一九三九年元旦，陪都重庆。为加强抗战后方的纵深，国民政府决定成立一个新的省份：西康省。西康省位于川藏之间，分康定、雅安和西昌三个区，辖区面积相当于五个浙江省。被任命的西康省政府主席，是与蒋介石有着很深隔阂的川军首领刘文辉。为了表示坚决拥护中央抗战，刘文辉特地把雅安最宽的一条街命名为“中正街”。人烟稀少的西康省，汉族与少数民族杂居，少数民族多数是康巴人。
执政的国民党人，自一九三九年初开始，按照军事委员会的说法，即抗战的“第二期”开始时，竟然发现政府已经没钱了。抗战近二十个月，国民政府丢掉了二十五个主要城市，几乎涵盖中国所有的物产精华地区。 国民政府的税制中没有所得税，国家财政收入主要依靠海关，但沿海的上海、天津、青岛、广州、汕头、南通、宁波等重要海关丢失后，国家的财政收入至少损失一半以上。世界舆论普遍认为，仅就国民政府的财政能力而言，中国的抗战顶多还能支撑半年。可是，尽管国家财政已经濒临崩溃，还是要养活数量庞大的军队。在中国广袤的国土上，没有足够数量的军队，便无法支持与曰军在漫长战线上的军事对峙。
武汉失守后，中日两军在正面战场的对峙态势是：卫立煌的第一战区：主要作战兵力十二个步兵师和一个骑兵师，战场地域以洛阳为轴心，背靠豫西伏牛山，钳制着晋南中条山，与占领同蒲路（大同至风陵渡）南段和豫北的日军平田健吉的第三十七师团以及前田治的第三十五师团对峙。阎锡山的第二战区：主要作战兵力三十二个步兵师和五个骑兵师，战场地域以晋西南的吉县为轴心，囊括了晋西数县，背靠陕北宜川，与占据太原的日军筱冢义男的第一军对峙。
顾祝同的第三战区：主要作战兵力二十二个步兵师，战场地域以皖南屯溪为中心，背靠浙赣闽腹地，与日军藤田进的第十三军对峙。张发奎的第四战区：主要作战兵力十八个步兵师，战场地域以广东韶关为基地，与日军安藤利吉的第二十一军对峙于北江、西江两侧。李宗仁的第五战区：主要作战兵力三十四个步兵师和一个骑兵师，战场地域以湖北襄樊为根据地，主力位于鄂北和豫南的大洪山、桐柏山区。战区副司令长官李品仙率桂军的两个军滞留在平汉路以东的大别山区，以牵制或阻滞日军西进。
朱绍良的第八战区：主要作战兵力六个步兵师和四个骑兵师，战场地域以兰州为基地，指挥西北马家军和傅作义的部队，与日军冈部直三郎的蒙疆军对峙于绥蒙与黄河河曲地带。薛岳的第九战区：主要作战兵力五十二个步兵师，战场地域以湖南衡山为基地，与日军冈村宁次的第十一军对峙于赣湘鄂边的幕阜山脉以及鄱阳湖和洞庭湖畔。蒋鼎文的第十战区：作战兵力九个步兵师、一个骑兵师，战场地域为陕西省周边。
另外，国民政府军事委员会统辖的敌后游击区是：于学忠的鲁苏战区，主要作战兵力七个步兵师和部分游击部队，战场地域为江苏省北部和山东省；鹿钟麟的冀察战区，主要作战兵力五个步兵师、一个骑兵师以及河北游击部队。除此之外，国民政府军事委员会还直辖三十二个步兵师，其中二十三个步兵师用于一线部队的轮替和应急作战，主力配置在衡阳至桂林之间；剩下的九个师布置于川康陕地区，任务是“绥靖”。
尽管中国军队陆军总兵力已达二百四十二个师又四十个旅，可打起仗来却总是捉襟见肘。就中国军队综合战斗力而言，每场作战都须投入对战日军十倍左右的兵力，此时日军侵华兵力总数已达四十多万，中国军队一线战场配置三百万兵力显然不够。 因此，南岳军事会议确定了“三分之一”计划：三分之一的部队担任一线作战，三分之一的部队担任敌后游击，另外三分之一的部队调到后方整训，争取一年之内把全国军队轮训一遍。可是，在战争仍在进行的时日里，这一轮训计划直到数年后战争结束时都没能完成。
一九三九年一月七日，国民政府颁布抗战第二期作战指导方案。这一作战指导方案，内容之空泛、战略之消极、行文之简陋令人吃惊。 但是，从这一简陋的方案中又可看出，蒋介石特别设立的第十战区以及鲁苏、冀察战区，其主要针对的不是日军，而是共产党武装。第十战区所辖地域，将共产党中枢所在的陕甘宁边区严密地包裹起来。从一九三九年开始，第十战区的辖区内没发生过任何一场亨日军的作战，但其保持强大兵力的态势一直持续到抗战结束后国内战争爆发。
一九三九年一月二十一日至三十日，中国国民党在重庆召开了第五届中央执行委员会第五次会议。 会议内容涉及第二期抗战的政治、军事、经济、外交、教育等方面，主要议题是抗战和党务。基于共产党不断发展壮大的现实，蒋介石严厉要求国民党人检讨自身缺陷，他认为目前党内充斥着“惰性”、“虚伪”、“散漫”和“迟滞”等不良习气，最严重的是普遍存在的“信仰危机”几乎导致国民党“奄奄一息”。蒋介石在会上公开表示：共产党当然有它的策略，看过它的党的建设就可以知道，它对于中国国民党自然没有好意。它所以要和我们合作，不过是一种策略而已。国民党必须拿出“有进无退的革命办法”来应对。
根据国民党人的思维逻辑，国民党五届五中全会的议题重点从对外转到了对内，会议制定出了一整套“溶共”“防共”“限共”“反共”的具体政策，会后一系列相关的秘密文件相继出炉：《防制异党活动办法》《异党问题处理办法》《共党问题处置办法》《运用保甲组织防止异党活动办法》《沦陷区防范共党办法草案》等等。在与日军的军事对峙中“极力保持现在态势”的同时，国民党已开始转向于如何防范、限制、排斥和打击中国共产党。
令国民党人心绪复杂而又颜面难堪的是，就在他们拟订反共文件的这段日子里，蒋介石不断地接到共产党武装在敌后与日军作战的战况电报。鉴于共产党武装在敌后战场的积极作战，鉴于全国民众对国共合作团结抗战寄予着厚望，国民党又不得不对反共行为有所顾忌，其一系列反共文件的出笼都极其机密。
一九三八年秋冬之际，中共中央扩大的第六届中央委员会第六次会议在延安举行，参加会议的中央委员和候补中央委员共十七人，中央各部门和各地区的领导干部三十多人。 会议的中心议题是毛泽东所作的政治报告《抗日民族战争与抗日民族统一战线发展的新阶段》以及毛泽东在会上所作的结论《战争和战略问题》。 毛泽东认为，抗日战争的“相持局面快要到来了”。 与抗日战争发展到新阶段同步，抗日民族统一战线也发展到了新阶段。
以毛泽东的政治报告为基础形成的《中共扩大的六中全会政治决议案》指出：“全中华民族的基本任务应该是：坚持抗战，坚持持久战，巩固和扩大抗日民族统一战线，以便克服困难，增加力量，停止敌之进攻，实行我之反攻，以取得最后驱逐日寇出境和建立独立自由幸福的三民主义新中国的光荣胜利。”