致力于“立规模”，力推制度革新
明朝推崇以祖制治国，多数高级官员认为，“本朝立国规模，章程法度，尽善尽美。... 今不必复有纷更，惟仰法我高皇帝”（张居正致友人私函中语）。高拱则不同，他在做礼部尚书时，就写了一道今人谓之《除八弊统》的奏本，被一些专家称为高拱的政纲。也就是说，除旧立新，是高拱执政的基调。高拱认为，“法不能无弊，行之既久，其弊更不可胜言。”主张“法与时迁，更法以趋时”。因此，执政后誓言“先立规模”----改革体制、健全制度。在他执政的短短两年半里，对吏制、军政、边政、财政、司法等制度，进行了一系列改革，并对一些触及敏感体制的改革提出了构想。
下图：徐阶朝服像。徐阶隆庆二年七月退休归乡后，高拱以内阁大学士兼管吏部，尽改徐阶旧制，很大程度上扭转了国库亏空的局面。
全面革新吏制。“凡吃俸禄的，都是百姓供给，若不要紧的官添设太多，不要紧的人虚支饩廪，百姓岂能供得起？必是裁去冗滥官役。”这是高拱给做裕王时的隆庆皇帝讲课时说的一段话。这与人民供养政府而不是政府供养人民的近代理念完全契合。高拱执政后，大力精简机构、裁汰冗员，就连太医院也由十二科缩减为十科。与此同时，高拱对官员任职资格、选拔、回避、考核、赴任、请假等各个环节，都进行了前所未有的革新。明史专家韦庆远评价说：“高拱是有明一代最有魄力、最有识见、最敢于改革旧制，而又能妥慎制订符合实际需要新规制的吏部尚书。他所谋划和推行的新法，实为明代人事制度掀开新的一页。”
改革军政，建立军事指挥官储备、选调、升迁系统。高拱认为，军事是专门的学问，主管军事的兵部官员。要有特殊的资格，并建立储备、调动、升迁的特殊体系，而不再与其他部门官员经常互调，按常规拔擢使用。于是，陆续出台了相关措施，对兵部官员的选任、调动、升迁、待遇等做出规定。他执政期间明朝军队逢战必胜，与高拱不遗余力地推行军政改革有直接关系。
重视理财，树立养民为先的政绩观。宋明理学倡言君子不言利，致使读书人不愿做理财官，官场也普遍轻视“钱粮衙门”。地方转运使多是贬谪或考核不合格官员转任，户部的官员也为人所轻，升迁特差。高拱明确指出：“《洪范》八政，首诸食货；《禹谟》三事，终于厚生。足见古圣贤极重言利；后世迂腐好名之人，倡不言利之说，遂使俗儒不通国体者转相传习，甚有误于国事，以致无为国理财者。”他认为，义利之分，唯在公私之判，为公众谋利即为义。他的执政理念带有为民众谋福祉的先进思想。他执政后即大声疾呼重视理财，并对理财官任用、升迁制度进行改革。在短短一年多时间内，即在很大程度上扭转了国库严重亏空的局面。
据专家岳天雷统计，高拱当政的隆庆五年，相比徐阶当政的隆庆元年，岁入增长53%以上；支出减少42%以上。高拱同时提出，生财自有大道，聚财断不可变成敛财。聚财有两种，一种是桑弘羊式的，务损下以媚上，国库虽充盈而民财刮尽；一种是刘晏式的，以养民为先，民富而国强。他推出了多项改革措施，核心是改革对天下州县一体以税收指标完成情况考核官员的制度。强调以当地民困的情形，来衡量官员政绩，而不是一味下指标，逼州县长行苛政，导官吏重殃其民！
改革司法。实行刑官久任制。帝制时代标榜“仁政”，为表对死囚慎刑，每年要组织一次由吏部尚书主持的朝审。高拱以兼掌吏部的主政者身份主持，夜以继日审读案卷、当面向负责审判的刑部、大理寺官员提问，一次朝审就审出 193 人冤狱，超过前 6 年的总和。不仅如此，高拱还总结造成冤案的原因，认为司法审判官应精通法律，不能与其他部门官员混同，遂推出了刑官久任制。这与近代司法理念不谋而合。
重视地方治理，改革边政。明朝实行强干弱枝之策，朝延一向忽视地方治理。高拱则非常重视地方治理，采取了一系列措施。在内地，推出“设格安民”制度；在边疆，以往都是用杂流甚至贬谪的人去做官，高拱则推出以精干官员充任远方州县官，对其实行特殊考核、升迁制度。
下图：明穆宗画，现藏台北故宫博物院。穆宗为裕王时，高拱任侍讲学士，在裕邸9年全力维护裕王地位，君臣形同密友。
提出了有可能建立新体制的重大改革构想。明太祖废丞相，皇权统揽一切且几不受制约。后来内阁地位上升，俨然政府，但内阁没有地位，仍然只是皇权的附庸，且内阁大臣选任，仍保持只能以诗文甄拔、又以诗文教之的翰林官出任的惯例；而至少自孝宗起，文官集团在与皇权的较量中已略占上风，但并未形成制约皇权的机制。万历皇帝9 岁继位，高拱以首席顾命大臣和内阁首相身份上《陈五事疏》，被一些人认为具有君主立宪制的萌芽，如果再结合他尚未呈报的《陈点官事宜疏》，高拱确有使内阁实体化、约束皇权并形成最高权力运行规则的意图。须知，英国君主立宪制的出现，也是缘于偶然事件。
如果按照高拱提出的这套构想运行下去，在依例治国、文官集团在与皇权的较量中已处上风的背景下，建立起以内阁为权力中枢的新体制，也不是没有可能的。此外，高拱对“非翰林不入内阁”的内阁大臣选任制、州县正官以初入仕者充任这两个直接涉及国家治理能力的重大问题，都在酝酿改革；对造成明王朝沉重负担的宗室制度，也誓言“立一代章程”。因仓促被逐，这些改革未能付诸实施。
这些重大制度改革如果得以实施，不仅有望建立新的管理体制，还势必极大提高明政府的治理能力，使明王朝的治国理政翻开新的一页。
稳定边疆局势
（下图：俺答汗雕像，位于内蒙古呼和浩特大召寺。隆庆四年俺答汗之孙把汗那来降，高拱和张居正采纳宣大总督崇古建议，先授予其指挥使官衔，乘机与俺答达成封贡互市协议。俺答被封为顺义王，纳入大明旗下。）
高拱进入高层时，明王朝北部面临鞑靼严重威胁；辽东局势危如累卵；广西中部被韦银豹集团割据近百年；广东山寇海贼猖獗；滇、黔土司与地方政府矛盾激化，中枢焦头烂额，束手无策。高拱主政后，据实定策，短短两年余，就逐一解决。与鞑靼以贸易取代战争；决策对辽东女真诸部“大力一挫”，取得辽东大捷，又以一套组合拳，形成对土蛮和女真诸部的强大威慑；以精准的判断力，推翻了朝廷征剿贵州土司的既定决策，以法律手段不战息争，又妥善处理了云南土司与地方政府的矛盾；大胆启用殷正茂征剿盘踞广西中部、百年间自立为王的韦银豹集团获胜；征剿广东山贼海寇初见成效，又推出一系列引导少数民族乐业向化的民族政策，迅速稳定了局势。
学界认为，高拱是一位人才难得的文武兼备的政治家，总括这一时期的边政，西北、东北、西南和南方等处的整顿、改良和巩固，都与高拱决策正确、用人得当、施行坚毅有极大关系。万历前期国家安定、国库充盈，是高拱奠定的良好基础。他的安攘功勋，不仅感动了隆庆皇帝，也为天下读书人所赞佩。晚明文学家、《三言二拍》作者冯梦龙，对高拱推翻征剿贵州土司的决策、以法律手段息争的做法感慨不已：“若非高中玄力为主持，势必用兵，竭数省之兵粮，以胜一自相仇杀之夷人，甚无谓也。吾今日安得不思中玄乎？”