国民党一届二中全会以后，一个显著的事实是国共两党人员之间的关系更加趋同水火。不仅上海两党党团员之间互殴不断，广东两党掌控的工会之间也是无日不斗。再加上孙中山公开支持军阀内战，准备北伐，共产党人自然颇感忿忿然。5月中执委扩大会议后决定要加强自身组织，并在国共合作中引入阶级斗争的中共中央，明显地认为已经到了非把自己与孙中山国民党之间的分歧公开不可的时候了。
共产党人对孙中山政策的不满，很大程度上与他们在国民党内动辄得咎的亲身经历有关。在共产党内部，广东的共产党人对鲍罗廷的意见应该说是最信服的。但谭平山也明确讲：只要共产党员仍然和国民党捆在一起，共产党就一事无成。但是，这种意见却遭到了鲍罗廷的反对。
在俄国人看来，他们在中国工作的最主要成就，就是成功地树立苏联在国民党中的巨大影响。而他们很清楚，这种影响的造成，很大程度上必须依靠众多在国民党内的共产党员起作用，而不能只靠几个苏联顾问。因此，鲍罗廷明确表示：只要退出一个部，那就意味着退出国民党。而退出国民党，意味着共产党已经取得的大量阵地都会白白丧失掉。
但问题是，这些阵地是否真的具有实在的价值呢？谭平山对此颇表怀疑。他强调，包括在黄埔军校，虽然有不少共产党人在里面担任职务，但都没有巩固的阵地，因为领导权完全掌握在国民党手中。中共中央的态度远比广东共产党人更为强硬。在注意到鲍罗廷总是站在孙中山一边，或明或暗地支持孙中山的做法之后，中共中央连续召开会议，讨论对策。他们几乎一致认为，要想改变孙中山和国民党目前的错误方针，唯一的办法就是直接要求苏联停止在军事方面为国民党提供任何形式的援助。
在参加了中共中央的这一系列讨论之后，瞿秋白悄悄写信告诉鲍罗廷说：一些中共领导人甚至激烈地要求中共中央正式向共产国际控告您，“因为您的政治路线是错误的，更主要的是因为您一向不把中央放在眼里”。只是，中共中央的决定来得不是时候。由于这时广州商团公开向国民党政府宣战，原本不赞成维系广东政权的共产党人马上陷入了进退两难的境地，最终也不得不站到国民党这边来了。
商团事件的发生，本与广州商界，乃至相当多数市民对广东政府为维持庞大军政开支而征收苛捐杂税的积怨有关。再加上港英当局的挑拨和地方军阀作崇，广州商界领袖陈廉伯等由自行组织商民武装自保，渐至走到与政府公然对抗的地步。
面对广州政府可能被推翻的严重危险，共产党人完全没有选择的余地。于是，要不要退出国民党的问题，有没有必要维系广州政权的问题，统统都成为次要的了。鲍罗廷力主任命黄埔军校校长蒋介石为联合的军事力量总司令，迅速发放武器，武装工人和农民，以展开对商团的进攻。在国民党领导的军队与警察部队，和共产党领导的工人纠察队的配合下，商团事件被一举平定。
这大概是孙中山去世前国共两党之间最值得提及的一次合作。孙中山对此相当满意。事件的平定也缓和了鲍罗廷与国民党领导人之间已经开始紧张的关系。国民党不仅第一次有了自己的军队，第一次凭借自己的力量消灭了曾经不可一世的商团武装，而且由于苏联公开提供武器来装备国民党的学生军，使广州附近心怀鬼胎的各派军阀一下子变得恭敬多了，孙中山第一次感到扬眉吐气。
10月23日，冯玉祥发动“北京政变”，成功地把曹锟赶下了台。他进而发出通电，呼吁孙中山、段祺瑞和张作霖共同进京，成立全国和解政府。鲍罗廷因此极力劝说孙中山北上进京。对此，中共中央的态度却依旧是反对的。即使在商团事件发生以后，他们的观念也丝毫没有改变，依旧公开批评国民党，不相信国民党的任何政治路线或军事路线可能达成革命。
在得知孙中山准备应冯玉祥之邀，前往北京共商国是的消息后，中共中央的看法依然是：北京发生的一切并无特别意义，那不过是帝国主义美国决定抛弃吴佩孚，代之以冯玉祥，孙中山不应当到北京去与军阀们搞在一起。总之，在中共中央的心目中，革命只能按照俄国的方式，即通过动员宣传民众，最后以群众暴动夺取全国政权，任何通过政治妥协或依靠军队逐步打败对手的办法，都不能算是革命，而且必然带来腐败和对群众运动的反动。
当然，中共中央的这种观点无论如何都过于机械了。孙中山对此不屑一顾，鲍罗廷更是积极推动孙中山北上。毕竟，能有机会把革命的影响迅速扩散到全国范围来，这总是有利的。
不过，这一时期，国共纠纷愈演愈烈，共产党仍旧处于被动状态。半年多来，党的组织只发展 400余人。在1924年12月初举行的中共中央与共产国际代表的联席会议上，中共领导人再三解释说，这是因为鲍罗廷总是一味地向孙中山妥协，妨碍了中共积极进攻。
维经斯基却毫不客气地批评说，问题的关键不在鲍罗廷，而在于中共中央自己。因为不管鲍罗廷是否注意这些问题，中共自己都要能够坚持独立的阶级面貌，打出自己的旗帜。如今世界上绝大多数人都只知道国民党在反抗帝国主义者，孙中山是中国唯一的爱国的革命者，而并不知道中国还有共产党的存在。
中共中央受到维经斯基的鼓动，紧接着于1925年1月召开中共第四次代表大会。会上，主张更加充满革命性，更加突出地强调无产阶级的地位和作用，强调无产阶级政党参加民族运动时保持独立地位的必要性。
让国共两党领导人都意想不到的是，中共四大结束不久，孙中山就突然去世了。还在孙中山病重之时，已被孙中山开除出党的冯自由就联络一批坚决排斥共产党员的国民党老同志，在北京成立“国民党海内外同志卫党同盟会”，公开打出排斥共产党的旗号。冯自由等人的做法，再明显不过地预示，孙中山去世后国民党内势必会因为共产党问题而发生分裂。
国民党正在出现的这种危机，同样也引起鲍罗廷和中共中央的高度重视。面对开始陷入群龙无首的国民党，鲍罗廷甚至颇为兴奋地报告莫斯科说：“我们还没有把孙逸仙送进坟墓，实际上在我们同国民党直接接触的整个时期已经不可避免的分裂就开始了。而且是国民党右派率先挑起的。”“当分裂真的发生时，国民党内的力量对比会是怎样的呢？只能一种回答：将对我们有利。”
只要消除了右派，那么就“可以大胆地说，国民革命运动整个战线的实际工作，无论现在还是将来都会掌握在左派手中。”中共中央受此影响，迅速行动起来，明确主张立即“公开的征求党员”，“乘此机会将左派扩充有力”，以便“压迫中派使其必须与我们合作”，并争取“在第二次国民党全国代表大会中”“和右派竞争选举”。
一方面国民党内排除共产党的倾向急剧发展，另一方面共产党内争取全面控制国民党的愿望与日俱增。十分明显，孙中山的去世，使国共两党间原有的矛盾与对立都进一步得到释放和发展。国共两党最终走向关系破裂乃至全面对抗。