在远征军出发前，雅典城内的赫尔墨斯方柱形胸像被人破坏，安德罗克斯一派马上安排伪证指控是亚西比德一派破坏了神像，进而指控亚西比德亵渎厄琉息斯秘仪。愤怒的亚西比德甚至愿意立刻参与一场可能判处他死刑的审判来自证清白，但他的政敌很清楚公民愿意相信亚西比德。因此审判被人为地推迟到西西里远征军出发之后。
当西西里远征军抵达后，亚西比德被强行召回国内面对审判，他选择了潜逃。因为支持亚西比德的公民大多数在海外，国内只剩下了他的敌人正张网以待。另一位雅典将领阵亡直接导致缺乏军事才能的主和派尼西阿斯成为西西里远征军的统领。
身心俱疲的尼西阿斯再次向雅典写信，说明了远征军的恶劣状况，提出或者将整支军队撤回，或者提供大规模援军。尼西阿斯很可能希望雅典能够恢复理智撒回远征军，但他的建议再次得到了反效果----雅典派出了援军。但此时科林斯的海军和斯巴达的陆军均已到达西西里并直接重组了当地的反雅典联军。
更糟糕的是，尼西阿斯缺乏指挥大军的能力，但又担心因为远征失败，因此拒绝指挥军队撤退。他十分迷信，竟然因为月食这的理由让大军待在原地坐以待毙，坐视斯巴达援军一批批抵达。结果军队最终被斯巴达、科林斯和叙拉古联军彻底毁灭，尼西阿斯在投降后试图苟延残喘，却仍然难逃死刑。雅典和其盟友损失了 11000 左右的重装步兵、数千名轻盾队，超过 200 艘三列桨船以及 3 万名经验丰富的划桨手。当公元前 413 年，远征失败的可怕消息传回雅典时，公民甚至拒绝相信消息的真实性。
远征西西里失败彻底终结了雅典取得伯罗奔尼撒战争胜利的机会。相反是雅典帝国走向终结的开始。在此之前，斯巴达人已经在雅典核心区域阿提卡平原上建立了达西拉城堡。充满讽刺意味的是，为斯巴达人建立城堡的正是被政敌赶出雅典的亚西比德。这一斯巴达城堡直接使得雅典无法再通过阿提卡平原募集粮草，维系雅典财政至关重要的劳里昂银矿也因为近在咫尺的达西拉城堡而瘫痪。
鹬蚌相争渔翁得利
雅典经济体系被达西拉城堡封锁，西西里远征的失败还引来了外部的敌人。如今波斯眼看雅典每况愈下，终于决定加入战团。公元前 412 年，大流士二世同意援助斯巴达，双方在公元前412 年夏天开始连续签约，以斯巴达将爱兴尼亚割让给波斯为代价，换取波斯为斯巴达建立海军提供军费。
但当波斯人吞下希波战争都未曾吃下的爱奥尼亚之后，却迟迟不愿为斯巴达提供军费。愤怒的斯巴达人要求波斯归还爱奥尼亚，波斯转而支持雅典。公元前 411 年至次年，雅典海军在重回雅典的亚西比德指挥下毁灭了斯巴达新建的海军。
但从斯巴达建立海军开始，雅典的好日子就一去不复返了。事实上早在公元前 429 年，斯巴达人试图攻击雅典控制的纳夫帕克托斯港，斯巴达人首次尝试建立一支伯罗奔尼撒同盟舰队。但纳夫帕克托斯港战斗中，雅典仅凭借 20 艘三列桨舰使击败了 47 艘伯罗奔尼撒同盟三列浆舰，斯巴达人认识到了自身与雅典在海军上的差距。
当时限制斯巴达建立海军的关键是资金。提洛同盟每年向雅典提供 1000 塔伦特的巨款，而伯罗奔尼撒同盟并没有这方面的规定。在古希腊世界，划桨手是拿薪水的雇佣兵，而斯巴达重装步兵是义务兵，因此斯巴达从没有考虑到要建立一支代价不菲的常备军。更要命的是，就算有钱，拉西第梦人的族群太小、损失数百人就会伤筋动骨，又不愿意让希洛阶层来充当划桨手。
最终，波斯人帮斯巴达人想到了办法。公元前 411 年亚西比德在基齐库斯战役的胜利使得波斯看到了可怕雅典海上帝国死灰复燃的可能，波斯人转而支持斯巴达，决定依靠拉西第梦人来毁灭雅典舰队。
修昔底德的伯罗奔尼撒战争史在公元前 411 年戛然而止，实在是相当明智的选择。因为此后伯罗奔尼撤战争对整个希腊世界而言实在是一场彻底的悲剧：斯巴达人通过从波斯人那里获得的金钱，用高薪诱使在雅典海军中服役的外国划桨手叛逃到自己一方。而雅典因为瘟疫和西西里远征溃败，无力重建公民划桨手队伍
主导斯巴达海军建设的莱山德本身很可能曾经属于希洛人阶层。通过说服波斯统治者小居鲁士，菜山德获得了大笔资金。当然这些资金也成为他独霸海军权力的关键。据说他曾通过扣押海军资金来逼迫斯巴达让他担任海军副统领的职务，彻底架空了原本的海军统领。
莱山德并没有与亚西比德正面交锋，但在诺提昂战役中菜山德消灭了亚西比德鲁莽的副将。此战给了雅典亚西比德政敌以新的口实，亚西比德流亡色雷斯。雅典在丧失天才统帅后迅速凋零。公元前 405 年，莱山德在伊哥斯波塔米战役全歼了提洛同盟的 180 艘战舰，3000 多名雅典和盟国的划浆手被处死。
第二年，莱山德率领伯罗奔尼撒同盟舰队进入比雷埃夫斯港，终结了雅典帝国，也拆毁了蒂米斯托克利建立的城墙。色诺芬后来写道：“在少女悠扬的笛声中，长墙轰然倒塌，希腊从此获得了自由。”
但希腊的劫难并没有结束。斯巴达毁灭提洛同盟后，科林斯等国很快发现斯巴达霸权更让人无法忍受。同时波斯势力在帮助斯巴达打败雅典后全面侵入希腊世界。在伯罗奔尼撒战争后，科林斯战争的战火很快燃起。而波斯的实力直到几十年后原本在希腊世界边缘，被雅典和斯巴达视为蛮夷的马其顿崛起时，才最终被亚历山大大帝连根拔起。