书籍史上的最大疑案
十分蹊跷的是，在重录副本工作完成之后，正本就不知去向了，成为“中国书籍史上的最大疑案”。我们现在看到的《永乐大典》，全都是副本。一整部正本，人间蒸发，没有任何毁损和去向的记录。
明末熟悉宫廷内情的刘若愚在《酌中志》中说道，他这个时候已经没有听说关于《水乐大典》的记载，而且也不知道《永乐大典》储藏于何处。其下落在宫廷中成了一个秘闻，关于《大典》的各种猜测以讹传讹。加上各种史书语焉不详的记载，使《永乐大典》的下落变得扑朔迷离。清末学者缪荃孙认为，正本毁于清乾清宫大火。乾清宫的历史可以追溯到顺治十二年（1655），康熙八年（1669） 重修。然而，嘉庆二年（1797） 的一场大火，将整个乾清宫几乎彻底毁灭。所以我们目前所见的乾清宫是在此后重建的。
不过，对《永乐大典》研究多年的张忱石先生对这种说法提出了不同意见。乾隆九年至四十年间，清政府曾对宫中藏书清理过，所有善本典籍全部集中在一起，编成了《天禄琳琅书目》。《永乐大典》是书籍中的庞然大物，又有一万多册，假如正本在乾清宫，怎么可能不被编入《天禄琳琅书目》呢？
关于正本失踪还有一种说法是毁于明亡之际。当年，李自成和他的大顺军队攻占北京，短短 40 天后，就被吴三桂、多尔衮的满汉联军所击败。在李自成匆匆撤离北京之际，下令放火焚烧宫殿。《永乐大典》正本于是全部化为灰烬。当然，这种说法也只是猜测，并没有真凭实据。
（下图：明永陵。永陵位于北京市昌平区天寿山阳翠岭南麓，是明世宗朱厚?及陈氏、方氏、杜氏三位皇后的合葬陵寝。有一种说法认为，大典正本作为嘉靖帝的随葬品葬入永陵地宫。）
体量如此巨大的煌煌一部《永乐大典》正本，即便遭到了什么劫难不幸，怎么会连一张纸也没有留存下来呢？有人认为正本并未消失，还存于世上，秘藏于皇史?（明清两代的皇家档案馆，位于今北京天安门）东的南池子大街）的夹墙内。而更引人关注的一种说法则认为正本已作为嘉靖皇帝的随葬品葬入永陵地宫。中华书局的张枕石以及中国社会科学院文学研究所的栾贵明就认为，嘉靖当年急着要重录一部副本，。就是为他将来寿终正寝时以正本作为随葬品做好准备。对于中国古代帝王来说，死后要带走自己生前所喜爱的东西，无一例外地都会选择陪葬这种方式。
当然，《永乐大典》正本是否做了嘉靖皇帝的陪葬物，在打开永陵地宫之前，只能是一个大胆的猜测。很多人都希望正本有朝一日重新出现在我们而前，不过王春瑜教授认为，从明朝的丧葬制度、嘉靖皇帝的品性等方面考察，根本就不可能会有将两万余卷大典葬入玄宫的事发生。现存史料所载嘉靖皇帝的丧礼遗诏丝毫未语及《永乐大典》。那么嘉靖皇帝会不会秘密指示，在他身后将《永乐大典》殉葬？且不论这种想法本身就背离明朝的丧礼之制，退一步说，即使有密诏，最后也不可能瞒过众多耳目而让人人守口如瓶。嘉靖帝的所谓梓宫葬入永陵玄宫的过程，是严格遵循旧制进行的，仪制烦琐，有很多人参加，并非偷偷下葬。
据估计，这部书的体积有 40 立方米，但书不是一般的物资或贡品，既然放入地宫，就得按翻阅的要求陈放，所占体积更大，必定要在地宫中预作安排，在安葬嘉靖的过程中得将这部书由宫中运往昌平，这些都是前所未有的“盛事”，经办的大臣不止一人，以明朝文人好著述立言之风，何至于当事人没有一字提及？也没有蛛丝马迹可寻呢？
辑佚古书的渊薮
但是，这样倾举国之力编纂的一部大典，在整个明朝，利用率并不高。即使是高层官员，也没有机会接触和阅读，成了帝王修饰“文治”的点缀品。据史籍记载，明孝宗曾经看过《大典》中有关医药部分，还抄录一些失传的药方赐给太医院。下令重录《大典》的嘉靖帝也十分喜欢这部书，常有几本放置案头查阅。明末崇祯二年，因经常发生日食的缘故，徐光启曾将《大典》中有关日食的章节刊印过。有史可查的在明代查阅与使用《大典》总共以上三次而已，对于社会并未有过什么大的贡献。
《永乐大典》保存了大量明初以前各学科的文献资料，因此它也被称为“辑佚古书的渊薮”。对《永乐大典》的利用，是清代才开始的，最早知道这部典籍价值的是全祖望和孛绂。雍正年间，他们同在三礼书局得到阅读的机会，发现其中有许多是“世所未见之书”，于是二人相约，每天读 20 卷，把要辑的几种书标出来，另由 4 人抄写。由于《大典》卷帙浩繁，这项工作不是个人所能承担的，到第二年全祖望罢官归乡，再也无法继续下去，但他们已辑出王安石《周官新义》、高氏《春秋义宗》等十种久已失传的书籍。乾隆年间开四库全书馆时，曾充分利用《永乐大典》来辑佚书籍，并成立了“校勘永乐大典散篇办事处”。到公元 1781 年（乾隆四十六年），共辑出书籍 365 种，其中有晋杜预《春秋释例》唐林宝《元和姓纂》李心传《建炎以来系年要录》等重要著作。而其中最著名的就是清代学者邵晋涵从中辑出的北宋薛居正的《旧五代史》。可以说，没有《永乐大典》，就没有如今的“二十四史”。
嘉庆年间修《全唐文》和道光年间修《一统志》时，翰林院内一些对古代文化典籍有兴趣的人，都做过辑佚工作，其中徐松辑出的《宋会要》《中兴礼书》等，都是几百卷的大书。此后光绪年间缪荃孙等人也曾作过零星的辑佚。即便现在只剩 400 余册，也还能从中辑出文献。如《薛仁贵征辽事略》就是文献学家赵万里从《永乐大典》“话”字韵中辑出的整部话本，国家图书馆研究员林世田也从中辑出了元代的《禅林类聚》等。
当然，这些辑佚都是在嘉靖副本基础上进行的，实际上，副本的命运也相当波折。