6 月 13 日，国防部举行作战汇报，确定“今后作战方针，应关内重于关外。关内首先打通津浦、胶济两铁路，肃清山东半岛，控制沿海口岸”。
五天后，蒋介石下令首先解决位于鄂豫两省交界地区，被围已久的李先念和王震所部，给中共一个下马威。20 日，郑州绥靖公署主任刘峙下达作战计划，预定各部队 6 月 25 日到达指定位置，6 月底全面进攻。然而，周恩来 19 日就已经得到情报，中共中央当天就命令李先念部准备突围。
待 23 日进一步获知国民党方面确切的进攻计划之后，中共中央更严令李部：“立即突围，愈快愈好，不要有任何顾虑，生存第一，胜利第一。”“今后行动，一切由你们自己决定，不要请示，免延误时机，并保机密。”
结果，李部次日秘密集结，在国民党军尚未完全按部署到位之前，分兵突围而去。沿途虽仍遭强敌追堵，减员近三万人，但国民党围歼计划并未实现。
蒋介石既然已经不宣而战，毛泽东也迅速决定，把他的报复作战变成主动进攻。为了变被动为主动，毛泽东要求关内各主力部队准备依照新的作战方案开展攻势。
这新的方案就是：（1） 太行区以豫东地区为主要作战方向，集中主要兵力尽可能攻取长垣、考城、民权、兰封、封丘、宁陵、睢县、杞县、陈留、通许、太康、柘城、淮阳、商丘、鹿邑、西华各地，主要着重在野战中消灭敌人有生力量，相机占领开封；
（2） 山东区以徐州为主要作战方向，集中主要力量配合苏皖北部各区，攻取黄口、砀山、虞城、涡有、夹沟、符离、宿县、任桥、固镇各点，主要着重调动徐州之敌于野战中歼灭之，相机占领徐州；
（3） 以中原突围部队一部出河南，华中一部出江北，配合作战；（4） 上述作战基本目的以占有开封、徐州间及徐州、蚌埠间主要铁路线及上述各城之半数为初步，然后准备主力渡淮河向大别面、安庆、浦口一线进击。
不过，毛泽东的计划尚在与各地军政领导人交换意见的过程之中，国民党方面就进一步发动了打通胶济线的作战。
其第二绥靖区分东西两路，于 6 月 23 日起对中共山东军区发动进攻。第一阶段先后占领即墨、蓝村、胶县和淄川、博山，打通胶济路西段。之后又进一步发动第二期作战，成功夺取昌邑、高密等县城，打通胶济路全线。
就在第二绥靖区开始实施打通胶济线的作战之后不久，徐州绥署也于 7 月 4 日发布作战命令，决心“以确保京沪津浦长江之交通，而达到确实撰卫首都安全之目的，应先肃清长江以北，东台、兴化、高邮、盱眙以南地区，及津浦路南段铁道两侧地区之匪，以利尔后之进剿”。
第一绥靖区司令李默庵随即于 9 日召开作战会议，决定 13 日发起攻击。不料，其作战计划第二天就被中共方面获得，并“被摆到了调解国共和谈的美国特使马歇尔先生的办公桌上”。
中共将领粟裕当即决定“先发制人”，主动出击国民党方面原定担任攻击任务的整编第八十三师位于宣家堡和泰兴两地的两个团，“以错乱敌人的部署”。战斗从 7 月 13 日打响，至 15 日结束，宜家堡和泰兴的两个团除不到一个营脱逃外，基本被全歼。
而后，粟裕利用精准的情报，指挥部队与进攻之敌在根据地里东突西奔，六战六捷，以一万六千人伤亡的代价，歼灭了国民党军五个旅四万余人。但是，由于国民党军兵力强大，此举并没有能够阻挡住李默庵部的进攻。
到 8 月下旬战役结束时，国民党军已经基本达到了第一期作战目的，占据了如皋、海安等要地，从而可以确保长江通道的安全了。与此几乎同时，部署在淮南的国民党军主力之一，第五军和整编第七十四师第五十八旅，也奉命于 7 月 16 日开始进攻淮南的中共武装。
两周后国民党军即攻占天长、盱眙，进抵洪泽潮，把中共在淮南的华中第二师挤到了苏北淮南交界地区。而淮北的国民竞军亦于 7 月 18 日发动攻势，先后占领灵壁、泗县、五河、濉溪口、朝阳集、曹八集。使中共陈毅部陷入严重困境。
紧接着，徐州绥署以第五军和整十一师进攻肠山、夏邑，以整二十八师进攻碾庄，以整五十九师和七十七师进攻台儿庄，以整六十九师、整七十四师和第七军进攻宿迁。在陆续达成目的后，再令第七军向泗阳推进，掩护整七十四师进攻两淮，以整二十八师和整六七九师跟进宿迁和洋河，以为守备。
此次作战中，陈毅部因情报不确，部署失当，导致泗阳防守兵力严重不足，中共苏皖根据地首府淮阴，以及苏北重镇淮安，很快均告失守。到 10 月底，中共军队被挤压在盐城、涟水、阜宁、沭阳一带狭小区域，继续坚持苏北已无可能。
12 月 3 日，国民党军再度发动大举进攻，先后攻占涟水、盐城、阜宁。尽管陈毅、粟裕两部在宿迁以北成功歼灭进攻新安镇的整六十九师三个旅两万余人，师长戴子奇被迫自杀，但是，苏北根据地也全部落入国民党军的手中，中共军队被退过陇海线，进入鲁南。
这个时候中共在各地作战，虽丧城失地甚多，但到底也让国民党军损兵折将不少，唯独在华北战场，晋察冀和晋绥两军区失地多而无斩获。
中共战后在华北战场占据着主动地位，因此，内战开打之后，毛泽东亦为华北两军区规定了较高的战斗目标，即要求它们准备用六个月或较多时间，以晋察冀军区主力夺取平汉路北平石家庄段，相机占领保定与石家庄；然后会合晋绥部队夺取正太、同蒲两路，相机夺取太原和大同两城，从而将中共华北各根据地基本连成一片。
为此，两军区为集中兵力，决定先打大同，再战平汉，然后再夺正太路。部队于 7 月 20 日开始围攻应县，8 月初开始围攻大同，但攻了一个月，始终未能得手。蒋介石将指挥和救援大同的任务交给第十二战区司令长官傅作义，傅部 9 月初开始自归绥出兵救援，中共集宁作战严重失利，被迫撤围大同。
紧接着傅作义部以主力摆出架势，进攻中共华北区中心城市和连接西北与东北的交通枢纽张家口，却以骑兵避开铁路线，急速奔袭，于 10 月 11 日成功占领几乎没有留置部队把守的家口。而与此同时，中共在热河、冀东和察北的根据地，也先后丧失。整个华北战场，仅鲁西南晋冀鲁豫军区在定陶地区的一次作战，有所收获。
国民党军进展顺利，先后进占单县、城武、鱼台、金乡、定陶、菏泽，并沿着菏泽、济宁公路由西向东推进，直逼晋冀鲁豫根据地中心的巨野和嘉祥地区。由于中共军队求歼整十一师未果，主力随后还是被迫退过黄河以北。
此番作战，国民党在夺取实地上可谓占尽风光。以至于参谋总长陈诚公开宣布：如果真的对共产党开战，也许三个月到多五个月便能解决。以国军的力量，对于交通，任何一线均可在两周内打通。蒋介石亦不顾国共关系全面破裂，马歇尔可能退出调停，单方面宣布限期召开国民大会。随着 11 月 15 日国民大会正式召开，马歇尔的使命即告彻底失败。
面对如此形势，就连一向主和的王世杰，也觉得中共是太过自信而自讨苦吃了。据此，王世杰已不反对用武力解决东北问题，只是他再三提醒蒋介石和陈诚，无论用什么方法，都必须要快，不能久拖不决。
但是，即便在战况看起来很有利于国民党方面的情况下，也还是有人对国民党军实力受损的情况有所认识和担忧。故1946年1月1日傍晚军令部高层聚会时，不少人“以为蒋先生暨陈诚在国民大会时宣称半年内可将华北共匪消灭一切，绝难做到”。