1926年夏之前，以李宗仁、白崇禧为首的新桂系还仅只是一支影响力有限的地方军事力量。北伐之前，桂军共有9个旅。李宗仁率其中4个旅共8个团组成国民革命军第7军参加北伐，其余5个旅则编为第15军留驻广西。在李宗仁的指挥下，桂系第7军先后在湖南、湖北对吴佩孚，在江西对孙传芳作战。这两部皆为北洋军之最精华，但桂军能独当一面迭摧劲敌，几乎是一手打下了江南半壁江山。
至北伐结束，桂系的军事力量在短短两年间得到迅猛扩充，李、白的基本军队扩大到4个军，此外还收编了唐生智部5个军及其他杂牌3个军，成为关内蒋、冯、阎、桂四大军事集团之一。桂军在整个北伐期间几乎从无败绩，军事声望甚至超越了蒋介石的黄埔系。
但正是北伐这场大考中获得的军事满分，让桂系忽视了自己在其他方面的短板。首先是政治上无建树。桂系在党、政两条线上都没人，以至于在南京中央的多方政治博弈中毫无话语权。其次是经济上无办法。老家广西是个穷省，而湖北又刚拿到手中，区区两省地盘远不足以赡养20万部队，粮饷主要仰仗南京政府拨给，因而处处受制于人。
但桂系人物并没有意识到问题，反而自我感觉颇好。作为南京政府手里最强的一张军事王牌，桂系过于高估了自己的价值。以李、白为代表的桂系高层，只看到了黄埔系在北伐中的各种不能打，却没看到黄埔系背靠中央，有“挟天子以令诸侯”维护政令军令统一的政治优势，更没注意到蒋介石背后还有江浙财团和英美日政府的大力支持。
桂系最致命的错误，是错估了北方冯、阎两个军事集团对蒋桂之争的态度。它以为自己与冯、阎同是受蒋介石压迫的战友，天然就应该可以携手反蒋。却没想到冯、阎最怕的却是蒋、桂携手，在蒋介石与桂系的联盟彻底破裂之前，冯、阎绝不敢轻率挑战这个既有钱（蒋）、又能打（桂）的联盟。所以蒋若打桂，在冯、阎看来无异于南军自屠功狗，他们当然只会搬个小板凳吃瓜看热闹。
从蒋介石的角度讲，他还真不是非得先拿桂系开刀，但无奈桂系实在太能作死了。桂系不是有计划地统筹谋蒋，而是毫无统筹地各处盲动—北平搞北平的、广西搞广西的、湖北搞湖北的。桂系首领之中，李宗仁豁达宽宏、谦恭退让，与蒋介石本无冲突；白崇禧作为北伐军参谋长，也与蒋共事尚洽。论理说，桂系本不至于冷不丁挨上蒋介石这“削藩”第一刀。但是桂系的其他军头，就远没有李、白这样的水平了。
破坏团结的用人方式
北伐中后期，李宗仁逐渐将桂系的军权和人事权交给白崇禧，自己长居南京，俨然以桂系名义一把手的身份，担任驻中央的头号协调代表。白崇禧虽然精明干练，但在选才用人上却远不如李宗仁大气周到允公允能。他重用自己的保定军校同学胡宗铎和陶钧，而罔顾这两人在桂系中的资历、出身及个人作风、贡献，因而严重破坏了桂系内部团结。
胡、陶均为湖北人，最初参加北伐的桂军四旅长为夏威、胡宗铎、李明瑞、钟祖培。在龙潭之役后，李宗仁为酬功，把自己担任的第7军军长让给夏威。夏威虽然能力和战绩一般，但毕竟跟桂系三巨头中的白崇禧、黄绍?有从广西陆小到保定军校一路同学的交情，还有一块在马晓军广西模范团当营长的资历，所以其他三个旅长也无话可说。但接下来桂军扩编了一个第19军，白崇禧力主以胡宗铎任军长，胡宗铎以湖北人而带广西兵，另两个战功更著的老旅长李明瑞和钟祖培就有些坐不住了。
待西征打下武汉后，桂系又扩编了一个第18军。这一次，白崇禧和胡宗铎又力保资历甚浅的保定同学陶钧当军长，还是没轮到李明瑞和钟祖培这两个北伐中战无不胜的先锋官。钟祖培大闹情绪，弃官跑回广西老家去了。李明瑞虽隐忍未发，却因此萌生叛意。
正是胡宗铎和陶钧的作为，直接给桂系钉上了棺材板。胡宗铎其人粗鲁轻浮，野心大而情商低。桂系西征打下湖北后，胡宗铎在湖北士神的吹捧下，急不可耐地谋任鄂省主席，被李宗仁婉拒。陶钧亦是个极不讲政治的粗蛮军人。他治军残酷，随意枪杀行军落伍的士兵，号称“陶屠户”。他出任18军军长之后，率部至鄂西清乡，宜昌有一个禁烟督察局，每月税收逾百万元，陶为了抓钱，即擅自委派其军需处长为访局局长。收入除以一部分补贴18、19军外，其余全入陶钧私囊。
结果桂系的嫡亲儿子第7军，官兵待遇反而不如胡、陶这两个拖油瓶的新军。李宗仁评价为“以致七军将士极感不平，军心颇受影响，此风的形成，不能不怪白崇禧”。
以藩镇割据的姿态挑衅中央
蒋桂开战的导火索，是桂系出兵偷袭湖南的鲁涤平。在拿下湖北之后，桂系尝到了占地盘的甜头。为了进一步扩充地盘，同时也为了打通长江流域与老家广西之间的联系，桂系又打起湖南的主意。
首先是以截留财税为罪名，擅自扣押湖南省主席程潜。唐生智败后，其留下的两湖地盘为桂系主持重新分配。在湖北，桂系抬出鄂省宿老张知本虚掌省政，实权则由胡宗铎、陶钧把持。对湖南省，桂系本想如法炮制，但因为老资格的湘军将领程潜想当省主席，他既有军事实力，又在西征中出力不少，桂系无奈之下只好承认。但又特设一武汉政治分会，统辖湘、鄂两省。
不料程潜当上湖南省主席之后，丝毫不买武汉政治分会的帐，截留湘省财税，并不上缴给武汉。桂系因此大为震怒，竟以开会为名将程潜骗至武汉扣押，撤职查办。桂系本拟以亲近自己的湘军将领何键代替程潜，不料蒋介石却利用把持中央的政治优势，抢先一步发表另一位湘军将领鲁涤平为省主席。
既然是蒋介石任命的省主席，鲁涤平当然还是不会听桂系的话。为了增强鲁涤平对抗桂系的话语权，蒋介石又秘密通过江西陆运给鲁军一大批军火。桂系怀疑蒋即将对自己动手，胡宗铎、夏威、陶钧等人竟轻率地决定先发制人，于1929年2月下旬派李明瑞率一个师，以返桂为名，在路过长沙时突袭鲁涤平部。鲁猝不及防，率部撤出长沙退入浏阳方向。胡宗铎等人随即以武汉政治分会名义宣布撤换鲁涤平，改任何键。