事实上，无论是鲍罗廷，还是陈独秀，也越来越清楚地注意到孙中山其实也并非他们所认为的那种“左派”。鲍罗廷更明显地看出孙中山与共产党人距离之大。尤其让鲍罗廷感到不安的是，围绕《中俄解决悬案大纲》的签订所发生的一系列国民党人公开抨击苏联政府的言论，其实是得到孙中山某种程度的认可的。
当身为国民党员的李大钊等共产党人，公开向北京政府请愿，要求正式承认苏联并支持苏军驻兵外蒙古的消息传出，孙中山明显地表示了不满。孙中山的态度明显地鼓舞了过去因怀疑共产党人而受到压制的国民党老党员们。上海老党员因此积极搜集证据，终于在5月间从谢持由巴黎返国的女婿手里得到《中国社会主义青年团第二次大会议案及宣言》一份，内中可以看出，共产党人确是以党团的方式在国民党内存在，并且有试图左右国民党政策和扩大自己组织的某种意图。
意外得到此文件，了解到共产党党团活动的情况，使一直苦于无证据在手的谢持、居正、张继等老党员倍感振奋。他们迅速商议行动计划，决定由张继和谢持赶往广州，准备会同邓泽如等联名提案检控共产党人。
6月9日，张继、谢持到达广州，随后即与中央执监委等广泛接触详谈，最后决定“由监察委员会委员邓泽如、张继、谢持等提出弹劾案”。6月18日，邓泽如等基本拟就弹劾共产党案，在中央执行委员会第三十九次会议上，他们的初稿遇到廖仲恺的有力阻击。
在经过修改后，7月初他们才得以再度提交中央执行委员会。弹劾案一经提出于中央执行委员会，即引起“颇多争执”。除共产党人谭平山提出质疑外，委员中其他成员对如何处理这一事件也意见不一。而谢持等把中央监委立案弹劾共产党的消息四散传播出去，更使整个事态复杂化。因为各地国民党人对共产党的敌视情绪不可避免地被刺激起来，不满共产党人跨党的国民党人因此纷纷集会，一时间联名提交检控信和弹劾案的国民党人就有2000人之多。
不仅如此，各地上书相当部分干脆直接挑战“容共”政策，强烈要求革除共产党员之国民党党籍。而对此，国民党执委会内部也分歧严重。经过讨论，执委会发布了一个宣言，宣言中没有直接批评共产党，反而重申了“容共”政策，批评了反对派。该宣言，严格说来是反映了孙中山这时的态度的。孙针对共产党人承认北京政府和主张外蒙古自决的言论的严厉批示，并不意味着他自己的“容共”政策发生了动摇。既然了解共产党的“第三国际”背景，而这恰恰又是实行“容共”政策的重要考量之一。
而且，“容共”政策推行的结果，明显地在全国范围内极大地推进了国民党的组织发展，而共产党人所表现出的魄力和锐气，更非那些国民党老同志的惰性和暮气可比。孙中山决定，在8月前后召开中央执行委员会全体会议，讨论弹劾共产党案。
由国民党来讨论裁决共产党的问题，这对刚刚通过决议要求加强独立自主和阶级斗争的中共中央来说，无异于当头闷棍，顿时在上海的中共领导人当中激起强烈不满。他们深信，对孙中山此举只能反击，而国民党很可能会借机要求中共党员退出，两党关系难免破裂。自从加入国民党以来无穷无尽的纷扰，早已让陈独秀对此种政策的正确性产生怀疑。
孙中山决定受理弹劾案的态度，更进一步使他对孙中山的认识发生改变。在写给维经斯基的信中，他明确讲：所谓国民党内的右派，其实都是些反共分子。如果说还有一些左派，其实都是我们自己的同志。过去认为孙中山和一些领导人算是左派，现在看来，他们也都只能算是中派，并非左派。他断言：继续这样支持国民党，必将给远东地区的革命带来严重影响。他强烈地“希望共产国际据此制定新的政策”，再“不应当毫无限制地支持国民党了”。
陈独秀的反应在一部分俄国人看来，都是过于激烈了。甚至，几天前还在国民党中监委面前表现出强硬态度的鲍罗廷，都对孙中山的决定感到惶惶不安，担心继续对抗下去可能会导致“灾难性的”后果。因此，他立即对中共中央准备破裂的态度提出异议。
鲍罗廷还考虑在国民党政治委员会中提议成立一个“国际联络委员会”来处理共产国际与国共两党之间的有关事宜，主张以国民党与共产国际建立直接联络的办法来解决国民党对中共的不信任问题。中共中央自然不能接受让国民党来监督自己与共产国际关系这样一种措施。因此，它迅速作出决定，对这一措施提出了坚决反对。
8月19日，国民党一届二中全会正式开始讨论弹劾共党案问题，相关提案达34件之多。会议中，国民党领导人决定迅速结束争论，就政治委员会的方案达成协议。会议通过的决议草案，同意共产党员对于与中共之关系，及其与共产国际之关系，仍“有守秘密之必要”，但决定在国民党中央执行委员会政治委员会内设国际联络委员会，要求共产党人及其所进行的有关国民党之活动通报于该委员会，以便能为国民党人所了解。
用联络委员会的方式来解决国共两党之间的纠纷，至少在反对“容共”政策的国民党人看来是异想天开。因为一个基本的原因在于，他们不仅不相信共产党，而且也不相信苏联和共产国际。既不赞成“容共”，也不赞成联俄，他们自然不会赞成通过加强与共产国际联络的办法来解决两党纠纷。
对于这种情况，孙中山自己也十分明白。他在本次全会最后一次会议的讲话，就突出强调了这种担心。他说，问题的关键在于，那些反对共产党员的人根本不了解我们自己的主义，根本反对联俄容共政策。一届二中全会的结果，显然不是国民党中监委所期望的，甚至也与孙中山原先的设想有相当的距离。
决议案一通过，孙中山派显然感到陷入了自欺欺人的境地，于是向全会提出还应该发布关于这一问题的训令以“教育党员”。结果，围绕这个训令稿，又发生激烈争论，最终孙中山还是不得不做出妥协。
所以会产生这样一种结果，十分明显地是因为会议召开时，正好出现了极端不利于国民党的严重局面。这次大会开幕之际，恰好是得到港英支持的广州商团为要求释放因走私入境被扣押的军火公开准备全面罢市之时。广州的形势在会议进行期间相当紧张。会议闭幕当天，商团已拒绝孙中山的告诫，提出一系列强硬要求，随时可能爆发严重事变。这种严峻的形势对孙中山的心理产生一定的影响。再加上苏联的军火正在运往广州途中，会议自然也不便通过公开谴责共产党人，和明令约束共产党员言行的决议。
不过，即便如此，中共中央还是不能满意。听说国民党二中全会仍旧通过成立国际联络委员会的决议之后，陈独秀当即召回瞿秋白，斥责其“擅称代表”。瞿秋白虽依据鲍罗廷的解释，再三说明这种做法实“为哄骗右派之一种方法，事实上该项工作，殊难实现”。但中共中央仍以此为耻辱，并坚持认为止瞿秋白等理应利用这种机会，公开地向国民党右派展开进攻。
不过，即便如此，中共中央还是不能满意。听说国民党二中全会仍旧通过成立国际联络委员会的决议之后，陈独秀当即召回瞿秋白，斥责其“擅称代表”。瞿秋白虽依据鲍罗廷的解释，再三说明这种做法实“为哄骗右派之一种方法，事实上该项工作，殊难实现”。但中共中央仍以此为耻辱，并坚持认为止瞿秋白等理应利用这种机会，公开地向国民党右派展开进攻。
孙中山在给维经斯基的信中抱怨说：国民党一届二中全会给了我们以沉重的打击，孙中山和其他领导人继续保持中派态度，他们既不能开除我们，又不敢得罪右派和反动派，反而利用反动派的压力和宣传来压制我们，鲍罗廷却要求我们向这种压力屈服，接受国民党的所谓国际联络委员会来解决两党关系问题。陈独秀显然对鲍罗廷最感失望。