“一二·一”惨案最终能够和平解决，教育部部长朱家骅的作用不可小视。而他所赖以在昆明居间调处的，先是北京大学代校长傅斯年，后是清华大学校长梅贻琦。
朱家骅曾留学德国，做过北京大学和中山大学的教授，后投身政界，一度为 CC 系骨干人物，后自成一派，先后担任过广东省教育厅长、浙江省农工厅长、民政厅长、浙江省主席、国民党中央组织部长、国民党中央执行委员会秘书长兼代三青团书记长、军事委员会参军室主任、国民政府考试院副院长、国民政府委员、教育部长。
因其资历甚深，做过北大及中大教授，多年担任国民党组织部长，又执掌中央研究院和教育部大权，虽坚决反共，但对知识分子颇有亲和力，因此不仅门徒甚众，即使在各大学教授中执弟子礼者亦甚多。
朱家骅在惨案发生后，第一个反应就是找到正在重庆准备北上的北大代校长、西南联大三常委之一的傅斯年，请他帮忙赶去昆明调处。傅并非国民党员，却和国民党关系密切，且是朱在中研院多年的部属，与朱关系甚好。傅一向敢于讲话，就连蒋介石也要礼让三分，是一个可以周旋于国民党和学界中间的重要人物。
朱家多年从事教育工作的经历和与教授们的密切关系，使他比了解学校里面的情况。因此，惨案一发生，他就相信，造成此一惨案，共产党的作用尚在其次，地方当局过激反应是为关键。
故他深知此事的处理绝非易事，明确要求傅斯年等务必坚持将学生复课与惩凶分别办理的原则。12 月 4 日，傅斯年到达昆明，声明“我对于李宗黄等之愤慨不减他人”“要求当局真正敢作敢为”，同时要求李宗黄、关麟征、邱清泉等出来承担责任。傅斯年的态度，再加上各方面的强烈反响，促使蒋做出某种让步。
蒋不仅发表文告而且迅速决定将关麟征调渝，请卢汉出面主持调查和善后但私下里，蒋还是大发牌气，扬言要解散学校。朱家骅深知蒋的脾气，生恐学潮扩大会迫使蒋出此下策，故一面再派次长朱经农到昆明，会同处理死伤学生的善后问题，一面致电傅斯年等，“对吾青年学子剀切劝勉，应以学业学为重，而更应以教育前途及国家荣誉为重。
傅斯年显然低估了李宗黄在国民党内的影响力，他自然更不清楚前述蒋对李的许愿，因此，接到朱家骅来电后，即于 8 日复电明言，只要政府负责将李宗黄等调离，此间事便不难解决。
朱家骅注意到蒋宁肯撤换其嫡系将领关麟征，也不动李宗黄，知道其中定有隐情，帮他明确电告傅斯年说：“李事一时尚难办到，因此延长必生枝节，务请先行上课，恢复常态。”
李宗黄的问题不解决，不仅说不服学生，就连对教师方面也难有说辞。傅在各校教授和学生会代表间反复周旋后，深知在不能去李的情况下，事情相当棘手。既然蒋坚不去李，傅斯年只好转而向学生施压力。然而，学生坚持非对李宗黄等做出处理不可。
蒋介石经过长时间的考虑，找到既不让李宗黄丢面子，又能够缓和学生情绪的解决办法。朱家骅明确告诉傅斯年，可以向教授们透露，李宗黄将被免职，以便于推动教授们予以配合。然而，学生们仍然不肯复课。
“自请解散”显系釜底抽薪之法，此法多半出于梅贻琦的建议。梅贻琦这一建议是有原因的。因为战争结束之后，原由北京大学、清华大学和南开大学三校合并的西南联大即已开始考虑各归原地，复办原校。既然复校为迟早之事，万一政府逼不得已坚持要解散联大，自不如乘机停办联大，三校借此各回原地，早日复办原校。
方针既定，梅、傅即联合行动，由于得到重庆密电，听说“十五日以后如不复课，蒋即准备行动”，故他们在14日就紧急召集常委会，确定以17日为最后复课期限。为了配合校方的行动，卢汉也特地于14日前往学生所设的灵堂，亲自吊唁了被难师生，同时以17日为限，向学生下了最后通牒。
然而，经过近半个月时间的努力，学生仍然不肯复课。最终最好的办法，就是“自请解散”之一着。18日，蒋介石明令学生复课的最后期限可缓至20日。18日，梅贻琦以及云南大学校长熊庆来均表示学生三天内不复课，将辞去校长职务，数十位教授讲师亦公开表示将与两位校长同进退。
有鉴于此，中共云南省工委迅速出面，通过各支部展开对罢委会学生代表的劝说工作。在此情况下，19日，教授会公推冯友兰为等为代表，面见卢汉，得到卢汉承诺取消禁止自由集会之前令，学生方面开始让步。联大除师范学院外，20日各班均开始有学生上课了。此时，李宗黄被调离，学生罢委会即正式发出了复课启事，昆明学潮至此终于告一段落。