国民党地方当局公然冒天下之大不韪，派人到园里投弹杀人，固然并无确证，说明出自蒋介石和国民党中央的指使与鼓励，蒋在幕后有所纵容与包庇，亦是事实。战后国统区一再发生打杀学生的流血惨案，蒋介石都难脱干系。
还在抗战胜利前夕，蒋得知昆明有学生与中共同声息，公开呼吁组织联合政府时，就密令教育部：“如各地学校学生有甘心受人利用破坏秩序发动学潮者，政府即视为妨害对敌作战、阻挠抗战胜利之祸国行为，必当予以断然严厉之处置，决不稍有姑息。”蒋介石这里所谓“断然严厉之处置”，说到底其实也就是不惜使用武力的意思。
相信但凡有学生运动，必有中共在背后“鼓惑”、“操纵”，联系到对中共必欲以武力解决，面对学潮无力遏制时动辄就想要动武，这在国民党一些领导人思想上已经形成为一种思维的惯性。
但是，进入 40 年代，即在中国越来越多地被纳入到美国的势力范围，不得不格外注意自己的国际形象之后，蒋介石在处理这类问题时明显地比地方当局要多了一层顾虑和谨慎。
依照其思维惯性，他在遇到类似昆明学潮的间题时依然会气势汹汹地要求各地“当予断然严厉之处置，决不稍有姑息”，然而其这时的“断然严厉之处置”，因顾及舆论，多数情况下并不再包含暗杀或开枪之类的内容。
只是，地方当局却未必都十分明了这其中的奥妙，更不要说那些有鲁莽军人当政的地方了。因此，只要还允许动武，就难免会出意外。对此，蒋介石亦并非毫无心理准备。一边点火，一边灭火，这在某种程度上其实也是他的一种政治谋略。
11 月 27 日，蒋介石收到关麟征关于昆明发生学潮的电报。关向蒋请示：“除竭尽各种方法严密防范外，如反动情势扩大，实行游行示威，加倍诋毁政府与钧.座，应取何种态度对付？侍从室得电后，即交由次日的官邸党政军会报会处理。会议决定由教育部派人前往，劝导复课，“如开导无效，即不惜解散”。
公文尚未发出，就传来昆明发生“一二.一惨案”的消息。12 月 2 日，侍从室负责情报工作的唐纵立即与关麟征通话，于当晚赶写呈蒋报告。3 日上午，蒋特地向唐纵仔细询问情况，当即表示，“对投弹凶手，饬即电令枪毙”。
唐马上用电话向关麟征传达。下午，蒋再度询问昆明情形。次日，云南省地方当局开庭“公审”投弹罪犯，宣布陈奇达刘友治两退伍军官为凶犯，判处死刑，立即枪决。
“一二·一惨案”爆发之际，恰逢美国总统特使马歇尔即将来调处国共冲突，国民党一面准备各种指责中共的说辞，一面力谋改善外界对自己的看法。惨案的爆发，不可避免地进一步恶化国民党在国际上本来就不大好的形象，这不能不使蒋介石颇为懊恼。
蒋眼见民愤难平，不得不忍痛牺牲爱将关麟征，暗示关引咎辞职。关辞后昆明学界将矛头直指李宗黄，李却态度倨傲，坚不请辞。蒋碍于自己此前向李所许之愿难以给李任何处罚，不得不咬紧牙关，暗请傅斯年等向昆明学界疏通解释要学生们先行复课，再容其逐步解决李的问题。
由于国民党当局未能满足学生们最基本的惩凶要求，复课一拖再拖。蒋介石 12 月 18 日再度限令于 20 日必须复课，重申“有未复课学生应即一律开除”。然而，由于李宗黄问题得不到处理，国民党当局明显理亏，故教育部并未能严格按照蒋的意旨行事。
17 日马歇尔到达中国，蒋不便采取可能会进一步刺激学生的行动，至 27 日，学生才在傅斯年和学校当局居中反复协调之后宣布正式复课。
一个多月之后，即 1946 年 2 月 12 日，蒋亦部分地兑现承诺。蒋免除了李在云南的本兼各职，但又任命李为重庆党政工作考核委员会秘书长。此虽为虚职，并不能使李满意，但毕竟给李留了面子。
蒋介石对昆明学潮的这种处理方式，再清楚不过地表明，他对地方领导人因防共反共而采取的极端做法，形式上不能不表示反对，其内心里是相当理解的。因此，其处理结果，不仅昆明学界不能满意，李本人以及其他国民党人更不可能从中吸取到任何教训。
半年不到，昆明再演血案。李公朴闻一多两教授只因公开批评政府，蒋派来接替关麟征的霍揆彰就重蹈故辙指使手下军人暗杀李、闻二人，再度引发全国性的抗议浪潮。
蒋自然故态复萌，先是大发雷霆，臭骂霍换彰，等到听说暗杀者纯系出于对李、闻“辱骂领袖、诬蔑党国”的激愤之情，属“义侠行为”时，又长吁短叹。感慨系之，最后同意免去霍的警备司令职务，将罪责归结为凶手个人的激愤行为，下令枪毙了事。
蒋这样做，不仅免除政府官员涉案的麻烦，而且还留下基层党员和军人不能容忍任何人贬损领袖和党国，甚至不惜以死抗之的印象，借以威慑那些反政府人士。