最后的绝唱
据后来的归俘人员报告，入夜后，孙玉秀和第一梯队各团领导邢永生、刘天祥、田志春、徐博、陈立华等在古宁头附近的一个山沟里会合，举行了临时作战会议，大家一致同意分成几股打游击，同敌人周旋到底。同时要求利用一切工具渡海，回一个算一个。
26日傍晚，刚奉第十兵团领导之命去金门统一指挥尚存部队的第八十五师师长朱云谦仍等在海边，准备率第二五三团剩下的一个连渡海。可是因无船只，一直无法前往，随后兵团指示朱云谦不要再去金门。
此时厦门方向开来一艘汽艇，因第八十五师领导得到消息说古宁头还有团政委陈立华等人坚守，要第二十九军第二五九团派出一个排乘汽艇至古宁头侦察联络，并接运陈立华等人回来。汽艇刚刚开出，就遭国民党军舰的射击。后半夜船只抵达古宁头以北滩头时，发现海滩上有很多人，听到马达声就涉水过来，原来都是自己部队的伤员。汽艇因装载伤员过多，以致搁浅，加之机器又发生故障，结果未能开回，天亮后被国民党军所俘。
26日午夜，金门岛上的解放军组织人员趁夜向北突围。突围到海边后，寻船没有找到，于是又向东南突围进入山区。但是，还有个别人员留在古宁头村内，仍进行抵抗。在古宁头以北的海边岩壁下，还隐蔽着许多解放军伤员，其中有武器的少数人也在继续坚持战斗。
金门岛西北方向在27日上午仍是枪炮声不绝。后来知道解放军剩下的少数人还坚守在古宁头以北的少数地堡之中，并有部分人员在古宁头据屋抵抗，国民党军只得逐屋搜索攻击，才结束了战斗。
随后，国民党军又向古宁头附近的北山海边发起攻击，国民党海军的军舰也绕到古宁头北面的海上，用舰炮向地面炮火射击不到死角轰击。在海陆夹攻下，在海边的一些有武器的解放军伤员战斗到最后牺牲，而大部分伤员被俘。至27日上午10时，金门战斗基本结束。
金门战斗结束后，留在岛上的一些解放军人员还坚持斗争。由古宁头突围的解放军转移到东南山区，准备打游击，可是岛上地区狭小，在几万国民党军的搜索下难于回旋和隐蔽。据后来得到的消息，10月27日下午，第二四六团团长孙玉秀所率的几十人在双乳山附近又被国民党军发现。
这些同志继续转移，28日又在沙头附近被包围。这时孙玉秀已负伤，因决心不当俘虏而在担架上开枪自杀牺牲。据后来得到的消息，其他几名团主要领导的结局大致是这样的：
第二四四团团长邢永生在战斗中已负重伤，被其他同志用担架抬到东山沟时被国民党军发现包围被俘。随后他被送往台湾，被其团内的原国民党军俘虏兵指认出来。邢永生拒绝国民党方面的劝降，随即被抬出俘虏营遭秘密处决。
第二五一团团长刘天祥在战斗中被机枪打成重伤，被俘虏后送往台湾。此后国民党方面对他百般劝诱，并用担架把他抬到广播电台让其念反共宣传稿。刘天祥面对逼迫以死抗争，拒不念稿也不吃饭，绝食牺牲。
第二五一团政委田志春率五十多人打游击，后因弹尽粮绝被俘。随后他被送到台湾内湖集中营，仍组织难友进行狱中斗争。结果他被国民党特务视为“最顽固”的分子，不久被带走秘密处决。
第二五三团政委陈立华在打游击时中弹倒地，当时被其他同志认为已牺牲，国民党方面长期也未宣布其下落，后来有人称他改名换姓隐蔽在国民党军队中，直至80年代才被查出并遭处决。
该团团长徐博的事迹最感人，后来台湾方面出版的战史中称，徐博隐蔽在山洞中近三个月，靠夜间出来到农田里挖番薯过活。后经国民党军反复搜山被俘，此时已“长发长须，形同野人”，国民党军经审问后称，他“妄想等他的军队登陆，期作内应”，并对此感到惊讶。
徐博随后被送往台湾内湖集中营，仍坚贞不屈，不到一个月就被带走。据说依照当时国民党特务在台湾执行处决的惯例，被装入麻袋秘密扔入海中。他的斗争事迹和近似“白毛女”式的生活，在人民解放军的历史上是少见的。
金门战斗从其规模上看，只是一次小仗，但是对于一直取得辉煌胜利的人民解放军来说，堪称是解放战争期间的一次重大损失。人民解放军共损失两批登岛部队3个团另4个连，总计9086人（其中军人8736人，船工民夫350人），在海岛作战的特殊条件下，因无船则不能撤退，所以遭受到覆没性的损失。
据事后了解，登陆部队中约有半数被俘，其余半数牺牲。被俘人员中大多数是无力抵抗的伤员，向敌投降就俘的少数人几乎都是在福州、平潭刚刚被俘虏补充入解放军的原国民党兵。登陆部队的团营干部中，多数人战斗到最后牺牲，少数人被俘也是因负伤或绝粮无弹，没有一个人投降。
国民党军在惨败之际能取得一次小胜，自然大肆吹嘘。翻一下国民党官方对金门战斗战果的报道，可谓说法一时一样，而且自相矛盾。金门战斗结束后，台湾的国民党官方喉舌《中央日报》声称消灭了对方“五个团”，共一万四千人“，甚至有说什么”俘匪军中，有匪军长、师长等重要军官多名。
不久以后，台湾的官方宣传中的战果又变成了消灭对方“八个团”或“七个团”，而人数又从“一万三千”到“二万人”，说法各异。直至1980年底台湾出版的国民党装甲兵的战史中还吹嘘说“匪特遣指挥官肖锋下落不明，谅发于25日上午被我战车击毙海中”。
相对而言，倒是在金门指挥过作战的胡琏、高魁元在数字问题上稍客观一点，说金门战斗只消灭对方“一万余人”或“万余精锐之众”，并说对方登陆部队中根本没有师以上干部“。在金门战斗时曾任团长的雷开煊在其为台湾军方撰写的战史中也还是如实地说对方登陆部队只有3个团，”无高级人员作统一指挥，其先头三个突击团，系由两个军三个师中抽出精锐组成“。
国民党军在金门战斗中也付出了重大伤亡，战后很长时间台湾国民党方面都未公布己方的死伤数字，只是在许多回忆和报道中承认战斗中伤亡很大。据战后人民解放军得到消息，国民党军伤亡共计9000余人。
事过20多年后，当时的国民党军第十九军军长刘云瀚曾撰文称战斗中“我军负伤官兵一千九百零八人，阵亡官兵一千二百七十九人“。这一数字显然与一般军事常识不符。有战场知识的人或熟悉战史的人都知道，交战双方在使用步兵武器进行陆战的情况下，除了战场被对方完全控制，己方伤员无法救治或带伤死战的特例外，战斗中死与伤的比例应该是1:3.5至1:4.
当时国民党军完全控制了金门战场，其伤员都及时得到救治，因此如果其官兵真是阵亡1279人的话，负伤至少应在4000人以上，总的伤亡数也应有五六千人。
人民解放军在金门战斗中损失的绝对数字并不很大，但是投入作战的3个团近9000人竟成建制地覆没，这种损失在人民解放军战史上还是极其罕见的。过去战史上几次重大的损失如长征中的湘江之战、红军西路军的失败及皖南事变，尽管损失的总数字不小，还都不至于全军覆没。