念及地宫已经严重变形，随时有坍塌的风险，考古队决定从地宫前室和后室藻井处同时发掘，争取在最短时间内取出文物，运送至扶风县博物馆保存。清理前室的工作要比想象中复杂，由于丝织物的残片和断线都掉在犬牙交错的石缝里，清理组小心翼翼地拨弄、提取后，工作人员方能放开爬行。到了第三道石门，就到了地宫的中心中室，受塔身重压影响较小，中室地面基本水平，狭小空间被一座通高1米多的汉白玉灵帐所占据，“堆满中室的香料，已经炭化退去着色的丝绸织物，外形有点类似塔刹的熏炉”，让任周方有了一种不速之客之感。

汉白玉灵帐的西侧，空出仅一人能爬行的通道，通道西北角，放置有外表破损的檀香木匣，内装一叠瓷器，怀疑是唐代遗物，对照物账碑上记载“瓷秘色碗七口，瓷秘色盘，叠子共六枚”才知为仅存于文献，未见其形的秘色瓷。灵帐后面，考古队发现了一尊造型特异的菩萨像，曲跪于莲花台上的菩萨双手捧着一个荷叶盘，盘里金色匾上有錾文，直指其身份为捧真菩萨，铸于咸通十二年（871）十一月十四日，唐懿宗生日时。佛祖舍利迎至宫内时便置于盘上供皇帝礼拜，实属地宫重器。

另一边，掀开天井，清理后室的工作也在有序地进行，天井下边室内堆积了各类金银宝器，石室北侧立着的大金盆和北面角落里的大锡杖让人想起此前老人所说的“铜鼓”和“棍”。石室中文物的堆放是以石室北部一方金色宝函为中心的，日后震惊世界的香囊、琉璃器、唐王室茶具皆出于此室。

如果将整个地宫看作佛指舍利居所的话，中室有用于坐卧的灵帐、生活所用的茶具秘色瓷、熏香用的香炉等，似乎是一个可以“居住”的地方，而后室则类似储藏室，多得是你不知道的国宝，就在那放置金色宝函地板下30厘米处，土层里布满了“开元通宝”的铜钱。后室还发现了一个看似平常的铁函，里面竟放着释迦牟尼的真身舍利。

到4月底时，法门寺地宫内文物清理工程基本结束，地宫形制清晰可见，由踏步漫道、平台、隧道、前中后三室、秘龛七部分组成，一道五门四室的规格，完全仿照帝王陵墓规制而建，大部分出土物品都能对应物账碑上记载，用来供奉佛指舍利。