王昆仑，是典型的激进青年学生的代表，其反帝反军阀的态度，与共产党人并无二致，他也相信共产党是革命党，愿意与之携手并进。正是在这种情况下，30年代以后，他甚至逐渐走上了与共产党合作的道路。像王昆仑这样的激进青年学生这时竟公开走上主张分离共产党的道路，足以见部分国民党人这时排斥共产党人的情绪，已经达到了何等普遍和激烈的程度。
其实，自1924年5月会议后共产党人对国民党的态度越来越激烈，甚至开始谋求国民党中央和各地机关领导地位的情况，就连莫斯科这时也觉得不妥了。1925年9月，莫斯科方面已经注意到，中共许多领导人对国民革命的态度“有产生左倾的危险”。
为此，共产国际执委会甚至给中共中央专门发出了指示，强调：“应赶紧重新审查同国民党的相互关系的性质”，“党团不应发号施令”；“共产党不应要求必须由自己的党员担任国家和军队的领导职位”等。10月初，当莫斯科得知鲍罗廷发动广州事变，胡汉民、许崇智相继被挤走后，更是表示“绝对无法理解”，明确批评这种做法实际上是在把共产党孤立起来，而且会使广州因左倾而陷入孤立和毁灭。
就在莫斯科开始担心鲍罗廷和共产党人太过“左倾”的时候，鲍罗廷还在继续推行他的排挤国民党“右派”的行动。在他的推动下，汪精卫等人在挤走胡汉民、许崇智之后，很快把矛头指向一切有反对“容共”政策嫌疑的党内高级干部。广州因此眼看就要成为清一色的左派阵地，所有受到排挤或深恐国民党中央落入鲍罗廷和共产党人之手的国民党人，不免会因此而极度不安与恐慌。
9月11日、12日、13日，在上海的国民党老党员们接连聚会，对于广州事变拟有所讨论。他们一致认为汪精卫“剪伐异己之心益彰矣”。28日，邵元冲、林森、邹鲁、谢持、覃振、叶楚伧、孙科等在谢持家“会议党事”。决定一面派人秘密活动蒋介石、谭延?等军事将领，争取同情。一面集合多数中央执行委员及监察委员，就党事及政治召开专门会议，决定补救办法。
在一番紧锣密鼓的秘密联络之后，经由邹鲁起草，于11月30日致书广州汪精卫、蒋介石等，公开说明他们的政治主张。
11月23日，西山会议如期举行。出席会议的有中央执行委员叶楚伧、居正、沈定一、邵元冲、石瑛、邹鲁、林森、覃振、石青阳，候补中央执行委员茅祖权、傅汝霖，中央监察委员张继、谢持共13人。林森、邹鲁分别担任会议主席。西山会议通过决议，宣布中国共产党“非法”，取消共产党员的国民党党籍，分别开除共产党人谭平山、李大钊、毛泽东等的中央执行委员会委员和候补中央执行委员职务，并取消他们的党籍。“解雇顾问鲍罗廷”等。
会议通过了《取消共产党员的国民党党籍宣言》、《开除国民党中央执行委员共产党人李大钊等通电》、《取消政治委员案》等决议。会议还决定开除汪精卫党籍六个月，声称“汪精卫违反总理容纳共产派归化本党之本意，与顾问鲍罗廷朋比为奸，扰乱本党组织，以致客卿专政，共产党人揽大权”。
会议最后提醒大家：如果不在国民党内实行清党，恐怕“再过一年，青天白日之旗，必化为红色矣”。西山会议正式与广州国民党中央分庭抗礼。面对这一形势，广州方面于12月4日公开发表通告，宣布西山会议违法。
1926年3月29日至4月10日，支持西山会议的国民党人齐集上海，宣布召开中国国民党第二次全国代表大会，并另立中央。但无论西山会议，还是上海“二大”，与会者都还公开承认共产党为“革命友党”，而下层支持西山会议的党员却越来越多地开始将共产党视为“反革命”了。
仅以上海《民国日报》为例。12月14日，他们宣布共产党为友党。但到22日，该报文章即开始指责共产党人为“反革命分子”。理由是东征军第一师师长何应钦查获共产分子李侠公密信，其中写道：“我已随第一师到达石湾三日，尚未填具报告者，以四周都非同志，而又同居一室。”“军官方面，我们工作尚无妨碍，可以暗中畅行，及藉机会宣传我们的主义。”该报藉此指责李视国民党党员为“非同志”，在党军内暗中宣传共产党主义。
文章由此宣判：“在国民党中，凡是不完全依据三民主义、五权宪法而号称革命的，便是国民党的叛徒，便是反革命。所以在这一个基础上看，陈炯明、冯自由、谭平山、毛泽东、翟秋白辈，同是国民党的叛徒，同是反革命分子。”
不过，严格说来，西山会议虽然在组织上造成国民党内部的极大分裂，对于下层党员的影响颇为明显，而它对广州国民党中央内部的影响却十分有限。让人意想不到的，反倒是那些一度反对西山会议，和部分介入了西山会议发起过程，随后又被共产国际、中共中央和广州国民党中央请回广州去的国民党老党员，在1927年国共分裂的过程中扮演了极其关键的角色。
这既包括1925年始终不赞成强行分共的吴稚辉、李石曾、张静江等人，也包括这个时候一度赞成分共的戴季陶、邵元冲、叶楚伧等人。但是，西山会议的准备、发动与召开，毕竟使他们更直接地卷入到党内斗争，特别是国共斗争的政治风波当中来了。
一年以后，他们不仅全部转向赞同分共，而且他们的言论和决心已远远超过西山会议派，完全彻底地转向政治反共。正是他们的存在，以及相当一部分本已附和西山会议，随后又以各种形式回归广州国民党的中下层党员，在相当程度上影响的推动了1927年蒋介石最终下决心走向“清党”。这应该是西山会议派始料未及的一种后果。