孙中山对中共态度两难，共产党员以个人身份加入国民党后，同样也陷入两难的境地中。中共中央在国民党一大前后都极力保持低调。即使在内部，他们也明确地规定了避免引起纠纷的方针。这包括对会议期间的人事安排，为了避免嫌疑，确定“共产党员不应该在各委员会中谋求职位”，同时，尽量不推荐自己人担任各级职务。
共产党的人这种做法自然得到了孙中山的肯定。它反映在这次代表大会上，刚刚加入国民党不久的中共党员虽然尽力保持低调，其所得地位仍显得十分突出。代表大会上新产生的中央执行委员中，跨党的中共党团占到了将近25%。出现这种情况，显然与对代表产生和推举委员拥有指定和最后决定之权的孙中山的态度有关。这足以反映出孙中山有利用中共发展组织的想法。
然而，许多国民党人仍对孙中山的做法表示怀疑，声称既然共产党员服从本党三民主义，为何不退出共产党？28日，李大钊受中共党团会议委托，说明跨党原因，解释中共不能解散，是因为它是共产国际在中国的支部，并非纯粹中国人自己的组织，其党员要加入国民党，自然只能以个人名义，而不能解散这一国际的组织。况且中国革命也需要这样的组织在国民党与国际的组织中间做联络。
中共党员加入国民党是基于国民革命的共同目标，并非想要借国民党的名义开展共产党的活动。李大钊还着重保证：“我们留在本党一日，即当执行本党的政纲，遵守本党的章程及纪律；倘有不遵本党政纲、不守本党纪律者，理宜受本党的惩戒。”孙中山要的就是服从，有了中共的保证，国民党领导人廖仲恺、汪精卫和胡汉民都自动为容共的办法辨白，此事才不了了之。
国民党内反对中共跨党的声浪依旧一波强似一波。国民党一大后，广州几位国民党老党员甚至组织秘密小团体以抵制共产党。北京、上海、广州、汉口等地的国共两党人员之间，都存在着严重的对立。对此，力图巩固现有成果的中共中央不能不更加小心谨慎。
共产党通过决议案，进一步告诫党员：“本党所以必须与国民党合作，因就中国眼前之经济状况，必须经过民主主义的国民革命，这是国民党对中国的历史使命。”“我们的同志，应站在国民党立脚点上，不可勉强援引我们的同志担任国民党内各种职务，尤不应包办其党务，以免使国民党党务，及国民党对于本党的信任。”甚至，会议还特别指出，在发展本党组织时，亦须十分慎重，不应使国民党“误会我们有意拉去他们的党员”。今后一切工作均“用国民党名义，归为国民党的工作”，只有国民党不愿用其名义活动的，才可作为本党独立的活动。
事实上，在国民党各级部门的中共党员最初也确是按照中共中央的要求去做的。国民党全面开始改组工作之后，中共党员全力投入，自身的组织发展因而受到影响。国民党一大召开后，广东的共产党人已经完全淹没在国民党的组织宣传工作之中了。
一大后，国民党迅速在全国范围建立起区、省、市、县各级党部，大量发展党员。与此同时，中共组织的发展却陷于停滞。各地报告党员不见增加的原因：一因同志现注意国民党的工作，所以对于一般人，都介绍进国民党去了；二因介绍本党同志，务在严级，故新党员人数延期不易骤增；三是同志宣传自亦有不曾用力的地方。
以牺牲中共自身的发展为代价，求得国民党的发展，这在共产国际东方部的领导人看来是难以接受的。他们明确提出：关于工人阶级究竟应当在国民党的旗帜下成为民族革命力量，还是应当直接组织在共产党的领导之下，这个长期争论的问题应当尽快得到解决。
不难看出，以维经斯基为代表，共产国际东方部内部始终存在着一股反对让中共服从于国民党发展任务的力量。他们过去强烈地反对马林路线，如今进一步发现鲍罗廷其实也在妨碍中共发展。但是，在加拉罕等人看来，维经斯基等人实在是有点庸人自扰。
他声称：有鲍罗廷等苏联政治和军事顾问直接介入和参加国民党的工作，中共又在国民党各级组织中占据重要地位，加拉罕根本不相信中共会存在任何危险。对中共比较有利的情况是，这个时候，由于苏联在外交上还受到大多数列强的孤立，无法施展自己的拳脚，因此，即使在政治局内部，也很少有人能够轻视共产国际的作用。
这种情况自然加强了维经斯基等人发言的力量。1924年5月，维经斯基受命来到上海，主持召开中共中央执行委员会扩大会议。会议对国民党的性质，以及国民党内的矛盾，得出了相当激进的观点。这包括：第一，国民党就其性质而言，是“资产阶级性的民族主义和民主主义的政党”，它必然趋于妥协，不能奋斗到底，故其内部的左右派斗争不可避免。第二，为巩固国民党左翼，削弱国民党右翼势力，必须避免盲目扩大国民党的做法。第三，帮助国民党组织上渗入产业无产阶级“是一个很大的错误”。第四，鉴于资产阶级的妥协性，必须将阶级斗争引入国民党。
1924年5月，中共中央执行委员会召开扩大会议，这是中共放弃自我约束的谨慎政策、重新采取积极发展政策的一个重要的转折点。会议反对盲目扩大国民党，反对在工人中发展国民党，主张在国民党内开展左右派之间的斗争，这些都必然会使国共两党之间已有的隔阂与矛盾更为加剧。
孙中山对于国共两党之间的纠纷，通常总是扮演居中调停的角色。他的治党原则就是要求下属服从。他对党内任何担心和怀疑共产党作用的意见从来都是一句话：我自有办法。他认为即使中共服从三民主义并非真心，也不要紧，只要其用国民党的名义活动，就对我有好处。
那么，孙中山就真的毫无戒心吗？也并非如此。一个很典型的例子是，孙中山虽然在改组后的国民党内部任命了相当一批中共干部充任要职，他同时也指定明明对共产党人深怀疑惧之心的邓泽如、吴稚晖。李石曾、张继和谢持五人充任中央监察委员，并赞同严防共产党人不合于本党主义之活动。
因此，孙中山对那些纷纷告共产党状的老国民党人，不仅从来网开一面，而且每每相当坚定地告诉他们不必过虑。孙中山曾表示：不必在意其真心否，共产党能守吾党范围，吾默化之！不能，吾自有处理之法。
孙中山这里所说的“默化之”，指的就是希望能够使共产党人最终服膺三民主义的意思。将其概括为“溶共”，也并非不可。毕竟，孙中山从来相信只有他的三民主义才是最适合于中国国情的主张，其他一切主义，包括共产主义、社会主义，凡有符合三民主义内容的地方，都可概括于三民主义之内。
孙中山明确讲：社会主义、共产主义和民生主义都以解决人民生计问题为中心，在这一点上二者没有不同。但孙中山认为：马克思的社会主义和共产主义强调阶级战争为因，社会进化为果，民生主义则相信“社会进化的定律，是人类求生存”。因为人类要求生存，便要为大多数人谋利益。因为人类不断地基生存的原因而努力使社会大多数人的经济利益相调和，才发生了社会进化的问题。
在这里，阶级战争只是社会进化过程中发生的一种“病症”，并非社会进化的原因。马克思主张用农工专制和革命手段解决一切问题，结果造成无数纷争，这是二者的区别。孙中山认为，民生主义也讲共产，但“我们所讲的共产，是共将来，不是共现在”，更不会用革命手段解决经济问题。
孙中山在谈到中国的情况时说得更明白。他说，中国现在的问题首先是贫穷，不能照共产党主张的那样马上来均贫富，而是应该在吸取欧美贫富悬殊的教训的情况下，一方面采取措施节制私人资本无限膨胀，另一方面却要赶快用国家力量来振兴工业，发达资本。落后的中国绝不能用马克思的社会主义来均贫富。
他明确讲：我们讲到民生主义虽然很崇拜马克思的学问，但是不能用马克思的办法到中国来实行，这个理由很容易明白，就是俄国实行马克思的办法，革命以后行到今日，对于经济问题还是要改用新经济政策。俄国之所以要改用新经济政策，就是由于他们的社会经济程度还比不上英国、美国那样的发达。俄国社会经济程度程度尚且比不上英国、美国，我们中国的社会经济程度怎么能够比得上呢？又怎么能够行用马克思的办法呢？
孙中山详细阐述其主张与马克思主义之异同，目的很清楚。一方面是要消除国民党人对共产党人的疑惧，说明无论俄共，还是中共，他们的主张里面都有和三民主义相通的地方。三民主义的意思，“就是国家是人民所共有，政治是人民所共管，利益是人民所共享。照这样的说法，人民对于国家不只是共产，一切事权都是要共的。”因此，三民主义实际上比共产主义还要彻底。
而另一方面，孙中山也是希望人们都能了解，他绝不是马克思主义者，既不赞同阶级斗争，也不赞成社会革命。不仅如此，他还想说明，马克思主义的很多观点是错误的，其强调用阶级斗争的办法解决社会进化问题，尤其错误。在中国，只能师马克思之意，而不能师马克思之法，因为中国的病症根本上是一个穷字，故解决中国的问题，应首重发展实业。