1938年4月初，就在国民党临时全国代表大会和五届四中全会先后召开之际，国共两党之间发生了两件引人注目的事件。一是中共中央政治局常委、陕甘宁边区政府代主席张国焘逃离延安，跑到西安，很快脱离共产党，投向国民党一边。
其5月2日公开发表的《告国人书》，公开批评共产党只是形式上改编红军，取消苏维埃，停止土地革命，“实际上，保存实力，保持边区政府与某些游击区域的特殊地位，以徐图发展”，“抗日合作不过为达到此目的的宣传手段”。
几乎与此同时，国民党人还找到了一二九师政委张浩数月前对内解释共产党改换策略理由的一个小册子，经蒋指示广为印发，分送给国民党临全大会代表，意在向国民党人敲警钟。国民党中央的这类情报的共同特点，都意在强调中共“别有用心”、“图谋不轨”。
而今又有张国焘的现身说法和张浩的秘密报告，国民党中央自然更加砸实了对共产党人的怀疑。1938年4月23日，国民政府军事委员会武汉行营，连同湖北省政府、国民党湖北省党部等，就密令各党政军机关严密监视中共领导下的各类抗日民众团体。
1938年5月10日和6月21日，国民党五届中常会第七十九次会议又通过《对党外各种政治团体及其分子之态度的决议》，都清楚地显示出国民党中央加强防共措施的趋势。其第七十九次会议中常会决议明确指示各级党部务必严密防范共产党等党外政治团体及其分子，必要时可以严予取缔。
其实，进入1938年以来，国共两党间的摩擦早已呈现出按下葫芦又起瓢的状况了。在陕甘宁边区，共产党坚持23县，国民党至多只同意给18县，地方省政府还依据国民党中央的要求，坚持要对边区行使权力，双方各派各的县长，结果弄出不少双重政权。
只是在边区，共产党的力量占据明显优势，因此在摩擦冲突中国民党方面往往占不到多少便宜。但在南方各省，共产党人就难免要吃亏了。在1937年下半年的谈判中，国民党方面为了有利于对整个南方省份的控制，同意在八路军之外，另外由中共领导组建新四军。
新四军集中到皖南和皖中指定地区后，其所设立的以照顾官兵眷属为目的的留守处，就成了国民党地方当局防范的重点。而在河南、安徽、江西、湖北、湖南、福建这些国民党占据绝对优势的地方，新四军留守人员备受压制几不能免。各地也相继出现国民党党部压制共产党及其外围组织、解散救亡团体、封闭机关等事件。
这个时候的中共中央对国民党正在秘密推动的防共限共计划，尚欠了解。它还在积极谋求推进国共合作的过程中。鉴于二战区司令长官阎锡山开始严重担心共产党，毛泽东等特别提醒隶属二战区的八路军领导人务必要全力帮助阎锡山扩军。毛泽东电告王明称：“在抗战过程中巩固蒋之地位，坚持抗战，坚决打击投降派，应是我们的总方针。”
正是由于中共中央这时的这样一种心态，它还没有把两党摩擦加剧的情况同国民党上层的态度变化联系起来。共产党人这时在《新华日报》上批评国民党的话，更多地也只是指向国民党的地方当局的。
为了有效地改善两党关系，解决两党之间目前存在的严重问题，中共中央在9、10月间召开的中共中央政治局会议和六届六中全会上，再度提出了加强两党组织上合作的极端必要性。
10月1日，按照毛泽东的指示，周恩来于六中全会尚未结束之际就急忙返回武汉，于4日向蒋介石递交了毛泽东和王明给蒋介石的信，并转达了中共中央的上述有关提议。
同时提出希望根据实际状况扩编八路军为三个军，每军各辖三个师；希望允许徐向前部去山东，允许林彪部去华中；希望三青团改变章程，成为各党派参加领导，或国民党领导、各党派领导的青年团体均可参加的青年联合团体，等。
周恩来的意见，被蒋介石马上分别交给了陈立夫、朱家骅等研究和讨论。陈立夫等人研究讨论的结果，除在要不要适当修改三民主义青年团组织办法，允许其他党派青年个人加入这一点上略有不同意见外，其他意见大体一致。
这些意见概括起来就是：1、不取两党混合方针；2、不予以公开合法之凭藉；3、不与之作平等之谈判，不许在一个组织内有两个信仰，不许一人跨两个组织。陈等还宣称，“共产党党员正式脱离党籍，奉行三民主义而愿参加本党为党员者，本党表示欢迎。”
14日，蒋介石约周恩来谈话，表示中共加入国民党及三青团的问题必须由国民党常委会进行讨论，但是他认为三青团可以修改章程允许中共党员参加，只待进一步研究后即可考虑实行。但此后由于战局危急，广州及武汉先后失守，这次交涉未能取得结果。
到12月6日，蒋介石再约周恩来谈话时，其态度已经改变了。他宣称：跨党的办法讨论后大家不赞成，大家认为，共党既然相信三民主义，最好合成一个组织。如果这种办法可以谈，他似于不久到西北后即约毛泽东等面谈，如全体合并做不到，可否一部分党员加入国民党而不跨党，因为大家害怕共产党的“革命转变”。
周恩来答称：共产党相信三民主义，不仅因其为抗日出路，而且也因其为达到社会主义的必由之路。跨党并改变名称正是为了取得互信，但如果认为时机未到，也可采用其他办法。
6天后，蒋介石再约周恩来及王明等谈，态度不仅没有松动，反而变得更为强硬。蒋介石表示：“共产党员退出共产党，加入国民党，或共产党取消名义将整个加入国民党，我都欢迎，或共产党仍然保存自己的党，我也赞成，但跨党办法是绝对办不到。”
甚至当周恩来等谈到目前双方至少可以独立存在共同发展时，蒋介石干脆直截了当地表明了他的忧虑之所在。他说：“共产党不在国民党内发展也不行，因为民众也是国民党的，如果共产党在民众中发展，冲突也是不可免。”
对国民党人刺激更大的，应该说还是八路军及其敌后根据地的迅猛发展。因为，在国民党人看来，八路军纯粹是在国民党和日本的战争中唾手而得渔人之利，结果是国民党“失地愈多该党发展愈速”。国民党的担心并非没有根据。
八路军是在1937年8月下旬改编，随即先后出发至华北抗日前线。三个师出发时的确实人数约为3.4万人，10月以后开始着重扩兵发展，经过两个月左右的时间，到12月底已扩军到9.2万余人，还发展了游击队2.5万人。1938年底，八路军进一步扩展到16万人左右。
在此期间，八路军先由陕北一隅之地，按照蒋令加入阎锡山第二战区，进入山西地区参加对日作战。后山西大部沦陷，八路军遂留在敌后农村建立根据地，立稳脚跟后即开始分兵跨出战区，以游击方式进至河北、绥远，随后更进入山东敌后农村，创建根据地。因而很快在华北敌后取代了国民党的地位，成为除了日本占领军以外最具影响的力量。