武力征服为何行不通
广东护法军政府的成立，对北洋政府是很严重的事件。军政府不同于一般军阀自立，尤其是非常国会这个特殊的存在，北府合法性受到严峻挑战。当然，迷信武力的段棋瑞始终认为可以当作地方叛乱来处理，他要冯国璋下令通缉孙中山与非常国会议长吴景濂，而后发兵讨平“叛乱”。但冯国璋却不同意段的意见，他认为南北问题应通过协商，和平解决。
这是自冯国璋代理大总统以来与段?瑞发生的第一个分岐。由于冯国璋不肯发布命令，北府只能由北京监察厅以“背叛民国”罪提起公诉，由司法机关行文全国，对孙中山等人进行通缉。段?瑞对此十分不满，软硬兼施，一直到 9 月 29 才迫使冯国璋下达通缉令。
南北双方你来我往，护法军政府发布了对段祺瑞、梁启超、汤化龙、倪嗣冲四人的通缉令，以资报复。实际上南方护法军政府也非铁板一块，首先是孙中山当选大元帅之后，军政府选出唐继尧、陆荣廷担任元帅，但两人通电不受元帅职。广东督军陈炳?则发表声明说，冯国璋代行总统合法，但段祺瑞未经国会而复任国务总理不合法，所以他反段不反冯。对于护法军政府，陈表示不支持也不反对，同时不负担其军费。
这样一来就形成了微妙的局面，南方护法军政府因抵制北洋政府而成立，但因其自身又不受滇、桂、粤三省地方实力派支持，故而辖地不出大元帅府。北方北洋政府大总统冯国璋虽欲以和平方式进行调和，实现和平统?，但因处处受段祺瑞反对，亦只能被迫签署通缉令，激化与南方矛盾。在南北两府对立之局形成时，南方与北方内部都在发生着裂变。
下图：1919年6月,驻守在街头的北洋军皖系部队。段祺瑞于1917年12月就任参战督办,同日本订立参战借款,由日本提供军火和教官,编练参战军,大战结束后改为边防军。也正是自持手里有这么?支武装部队，段棋瑞坚信能够武力征服南方，统一中国。
早在护法军政府尚未成立的 1917年 8 月 22 日，段?瑞见美国驻华公使芮恩施时，就表明了武力统一全国的想法：“我们必须首先建立中央政府的权威；这只有打败了反对派才能做得到。我的目的是中国的军事组织必须成为全国性的、统一的，这样国内和平才不致时常地被地方上的督军们破坏。这样统一起来的军事力量我想完全摆脱政治，而限于明确的军事目的。”
应该说段祺瑞的想法是务实的，国家只有在完成统一的前提下，才可能谋求更大的发展。南北两府对立的十年间，中国在国际上合法地位受到影响，也给列强入侵提供了可乘之机，这是活生生的教训。但段祺瑞的问题在于过度白信，首先是对北洋军战斗力的自信，认为南军不堪一击。其次是对北洋系内部的不同声音没有足够重视，过于独断。虽然冯国璋代理大总统期间，所谓的直系和皖系还没有如后来那般泾渭分明，但两人在对南方问题上已存在明显分岐。
段祺瑞一意孤行，对南方采取军事行动，也无疑加剧了北洋的裂变。另一方面，作为掌握着部分合法性的护法军政府对于段?瑞采取的挑衅和对立必然引起更剧烈的反弹。正如芮恩施所言：“他的敌人们就怕他会利用一支巩固的军事力量，最后会重建一个像袁世凯那样的军事独裁体制。”
事实上段棋瑞的武力征服路线的确很快陷入困境，他派遣入湘的大将传良佐在湖南受到抵制，只得声明不带兵入湘。但这个声明不过是障眼法，实际上段?瑞密令第 8 师师长王汝贤为湖南军总司令，第 20 师师长范国璋为副总司令，直接武力开进湖南。第 8师是段?瑞讨伐张勋时的主力部队，段一直对这支部队战力有十足信心，却万万没想到正是这支被他视为基础武力的部队，在关键时刻反戈一击，王汝贤与范国章两师长于 11 月 14 日发出停战通电，“恳请大总统下令征求南北各省意见，持平协议，组织立法机关决议根本大法，以垂永久避免纷争”。
这封通电无异于给段祺瑞当头一棒，乘着这个势头，湖北督军王占元、江苏督军李纯、江西督军陈光远秉承冯国璋的意思，联名发表通电，主张撤军并停战，和平解决国内纠纷。可以说段的“武力统一”政策引发了新的府院之争，尽管不像当初和黎元洪那样斗得明显，但冯、段两人已在暗中斗法。段棋瑞为避其锋芒，向冯国璋请辞。当事人颜惠庆的观察入木三分：“冯大总统和段总理同属北洋系，似乎可以同舟共济，造福国家，人们对此期望殷切，但是二人政治观点殊异，由朋友变为对手，时生龌龊，情势渐坏。对于如何统一南北，冯大总统赞同和平调解，而段总理主张武力征服。”
和平如何成为共识
右下图：1918 年 3 月，段祺瑞内阁成员合影。右起：曹汝霖（交通兼财政总长）、刘冠雄（海军总长）、陆征祥（外交总长）、段祺瑞（国务总理）、钱能训（内务总长）、段芝贵（陆军总长）、朱深（司法总长）、傅增湘（教育总长）。
1918 年可谓多事之秋，段?瑞虽然受挫，但并未放弃武力统一南方的想法。他辞职后很快复出，于 1918 年 3 月 29 日再次组阁，阁员陆征祥、段芝贵、钱能训、刘冠雄、曹汝霖、昊鼎昌等人几乎清一色的段系军人和政客。而且这次内阁也未经国会通过，段棋瑞靠着新内阁在与冯国璋的暗战中很快占据上风，再次强行推行其武力征服政策。
紧接着就是以 3 月 7 日成立的段系团体安福俱乐部成员为底子，全方位渗透北京政府。而后在段祺瑞授意下，北府进行新国会选举，这次选举遭到粤、桂、滇、黔、川五省的反对，而湘、鄂、陕三省陷入战乱也无法参加，故而参与选举的仅 14 个省。在选举过程中，安福系又用了很多不正当手法，选举结果在意料之中，安福系大获全胜，获 330 席。由于这届国会由安福系一手包办，故而也被称为“安福国会”。
对于安福国会，南方护法军政府自然是不承认的，就连北洋系的军人也有不少人表示不满。例如吴佩孚就在当年 8 月 7 日，给李纯的电报中批评：“此次新国会选举，政府以金钱大施运动，排除异已，援引同类，因之被选议员，半皆恶劣。”同时吴佩孚还指出“亡国之兆已萌，若再以武力平内乱，是惟恐亡之不速也”。但尽管如此，安福国会依旧我行我素进行总统选举，最终让徐世昌以 425 票当选总统。由于南方对于安福国会不予承认，那么这个国会选出来的总统徐世昌自然也就是“非法总统”了。