南方的护法军政府也发生了巨变。孙中山名义上虽是大元帅，但因手中没有嫡系部队，政令不出大元帅府。1917 年年底皖系受挫后，段?瑞于 11 月 22 日被迫辞去内阁总理之职，冯国璋的“和平统一”主张立即得到西南军阀的响应，议和的气氛一时弥漫南方各省，但孙中山坚决反对议和，他表明态度：“此次西南举义，既由于约法，解散国会，则舍恢复约法与国会外，断无磋商余地。”然而并没有什么用。
12 月，唐继尧、陆荣廷未经孙中山同意，擅自在湖南、四川前线宣布停战。紧接着，原先与孙中山联名倒段的岑春煊等人也开始在军政府内部排挤孙中山。1918 年 1 月 15 日，各路军在广州成立“西南各省护法联合会议”，实则是“隐然与军政府抗衡”的政治实体。5 月 4 日，在唐继尧、陆荣廷等人主持下，南方修改军政府组织法，改大元帅制为总裁合议制，选出总裁 7 人，孙中山虽也名列其中，但已完全被架空。7 月，孙中山带着失望而愤怒的心情发出辞职通电：“顾吾国之大患，莫大于武人之争雄，南与北如一丘之貉。”
无独有偶，当年 6 月，身在湖南前线的吴佩孚私下与南方护法军达成停战协议。8 月 7 日，吴佩孚发表通电，提倡南北和平共处，直指北方以武力解决问题是“实亡国之策也”。相当于公开与段祺瑞的“武力统一”政策唱反调。当然，吴佩孚等人一系列动作，背后的支持者自然是直系首领----代总统冯国璋。北方选出新总统后，吴佩孚于 10 月 3 日联合桂系谭浩明等南方军人，再次发出和平通电，奉劝徐世昌切勿就职，以免身违国法。7 日，冯国璋在卸任前也发出通电，通过陈述自己作为代总统一年以来的时局现象，倡议南北和平解决国事，并言只要“国璋不死，誓必始终如一，维持公道”。
右下图：孙中山与唐绍仪（左）合影。1918 年 7 月，孙中山辞去大元帅后，愤然离去。唐绍仪则被非常国会推为总裁之?，留在军政府。南北和谈期间，唐绍仪担任南方总代表。由于他维护护法旗帜，其主张被北方代表拒绝，同时也为把持南方军政府的桂系军阀所不容，被撤掉总代表之职。
1918 年 10 月 10 日上午，新旧总统交接仪式在北京总统府举行，这也是整个北洋时代，唯一一次总统交接仪式，尽管在反对派眼中，徐世昌的地位井不合法。冯国璋卸任后，段祺瑞也实现了与冯同时下野的诺言，于同日辞去国务总理职。有意思的是，徐世昌这个“非法总统”正式就职后，没有引起南方强烈反弹。自护法军政府改组以来，出任总裁的岑春煊履职伊始就发表了赞成和平的通电，而且他历来主张“息事宁人之旨，期以调和，早收统一之效”。至于实力派陆荣廷，更是直言：“余不知法为何物，更不知何为新法旧法，前此皆云可戴护法帽子，师出有名，遂从众议。”
北府最为主战的段棋瑞，对于前方北洋将领与南军暗通款曲，联合发表宣言的做法自然十分恼火，但又无可奈何。导致段棋瑞武力统一路线破产的，除了前方军人失控外，还有徐树铮杀陆建章事件与《中日陆军军事协定》事件，两件事对段祺瑞威信造成极大损害，使其承受空前压力。至于南方，坚持北伐的孙中山已于 7 月愤然辞职，离开了护法军政府权力核心，只有孙洪伊等为数不多的人坚持维护民元约法，反对军政府以牺牲旧国会为前提的议和，但毕竟孤掌难鸣。主战派纷纷边缘化，和平的气氛一时弥漫南北，就连新就任的徐世昌也表示要全力促成南北和解，争取国内和平，实行“南北混一”之方针。
和会的最后阻碍
和谈前夕，南北双方最后的阻碍分别是段棋瑞和孙洪伊。11 月 5 日，徐世昌召集督军会议召开关于和会事宣时，询问已是下野之身的段?瑞意见。段祺瑞虽表示一切由大总统主持，但明确提出：首先，和会绝不能以“对等议和”的形式出现；其次，和会不应该讨论国会问题。段氏虽已下野，但他的安福系依然掌控北方政局，影响举足轻重。至于南方军政府，最强烈的反对者是内务部部长孙洪伊，可以说南方阵营除了他，其余要么表示赞成，要么保持沉默。在阻止和议无望的情况下，孙洪伊又提出必须惩办段祺瑞等六祸首，然后才召开和平会议，这自然也是故意出难题阻止议和。
下图：1919年南北和议时间、主要议题及结果表
南北双方开始选议和代表时，北府选出的议和总代表人是朱启钤，此公曾是袁世凯复辟帝制的积极拥护者，登基大典等备处办事员长（处长）。孙洪伊一看北方选了这么一个代表，立即与孙中山等观点相近的同志向军政府发出长篇质问，谓“北方任命帝制犯宋启钤为总代表，军政府将承认之为议和代表否，要求三日内答复。”军政府敷衍回应：“该团体所派代表其人品性如何，系关系该团体之价值，我无吹求之必要。”孙洪伊这一系列动作也让北府顺为不满，直接放言，若南方派孙洪伊为代表，北方必定以徐树铮为代表。徐树铮乃孙洪伊死对头，行事比段?瑞更为强硬，若派为代表谈判必然破裂。这样一来二往，反对议和的孙洪伊也被排除在议和代表之外。
和平已成国内主流，与此同时，国际上对中国南北议和的呼声也日益高涨，美国、英国、日本等列强先后参与调解中国南北之争。当然，无论是国外列强，还是国内军阀、政客们大言和平，未必出于公义，更多是想在和议中为自己谋取更大的政治利益，包括约法、国会都可以是他们讨价还价的筹码。但也不可否认，在当时的确有一批文人、实业家、学者等社会名流，真心在为中国南北和平统一身体力行做贡献。
1918 年 10 月 23 日，一个叫“和平期成会”的团体宣告成立。成员有熊希龄、张謇、蔡元培、王宠惠、庄宽、孙宝琦、周自齐，以及国会议员王家襄、谷钟秀、王人文、梁善济、文群等共 24 人，主旨在推动南北和平。熊希龄向记者声明和平期成会之性质：一、不带政派臭味；二、以运动和平为范围，和平恢复后，会即撤废；三、绝对不为野心家所利用。
10 月 29 日，王士珍也联合了张绍增、周学熙、张耀曾等一批北洋军人、政客发起”全国和平联合会”，响应徐世昌的和平统一政策。就连倪嗣冲、张敬尧等段系军人都纷纷通电表示支持和平政策。倪、张这类人不用想，投机成分必然占大头。但段系中也不乏真心为和平而努力之人，北方的议和代表之一吴鼎昌可以算是其中典型代表。吴鼎昌属段系，但本人是自由派中的一员，既不代表军阀利益，也不代表政客利益，而是以民族国家的统一和现代化为追求而主张“调和”。
南北双方在议和代表、议和地点上几经波折，终于尘埃落定。1918 年 12 月 11 日，北府正式公布委任朱启铃为总代表，吴鼎昌等 10 人为北方代表。这个代表团中，除了朱启钤为徐世昌故友，不属于段系之外，其余的代表皖系及其依附者占了 7 人之多。1919 年 1 月 9 日，广州护法军政府组成南北议和代表团，以唐绍仪为总代表。11 日，“护法军政府”也更名为“护法政府”。2 月 20 日，北京政府与广州护法政府和平谈判代表团集于上海，全国瞩目的南北议和终于如期召开。