三月六日，史迪威到达重庆。再次会见蒋介石时，他阐述了自己前来中国的主要任务：一、奉命指挥中国、缅甸和印度的美国军队；二、奉命监督和管理美国对华援助物资的分配和使用；三、代表美国政府出席重庆的军事会议；四、担任中国与印缅战区总司令韦维尔之间的联络；五、管理、维持并改进滇缅公路，同时敦促英方改进缅甸境内的该公路；六、指挥在印度的美国空军。蒋介石顿感疑惑，因为史迪威没提他出任中国战区参谋长一事。在蒋介石的追问下，史迪威才说：“本人为钧座之参谋长，直接受钧座之指挥。”
八日，仰光陷落。十日，蒋介石再次会见史迪威。 蒋介石拒绝了史迪威提出的立即向日军采取攻势的建议。蒋介石坚持必须弄清楚日军的动向之后再组织进攻，并主张把主力集结在曼德勒周围，诱敌深入加以击溃，然后反攻突破，一举收复仰光。蒋介石的这种战法，显然源于长沙作战胜利的影响。实事求是地说，面对战斗力很强的日军，或许这是较为合理的战法，但作为美国军人的史迪威无论如何也难以理解中国式的游击作战是怎么一回事。
蒋介石要求缅甸境内的英军必须归史迪威指挥，把那个无能且傲慢的总司令韦维尔抛到一边去。这让史迪威很满意。蒋介石给罗斯福发电报，请求美国人出面说服丘吉尔将缅甸的英军指挥权交出来。罗斯福明白蒋介石是想利用美国遏制英国，可他不愿意得罪丘吉尔，因此婉转地拒绝了蒋介石的请求。可是蒋介石态度强硬：入缅的中国军队绝对不能与无法信任的英军混合使用，如果英国人坚持两军混合使用，他宁可把入缅的中国军队全部撤回来。
一九四二年三月十二日，在各种矛盾交织下，中国远征军第一路司令长官部正式成立，卫立煌任司令长官，杜聿明任副司令长官。远征军共约十万人。其战斗序列是：第五军，军长杜聿明。辖新编第二十二师，师长廖耀湘；第九十六师，师长余韶；第二00 师，师长戴安澜。第六军，军长甘丽初。辖第四十九师，师长彭璧生；第九十三师，师长吕国铨；暂编第五十五师，师长陈勉吾。第六十六军，军长张轸。辖新编第二十八师，师长刘伯龙；新编第二十九师，师长马维翼；新编第三十八师，师长孙立人。
十八日，蒋介石再次接见史迪威。当时，盟军希望沿仰光至曼德勒、曼德勒至密支那的南北铁路大动脉，于缅甸中部地带建立起一条自东向西跨越铁路的防线，以阻止日军向北推进。而实际上，这样一条防线已在缅甸南部，即仰光以北约一百六十公里处形成了：西边的卑谬由英军防守，中间的同古由中国第二 OO 师防守，东面的泰缅交界处也由英军防守。日军占领仰光后，开始向北推进，逐渐逼近同古。史迪威要求中国远征军主力迅速南下，集结于同古以北的彬文那一线，在增援第二 OO 师的同时准备反攻作战。
对此，蒋介石坚决反对，其理由是：中英对各自的作战区域负有独立责任。在中国军队支持英军作战之前英国人必须拿出具体行动证明他们是在努力作战而不是一味地逃跑。如果英国人不能证明这一点，那么中国军队就没有理由去填补由于英国人的溃逃而出现的战线缺口。实际上，蒋介石知道，如果中国军队集结反攻，有可能阻挡住日军的攻势，甚至有可能夺回仰光再度打开外援港口，但是成功的可能也同时意味着遭遇危险和损失的可能。特别重要的是，史迪威的计划成功，有赖于英军必须守住中国远征军的左翼卑谬，这对于逢战必逃的英军来讲可能吗？
第二天，蒋介石在又一次会见史迪威时作了一些让步：允许新编第十二师向南推进增援第二00师，同时在英国人失守卑谬时也可增援他们，但坚决不准远征军主力越过同古以北约百公里处的彬文那线。蒋介石要求史迪威守住曼德勒，史迪威表示他无法作出承诺，只能尽力而为；如果坚持让他承诺，只能另派一个愿意承诺的人去。
史迪威与英缅军总司令亚历山大见面时，亚历山大对史迪威居然指挥中国军队茫然不解，因为英国人仅仅知道美国派来一位联络官而已，英国人并不欢迎半路上来个美国人插手缅甸事务。而史迪威严重怀疑英国人保卫缅甸的决心，他对面前的这些傲慢无礼的英国佬充满厌恶，他对著名的亚历山大上将的描绘是：“谨小慎微。又长又尖的鼻子。极其鲁莽、冷漠。”实际上，亚历山大也是个摆设。美国陆军部通知史迪威：美英联合参谋长委员会已授权缅甸盟军部队全部归印缅战区总司令韦维尔指挥。
为了争夺指挥权，亚历山大飞到重庆面见蒋介石。结果是，四天前明确表示中国远征军将服从史迪威的指挥，现在却允诺入缅中国军队将听从亚历山大的指挥。谈话之后，蒋介石委托夫人宋美龄给史迪威送去一张便条，让史迪威把最高指挥权交给亚历山大。亚历山大返回腊戍后，当着中国入缅参谋团团长林蔚的面宣布：他才是缅甸作战的最高指挥官，那个叫史迪威的美国人也归他指挥。结果，不但史迪威对蒋介石的出尔反尔非常愤怒，就连中国入缅参谋团和远征军将领也认为英国人的做法实在过分，于是没有人再理会蒋介石的那张便条。
面对强敌，作战指挥问题盘根错节、相互掣肘，如何打仗？后来的战事证明，英军除了为自己的逃跑而调动中国军队外，根本没有在对日作战上担负起任何指挥责任。中国方面收到了一份由英军制订的中国远征军入缅作战部署。这是英军对入缅作战的中国军队进行的第一次部署，但却是一个地地道道利用中国军队掩护自己撤逃的部署。
中国远征军第六军的三个师，被分别配置在英国人长距离撤退的必经路线上，并且英国人唯恐路线不保，还把第五军调到战略要点棠吉（今东枝）作为第六军的预备队。于是，在英国逃跑路线的正面，中国远征军第五军构成了两道阻击线，而英国人仅负责防守两个主要交通交会点。更有甚者，英军在中国远征军的各军和各师都派有联络参谋，却拒绝中国远征军派联络参谋到英军的师、旅指挥所去----英国人要尽可能地掌握中国军队的动向却不准中国军队知道他们在干什么。
儒弱者的自私深入骨髓。“如果纯粹从理性观点看，蒋介石此时或许应该断然把中国军队撤回中国境内”。但是，蒋介石担心的不是英国人如何被日军追杀而是自己国土后方的安全以及支持中国持久抗战的外援物资。因此即使明白英国人居心叵测，中国远征军也要作战，为自己国家的命运而战。