黄河的第五次重大改道,发生在蒙古、南宋灭金前后,包括从金哀宗开兴元年(1232)到宋理宗端平元年(1234)这三年间连续发生的两次人为改道。

开兴元年,蒙古军围攻金朝的归德(今商丘附近)。金人困守危城、人心惶惶 。为确保城池,金人曾计划在凤池口(今商丘西北22华里处)扒开河堤,放水护城。但是负责水利事务的官员警告说,前一年黄河决口,曾经做过测量,测得凤池口的高程与城内的龙兴塔高度相等,如果在凤池口扒开河堤,就会淹没全城。面对不可避免的屠城之灾,两害相权，金人还是冒险采取“决河护城”的办法,无奈蒙古大兵云集城外,派出决河的人马或杀或掠,被收拾得一干二净,无一冲出重围,决河放水的计划未能实现。

然而也许蒙古军队了解到了归德地势低于黄河河床的情况,竟然也想到利用河水灌城的办法。于是挖开凤池口,滔滔黄河水从归德西北倾泻而来,直冲城下。可归德城地势虽低,城墙却很高,河水并没有灌到城内,而是绕城而过,在归德西南流入濉水(今濉河),夺濉入泗。最后归德城竟依赖决出的黄河水作屏蔽而保全下来。

这次人为决河,在黄河变迁史上产生了重要影响,因为它促使黄河之水第一次流入了濉河河道,使黄河河道的摆动范围超出泗水,进一步移向西南。

两年之后,南宋军队北上开封,与蒙古南侵者争夺中原。蒙古南侵者针锋相对,引军南下,重演了一出决河灌军的故技。决河的地点是开封以北20多华里处的寸金淀。河决后水南流,经封丘、开封到杞县,分成三股岔流。主流流过杞县新旧二城之间,经太康以东进入涡河,再到怀远汇入淮河。

另外两支,一支经杞县新城北面的濉河旧道东流,过睢县南、谷熟镇(今河南虞城南)、会亭镇南(今河南夏邑南)等地,至永城北侧进入汴河故道,流向东南,经宿州、灵璧、泗县等地,在盱眙北侧汇入淮河;一支经杞县旧城南侧南流,由太康西过淮阳,再到项城而流入颍河,东南流经颍州(今阜阳)颍上汇入淮河。这是黄河第一次袭用涡河、颍河河道,与两年前袭夺濉河河道合在一起,构成了黄河的第五次大改道。

在元代初年所形成的三股河道上,不断发生决溢现象。如至元二十三年(1286)十月,黄河在原武、阳武、中牟、延津、开封、祥符、杞县、睢州、陈留、通许、太康、尉氏、洧川、鄢陵、扶沟15处决口,决口地点几乎布满了黄河下游夺淮以前的各段河道。至元二十五年(1288),又溃决了阳武(今河南原阳)等22处河道。据粗略统计,在从蒙古灭金到元代覆亡的一百多年内,见于记载的决溢地点就达50多处,平均每两年就有一处决口出现。

元成宗大德元年(1297),黄河在杞县蒲口决口,经商丘夏邑境内,到徐州汇入泗水,再转入淮河。这样,下游河道又出现了北移的趋势,像钟摆一样开始向回摆动。元顺帝至正四年(1344),黄河又在白茅口(今山东曹县西北)决口,主溜进一步北徙,河水沿会通河、北清河,泛滥于两河沿岸各地。河道北徙带来的洪水泛滥,造成了严重灾难。