制定重商政策
《万历十五年》作者黄仁宇说：“明朝采取严格的中央集权，施政方针并不着眼于提倡扶助先进的经济，以增益全国财富，而是保护落后的经济，以均衡的姿态维持王朝的安全。”明太祖制定重农抑商国策，此国策到了 16 世纪已严重背离时代潮流。
高拱对重农抑商国策不屑一顾，复出不久，就在朝廷疾呼恤商，为商人所作“陈情表”；在他的主导下，还推出了一系列恤商政策。有学者认为，真正能站在执政地位，将重商恤商见解转变为全国性实际经济政策的，是高拱；高拱关于商人、钱法的论述，不仅体现了古代中国商业经济思想的发展水平，而且利商、恤商政策很大程度上改善了商业的生存空间，对商业的发展、经济复苏具有实质意义。
改革选拔官员程序，大力肃贪反腐
明朝全国所有文官任用，都由吏部执掌。以往，举凡考察、推升、降调、罢整官员，凭巡按、督抚举荐；吏部的选拔程序，也是由文选司主事、郎中、尚书三人经手。高拱掌吏部后，主持建立人事档案，某官员德，德何如；某官员才，才何如，书诸册。某官员不德，不德何如；某官员不才，不才何如，书诸册。某官员乃所亲见，某官员乃耳闻，某官员何人所荐，书诸册。程序上，也改为吏部官员集体开会研究。按照高拱的话说，经此改革，选拔官员时。“盖光天化日之下，十目十手所共指视。非惟人不得其私，即余有所私，亦不能也。”
高拱掌铨的两年多，选拔了一批干才，迅速扭转了宣大、辽东、两广的局面。史学界公认高拱善用人。他选任的官员，不但在他执政期间立下奇功，还是张居正推行万历新政的骨干力量。其中张四维为张居正的第一副手；殷正茂先后任刑部尚书、户部尚书、兵部尚书；王崇古先后任刑部尚书、兵部尚书；张学颜先后任户部尚书、兵部尚书。
严嵩、徐阶在执政 30 年中，带头贪腐，且一味笼络人心，示恩于百官，对官场贪腐采取姑息纵然态度，导致官场贪腐严重，政以贿成。高拱不仅律己甚严，还致力于肃贪反腐，扭转士风。他执政后，大声疾呼“贪婪无赦”！据专家岳金西统计，高拱主政的两年半时间里，平均每月查办贪腐案 2.13 宗，处理的
知县以上文官，约占全国文官总数的千分之五以上。
综合上述可以看出，高拱在短短两年半间，不仅为明王朝开出新局面，为万历新政打下良好基础；他的思想解放程度、施政理念、政策举措、关键时刻的抉择，又不期然顺应了时代潮流，有望为明王朝开辟出一条新路。
忠诚、干净、担当
有学者设想说：“在十六世纪，白银的大量流入和海外贸易都给帝国提供了转型和改革的机遇，如果帝国因为财政赤字需要增加额外的收入，借此契机同意开海禁，并且扩大户部规模以收税，扩大海军规模以保护和控制海岸线，一旦形成良性循环，则除了供养必要的政府部门人员工资和公务开支，以及海军外，还能有大量盈余。这些盈余投入改善从京师到辽东钱区的后勒，提高明军的战斗力，或者能扭转明末糟糕的边防局势。同时，足够的资金还能够保障西北地区救灾能力，收编农民义军将会更加有效。”
其实，只要仔细研究高拱“先立规模”为一系列主张，开海禁、扩大户部的规模，是高拱明确主张并力推的；而可以借机训练海军保护和控制海岸线，正是高拱决断通海运考虑的因素之一。高拱还力主发展工商业和对外贸易，实行恤商策；他还改革考核机到，树立养民为先的政绩观。可以说，今日学者提出的中国在当时有可能实转型，同时避免王朝衰亡的条件，高拱都不期然在推行中。所以，高拱果能够继续执政，是有可能赶上世界历史大拐点的时代潮流的，从而有引领中华号航船驶向新航道。
下图：《病榻遗言》，清康熙年间重刻，高拱临终前写了《病榻遗言》4卷，记叙张居正勾结冯保阴夺首辅之位的经过。
高拱又以忠诚、干净、担当著称。明穆宗隆庆皇帝褒扬高拱：精忠贯日，贞介绝尘，以天下为任，赤心报国，正色立朝。当高拱决心抓住契机结束与鞑靼的战争状态时，“举朝为 敌。议论百出，震撼击撞，旁观者危之”，高拱“只知有国，不知有身”，毅然决然独立决断，以担当诠释忠诚。高拱虽生于官宦之家，又身居高位，却始终廉节自守，“家如寒士”，时人谓片纸难入其门。以廉洁者称的海瑞不认同高拱的施政理念，却也说高拱是“清介守贫的宰相”。担当，是高拱作为政治家的最大特色。隆庆三年底，高拱复出，朝廷刚颁发征剿贵州水西的命令，高拱判断“安氏之论”非反叛，应以法律手段而不是战争手段解决，遂力排众议，作出决断；不计自身安危毅然决策，一举结束与鞑靼二二百年战争状态的隆庆和议，更是高拱担当精神的典型写照！
在以遵守祖制、保守内敛著称的明王朝，高拱的超前意识和密集的改革措施，不被他的时代所接受。加之，高拱性格急躁甚至可以说暴躁，这在崇尚翩翩儒者风的官场，近乎另类。因此，他难以持久立足，很快被推翻，而且他的大部分改革措施，也被断然终止。这不仅是高拱的悲剧，也是时代的悲剧。
由于以下原因，高拱长期被埋没：一是高拱执政时间短暂；二是有人认为清朝官修《明史》有意压低高拱。高拱以威制外夷的功勋最著，他们猜测清朝以外夷人主中原，所以对高拱事迹讳莫如深，甚至下令毁禁了高拱的《边略》一书，官修史书对高拱也有意压低；三是史观问题，缺乏宏观历史关照，没有把明朝中后期的历史放在社会转型的时空流变中去审视；四是高拱得罪了当时的文坛领袖王世贞。王世贞因其父平反一事受阻，认为是高拱从中作梗，对他恨之入骨。在王世贞的历史著作中，对高拱评价很低，而王世贞及其著述在明末清初，具有广泛影响，甚至官修《明史》基本上照抄了王世贞的《高拱传》；五是高拱意识超前、整饬吏治、肃贪反腐，加上性格暴躁，不为同时代的士大夫所接受，说他好话的人不多；六是自民国以来，为了树立张居正，有意压低甚至丑化高拱。