蒋介石于 6 月 25 日起接手国防部的军事指挥权，彻底地独断独行。此前国民党的高层军事指挥，至少分国防部和行营两条线，结果形成双重指挥体制，部队常常不知所措。独断独行，至少减少了因为指挥意图矛盾或指挥系统混乱给部队带来的困扰。因此，在最初的作战中，国民党的军事确有一些起色。
如在山东战场，国民党军从 6 月 25 日开始全面进攻，除三十二师、六十六师和七十二师，以及整五十七师等相继被歼外，成功地达成预期作战目的。
10 月初，国民党军先后占领中共山东野战军用来接运驻朝鲜苏军通过南满转运来的各种军用物资的重要港口烟台和威海卫，并且使华东野战军一、三、四纵队遭受到数万人伤亡和被俘的重大损失。
而与此同时晋冀鲁豫野战军按照中共中央的部署挺进大别山，虽然最终实现战略目的，但一路上也被迫丢弃几乎所有重武器，部队减员三万以上，近万人被俘。进入大别山以后，虽然部分牵制国民党军对山东的重点进攻，自已却因为陷入桂军经营多年的地方，部队难以在民众中立足，以至损失严重。
先是 8 月 20 日，国民党胡宗南部属下的整三十六师在陕北沙家店地区被歼。然后由晋冀鲁豫野战军第四纵队为主组建的陈赓、谢富治集团大举渡过黄河，挺进豫西，连歼国民党守军约三万人，并利用缴获组建了弹炮团。
到 12 月下旬，经过一系列的作战之后，陈、谢部一举将一直尾追其后的国民党军第五兵团部和整三师全歼于西平和遂平之间，俘虏了兵团参谋长李英才和整三师师长路可贞等。
其间，山东战场的形势也开始改变。原本被动挨打的中共华东野战军西线兵团通过在沙土集全歼整五十七师，俘虏其师长段霖以下 7500 多人，其东线兵团成功跳出国民党军的包围圈，取得主动。
几乎与此同时，一直战绩平平的晋察冀野战军发动清风店战役，于月中旬包围胡宗南的嫡系部队罗历戎的第三军。经过三天战斗，歼灭该军 17 万余人，俘虏罗历戎以下 1.1 万人。该部随即乘胜夺取孤立的石家庄，全歼守军两万余人。
东北民主联军亦从 9 月 14 日起，发动秋季攻势，在辽西走廊歼灭国民党军第四十九军军部和两个师，共 1.6 万人，进而在中长路长春至铁岭间全歼国民党军第一一六师主力和第一三○师一个团，计两万余人。
40 天后，该部再度发起冬季攻势。于 1948 年 1 月 5 日全歼国民党新五军军部并两个师，俘虏军长陈林达等。之后，连克辽阳鞍山、开原和四平，全歼守敌第七十一军第八十八师等，迫使吉林守军逃往长春。
其间，国民党第五十二军暂编第五十八师师长王家善率部起义。至此，国民党军在东北只剩下长春、沈阳和锦州几个孤立据点，相互交通全部被切断，只能靠空运补给。
蒋介石虽极力设法，组织兵力救援，却发觉已经没有足够的机动兵力可用，只能下令东北守军突围南撤，但守军将领明告，全无获胜和安全脱离把握。这一回，蒋介石再想要将部队退回关内都没有可能了。
中共这时最为困难的是在大别山的刘伯承、邓小平所部，因为无法完成建立根据地的任务，又四面受敌，不得不进行游击战，消耗极大。毛泽东最终意识到前此计划无法实现，遂同意部队暂时离开大别山，以便集结力量作战。
刘、邓部跳出大别山后，中共在中原战场的作战明显地活跃起来。3 月中，华东野战军一部与陈、谢兵团攻取洛阳，歼灭守军青年军二○六师等部，俘师长邱行湘等。其后主动撤出，复于 4 月 5 日再克洛阳，又歼守军一部。
此际，中共山东兵团也积极出击，连克张店、周村、淄川、潍县，俘虏整九十六军军长陈金城等。西北野战军则发起宜川战役，一举列灭国民党援军整二十九军所部两个师四个旅，击毙军长刘斟等，占领宜川。随后于 4 月 21 日收复延安。25 日占领洛川，并且一度攻克宝鸡。此战就连蒋介石也承认对陕西战场影响甚巨。
进入 5 月份后，国民党人忙于总统选举，闹得不亦乐乎。中原野战军的刘邓部乘机发动皖东战役，击溃张轸兵团后卫第五十师主力。
同月，粟裕所部华东野战军渡过黄河，于 22 日夺取河南省会开封，进而发起睢杞战役，于 29 日包围第六绥靖区副司令区寿年率领的区兵团，歼灭整七十五师和新二十一旅，俘虏区寿年和师长沈澄年等。
这时中共山东兵团也乘机攻克兖州，全歼守敌整十二师。中原野战军则乘汉水流域国民党军兵力空虚，长途奔袭襄樊，歼其守军，并俘虏了第十五绥靖区司令康泽。
中共华北部队也在这段时间里夺取临汾，切断平绥、平承、北宁、平汉铁路，并且成功歼灭太原绥署主任阎锡山组织的争夺麦收的南进部队一个总部，四个军部，九个师，两个总队。第七集团军总司令赵承绶被俘。山西省会太原至此成为一座孤城。
许多国民党军事幕僚人员这时已经确信，陈诚也好，蒋介石也好，都不足以应付目前关内的军事困局，他们力主将蒋介石极为忌讳的桂系将领白崇禧请出来，至少是主持华中战场的指挥，并给以全权。
即使到了这种时候，国民党人内部相互防范、排斥和不信任的情况，仍旧极其严重。被蒋授命负责打通沈阳和锦州交通的冀热辽边区司令范汉杰，就密告蒋在前线的耳目，反映东北剿总司令长官卫立煌不满任命他进驻锦州，分割其权力，因而“处处牵制”。
而事实上，东北剿总参谋长赵家骧、廖耀湘等表面拥卫，暗中各处活动，不惜以种种造谣手段，期使杜聿明重回东北。范汉杰也采取各种办法拉拢驻锦部队，如组织军官代理人俱乐部，由自己领导，以便时机成熟时能够掌握部队。
国民党人之间为什么会走到近乎四分五裂的状况？这一方面由于国民党历史上派系林立，蒋介石靠收编地方势力维持形式上的统一，另一方面则明显地与蒋介石自身的统治术有关。
对于此点，这时就连国民党内众多干部都再也看不下去了。眼见整个军事、政治和经济形势急剧恶化，他们纷纷集会、上书，检讨“病根”，直言蒋独裁统治之错误。
他们指出：“国大代表和立委除了极少数人以外都是失意的军人、腐化的官僚政客、封建的土豪劣绅以及资本家投机商人。至于领袖干部，无论团或党，都是以派系的利益为前提，来决定他们的态度和政策，从来没有见过他们体会领袖（指蒋介石）的意思，真诚的来实行。
关于共产党问题，多数人也明确认为根子在自己身上： “共党是党政军一元化，本党则否”，不仅“党的权力集于领袖一身”，“‘专断’、‘独裁’”，“只有集权，没有民主”，凡事只与一二左右亲近者谋之”。
他们提出：“恢复党信”，“决意实行民生主义”，声称为事“非钧座有大改革之决心，无以扭转危局也！”