卷入争斗中客死他乡
3 月 28 日，船队来到利马萨瓦岛，即今菲律宾中南东部的一个小岛停靠。一条小船载着 8 个土著人驶近旗舰“特立尼达”号。这时，麦哲伦从马六甲带来的出生于苏门答端的奴仆权普柔班纳用马来语同当地居民打招呼并顺利地进行了对话。至此，麦哲伦和船员们才恍然大悟，他们一路向西开辟去亚洲的新航路的愿景已经实现，太平洋已经被他们横渡成功。
在利马萨瓦，酋长科兰布向麦哲伦赠送一盒生姜，一根金条。麦哲伦以为他找到了黄金岛。为了占有整个黄金岛，麦哲伦爬到一座山头上竖起个十字架，外加一顶镶花木制的西班牙王冠，证明这个岛屿已是西班牙国王的领土。
虽然麦哲伦船队最终实现了环球航行的壮举、证实了“地圆学说”，但是麦哲伦却不能亲眼见证这一切，因为他在接近成功之际意外客死他乡。麦哲伦究竟怎么死的？历来有几种说法，其中一种说法是他卷入当地的争斗。4 月 7 日，麦哲伦在科兰布的陪同之下来到宿务。在威吓和炫耀武器的情况下，宿务岛首领何玛奔口头表示愿意成为西班牙国王的属臣，并且接受洗礼，但归顺的前提是麦哲伦帮他消灭盘踞在马克坦岛等的一个土著部落。虽然明知己方队员已剩不多，但想建功立业的麦哲伦还是同意了。
1521 年 4 月 27 日晚，并不清楚对方土著实力的麦哲伦带领 60 多个船员登上马克坦岛。结果他们遭遇的是一个骁勇善战、擅长投掷一种木质标枪的“战斗民族”。在头人拉普拉普的带领下，马克坦岛土著奋起反抗，在争斗中，麦哲伦最后死于非命。
如今，在菲律宾的马克坦岛上，有一个奇特的双面碑黑石白字，均书以英文。碑上记载着这段历史。正面：公元 1521 年 4 月 27 日，拉普拉普率部众在此击溃西班牙侵路者，毙其统帅斐迪南·麦哲伦。菲律宾人柢抗欧洲人入侵，拉普拉普为首举义者，特此纪念。背面：公元 1521 年 4 月 27 日，斐迪南·麦哲伦与马克坦岛酋长拉普打拉普所部激战，重伤身亡于此。是年 5 月 1 日，胡安·埃尔卡诺率领麦哲伦船队的维多利亚号航离宿务，翌年 9 月 6 日归抵巴拉米达的圣罗卡港，完成第一次伟大的环绕地球航行。
完成环球航行
麦哲伦去世后，整支船队只剩下 3 艘船，其中一条已经破损不堪，只有两条可用，即“特立尼达”和“维多利亚”号，在“维多利亚”号船长埃尔卡诺指挥下，他们终于找到了盛产香料的马鲁古群岛，船员们欣喜若狂，想尽一切办法购买各种香料，装满了船舱。
开航前，“特立尼达”号开缝漏水，不得不停下来修理。维多利亚号便单独启航。“维多利亚”号绕过非洲南端的好望角时，船员只剩 35 人。后来在佛得角群岛，他们因为用一包丁香上岸换取食物，被葡葡牙人发现，又被捉去 13 人，只剩 22 人，同年 9 月 8 日终于返抵西班牙，完成了人类历史上的首次环球航行，船上只剩 18 人。“特立尼达”号修理好后，单独启程。后来，该船被葡萄牙人俘获。葡萄牙人把这些船员送到不同的地方做苦力，其中多数都因疾病和劳累死去，回到欧洲的大概只有 5 人。
鉴于由 5 条船组成的环球航行船队，仅有“维多利亚”一条船回归，带回 520 昆塔尔（约 26 吨）马鲁古香料，所以这次远航的直接经济价值并不如达·伽马从印度回来那么引人注目。然而，环球航行所派生出的其他成果却给西班牙带来了相当可观的殖民利益。在环球航行途中找到了“香料群岛”，并将其据为殖民地。1529 年，西班牙为缓和与葡葡牙的矛盾，在签署萨拉戈萨和约后，旋即将之脱手转卖，获利 35 万杜卡特金币（1 杜卡特相当于 3.56克）。另外，环球航行的成功以及太平洋航路的开辟使西班牙取得了向西航行的海上霸权，大大加强了它在美洲的殖民统治地位与权益，使美洲大量的贵金属源源不断地流入西班牙的国库。
这次航行更重要的是第一次证实了“地园学说”，在地理学和航海史上产生了一场革命。在历史上，人们对于地球到底是圆是方争论了 1000 多年。当时，虽然地圆说的理论已被越来越多的人所接受，但还未曾从实践上给予证实。麦哲伦的航行证明了地球表面大部分地区不是陆地，而是海洋，世界各地的海洋不是相互隔离的，而是一个完整水域，所以人们称麦哲伦是第一个拥抱地球的人。