在停战令发布之前，国民党与共产党虽未宣战，却早已打得不可开交，各地战报频传。一纸停战令，虽然对两军均有约束，但其脆弱，一望而知。在这方面，国民党对中共尤其缺乏信任，不仅并不相信对方军队真的会停战，而且停战之日就已经在做开战的准备。
1 月 14 日，白崇禧召集总部后勤部及海空军主官集会。次日，他在转发停战令后电告蒋介石称：“遵委座元十二时停战命令，已由总部转饬各部队遵照，现战斗行动已经停止。
查共党要求停战实因数月来在军事上毫无进展，企图攫夺战略要点亦未达到目的，在我军之全盘优势下惟有寻求政治解决之一途，乃系军事挫折必然结果。惟共党狡狯，纵政治协商成功，共军是否服从军令，听命改编与调遣，其所割据地方是否服从政令，将割据之热、察、绥、囊、晋、鲁等省政权归政中央，恐尚须顾虑。
十分明显，国共两党停战能否成为事实，并成为常态，仅仅靠一纸停战协定并不解决问题。因此，在停战协定签订同一天召开的政治协商会议就成了世人瞩目的焦点了。
显然，无论是国民党，还是共产党，其高层这时都或多或少地相信，战后和平民主的潮流很难抗拒，停战和改变一党训政制度亦颇难避免。不论喜欢不喜欢，对于停战协定和政协会议，多数政治较温和一些的国民党人大都认为是大势所趋，不得不然。
他们这时最关心的，只是中共能否因此交出军队。在蒋介石身边主管情报的唐纵就曾表达过众多国民党人的这种复杂心态。他写道：“政治协商会议有两个特质：一是面临当前的现实困难问题；二是国际的要求。因此政治协商会议不得不开。
蒋介石这时的心态也大同小异，他甚至对会议的结果表现得似乎更有信心。会议进行到最后几天，正在养病中的军政部长陈诚因为注意到政协可能通过政治民主化的议案，因面急致电蒋提出：“须先军队国家化，然后始能政治民主化，否则，中央政权公开了，而共党军队仍不交出，将为国家无穷之害。”
对此，蒋颇不以为然。复电称：会议有我负责主持，不必过虑。
政治协商会议集中讨论国大代表资格、宪法草案修改、改组政府、和平建国纲领和军队整编五个方面的问题。其中最核心的，也是争论最大的是宪法草案修改和改组政府的问题。
中共这时在政协会上主攻的，是宪法草案。因国民党提交会议讨论的仍旧是 1936 年制定的“五五宪草”，其核心是实行总统制和中央集权制，具体做法是将国大作名义上的人民权力机关，而以总统为施政中心，五院从属于总统。
为打破这一专门以维护蒋介石的统治权为核心而设计出来的宪法草案，中共支持民盟提出制定西方式国会制和责任内阁制宪法的要求，为解决解放区的地位问题，力主实行地方自治。
关于改组政府问题，是由王世杰代表国民党提出议案，主张取消国防最高委员会，以扩大的国民政府委员会为最高指导机关，委员名额可在原有的 36 人基础上，由蒋介石指定并“提经国民党中央执行委员会通过，再增加 12 人。惟国民党人须占“特定程度多数”，以便“覆行领导的责任”。
1 月 22 日，马歇尔悄悄拜会蒋介石，说明自己在改组政府这一问题上的立场，并提交一份由他亲手拟定的《中华民国临时政府组织法》（草案），主张立即成立“临时国务委员会”取代国防最高委员会，该委员会由蒋指定 20 人组成，其中 9 人为国民党，6 人为共产党，1 人为民盟，1 人为青年党，3 人为无党派人士。
蒋可批准或否决该委员会通过的法令，但被否决之法令经该委员会委员 14 人再次赞同，则立即生效。蒋有权指定军事委员会委员长、五院院长、各部部长以及各部、院委员等，但其中 50%为国民党人，30% 为共产党人，20%由其他党派和无党派人士担任。
草案同时提出，一切妨碍人民言论、出版、集会、结社、迁徙自由，违反人民身体、房屋、钱财和名誉不受侵犯，破坏法律面前人人平等的法令，都必须予以废除。
马歇尔明白告诉蒋介石成立这样一个委员会，不仅不会削弱蒋的地位，而且将会使他实实在在地成为全中国的总统，而非如现在只是一党的领袖。他声称，美国陆战队不可能长时间留在中国，国民党在西北和东北的地位都已因苏联而严重削弱，如不采取变通办法，目前的中国将很容易受到苏联下层渗透方式的损害，从而使共产党的制度变得强大起来。
26 日晚，蒋介石与王世杰等国民党人反复讨论后，同意在政治协商会议上作出让步。随后，国民党代表正式承认以国民政府委员会为国家最高国务机关，委员选任形式上无须经过国民党中央执行委员会通过，国民党员且不得超过半数。
不仅如此，国民党还明确表示，愿意在协议上写上中共代表所提出的“凡收复区有争执之地方政府，暂维现状”的字样。由于此一规定使中共可以合法地控制现有区域，中共方面自然也高姿态地在国民大会代表资格以及整编军队原则等一些重要问题上作出让步。
由此，政治协商会议终于就政府组织、和平建国纲领、军事以及国民大会和宪法草案等五个问题达成书面的协议。根据政治协商会议通过的这五个决议案，国民政府委员会要在国民大会正式召开前进行改组，人数由过去的 36 人扩充为 40 人，其中 20 人为国民党人员，另外 20 人分别由各党派及无党派人士充任，各党派人选由各党派自行提名。
改组后的国民政府委员会应为政府之最高国务机关，一般议案须有出席委员半数通过，重要议案须有出席委员三分之二赞成始得决议，而蒋对委员会之决议如认为执行有困难时，可提交复议，但复议时有五分之三以上委员坚持时，该案应予执行。
在政协会议闭幕式的讲话当中，蒋介石对这次会议及其决议给予了相当高的评价。他在谈到各项决议案时明确表示：“我敢代表政府先行声明，政府必然十分尊重。一俟完成规定手续以后，即当分别照案实行。”
几乎是同样的情况，中共也很快发现政协决议与自己的主张“存在着距离”。不过中共中央显然认为这已经是目前可能争取到的比较好的结果了。它因此通告全党，重申“中国革命的主要斗争形势，目前已由武装斗争转变到非武装的群众的与议会的斗争”，“从此中国即走上了和平民主建设的新阶段”，“党的全部工作，必须适应这一新的形势”。
强调党准备实行军队国家化及“实行军党分立，军民分治”，说明：“我党即将参加政府，各党派亦将到解放区进行各种社会活动，以至参加解放区政权，我们的军队即将整编为正式国军及地方保安自卫队等。在整编后的军队中，政治委员、党的支部、党务委员会等即将取消，党将停止对军队的直接领导。
据此，中共方面很快即提出了参加国民政府委员会的人选，决定以毛泽东、林伯渠、董必武。吴玉章、周恩来、刘少奇、范明枢、张闻天等为委员，以周、董、林、王若飞）为行政院副院长和两个部部长及不管部部长的人选。在经过了无数暴力和流血之后，中国大地上出乎意外地显露出了有通过和平民主道路实现政治民主化和军队国家化的一线曙光。