共政治领导人中都有人对这种做法表示疑问，但毛泽东等坚持认为：国民党阴谋将红军全部送上前线，分路出动使不集中后，我会处于被动局面。
8月30日，康泽通知中共代表：边区政府已决定以丁维汾为正、林柏渠为副；八路军政治部已决定周恩来为正、李富春为副；两党关系宣言则必须在中共部队全部出动抗日之后才能发表。得此消息后，中共中央当即表示反对。
由于战争形势异常危急，蒋介石对中共种种要求，“此时惟有顺受之”。国民党方面同意发表中共宣言与蒋之谈话来宣布共产党之合法化，同时对边区政府组织以丁维汾暂不到职，由林伯渠代理正职的方式表示妥协。这样一来，中共中央所争取的目标实际上已经基本上达到了。
9月22日，经过反复磋商之后，国民党方面终于同意公开发表中国共产党的宣言。
中共在宣言中宣称：1、孙中山先生的三民主义为中国今日之必需；2、取消一切推翻国民党政权的暴动政策，停止以暴力没收地主土地的政策；3、取消现在的苏维埃政府，实行民权政治；4、取消红军名义及番号，改编为国民革命军，受国民政府军事委员会之统辖，并待命出动。
次日，蒋介石也公开发表谈话承认共产党的存在，并表示愿意不计前嫌。中共宣言得以发表及蒋介石公开发表谈话承认接纳共产党，终于结束了这场耗时21个月之久的曲折接触和艰苦谈判的过程。
国民党到底还是用政治而非军事的方法一时解决了共产党问题，尽管这种解决与蒋介石早先所设想的情况相差甚远。但它毕竟为中国的全面抗战赢得了一段可贵的内部和平时期，从而成就了一种前所未有的国内统一与团结的局面。