秦始皇委托燕国方士卢生寻访仙人羡门、高誓，又派韩终、侯生、石生去别的地方寻找不死之药，都毫无所获。卢生出海一趟，虽没找到仙人、仙药，却带回一条重要的消息，说鬼神有启示：“亡秦者胡也。”秦始皇认为“胡”指胡人，就派遣大将蒙恬率三十万大军去攻打匈奴，夺取了黄河以南的土地。因为担心私学传播会削弱皇帝的威势，秦始皇接受丞相李斯的建议，收缴全国所有图书，除医药、占ト 和种植之书以外的诸子百家著作一律烧毁，以绝后患，却对方士愈加信任。
卢生对秦始皇说出一番大道理：我们一直奉命寻找灵芝、奇药和仙人，却始终没遇到，似乎受到什么东西的妨害。按理说，君上应该经常便装密行，以驱逐恶鬼，恶鬼被赶走了，真人才会到来。君上所居的地方如果让臣下知道了，对神灵是有害的。所谓真人，沾水不湿，遇火不伤，能够驾云腾气，生命与天地一样长久。现在皇上您治理天下还没有做到像真人一样清静恬淡。希望您千万不要再让别人知道您所居的宫室，那么不死之药也许就可以得到了。
秦始皇对这番鬼话非常赞赏，说自己一向仰慕真人，以后就不再自称“朕”，改称“真人”。又下令将咸阳周围二百里范围内的二百七十处宫殿建筑都用复道和甬道串联起来，各处的帷帐、钟鼓和美女全部登记在册，不得移动，严禁泄露皇帝每天的行踪，否则立即处死。群臣平时都在咸阳宫听诏办事，难得见到赢政一面。
当时咸阳宫与上林苑区域内复道与甬道彼此交错，如蛛网，如迷阵，四通八达，秦始皇可以方便快速地穿行其间，完全不经过郊野空地，很像飘忽无影的神仙，再也不必担心遇到刺客。宫殿的木质梁柱都披上厚厚的彩绣，土墙粉刷朱紫外饰，光炫夺目。这么多宫室，就算每天换一个地方住，大半年也轮不完。
秦法严苛，常用重刑，大臣们都战战兢兢，随时可能获罪。秦始皇虽然信任方士，却又规定每个方士只能掌握一种法术，不得兼通，而且一旦作法不应验，就判死罪。朝中三百多个方士也整天生活在恐惧之中，只能委屈奉迎，以求保命。侯生和卢生私下商议，说皇帝这人如此暴虐，咱们干吗还给他找什么不死之药？两人就偷偷逃走了。
秦始皇得知消息，怒不可遏，说上次韩终已经逃亡，徐福耗资巨万率众出海却久久不回，卢生等人平时深受器重，还这样?谤我，妖言惑众，扰乱人心，这些家伙真是坏透了。于是派官吏四处缉拿方士，括理了四百六十多人。
秦始皇对方土极为失望，但是对神仙依旧执信。前 211 年，火星侵入心宿，天上一块陨石落在东郡境内，有人在石头上刻“始皇帝死而地分”七字。秦始皇派遣御史查案，销毁陨石，处死了周围的居民。又让一位博土写了一首《仙真人歌》，每次巡游都令随行人员奏乐演唱，仿佛可以消除晦气。
前 210 年，秦始皇东巡来到渤海岸边的琅琊。徐福在海上航行了好些年，无功而返，赶来朝见，害怕秦始皇降罪，撒谎说自己原本能找到蓬菜岛，只是经常被大鲨鱼所困，无法靠近仙山，希望皇上派遣善射的武士同行，遇见鲨鱼就用连弩射杀。恰好秦始皇做梦与海神交战，占梦的博士说水神平时难以见到，大鱼、蛟龙是他们的前探，应该先除掉这些恶神，善神才会出现。秦始皇信以为真，就下令打造捕捉大鱼的器具，并亲自率领弩手去海岸边等候大鱼的到来。后来在之罘（今山东烟台北）还真遇见一条，便发乱箭射死。
大鱼虽死，神仙和不死之药仍毫无消息。巡行途中，秦始皇身患重病，当年七月在沙丘（今河北邢台广宗县境内）驾崩，终年四十九岁。沙丘就是当年商纣王大建苑台的地方，战国时期以“胡服骑射”闻名的赵武灵王在此被叛军活活困死，时隔八十五年，这里又送走了一位更显赫的统治者。
阿房遗恨
在其去世两年之前，秦始皇颁布了一道新的诏令，声称渭水北岸的咸阳宫原是先王所立，规模有限，后来人越住越多，虽经扩建，仍显得狭窄拥挤。此前周文王所营丰京、周武王所筑镐京都在渭水之南，那里地势开阔，更适合建造帝王的理想宫殿。就于当年正式开启在上林苑中修筑朝宫的庞大工程，同时位于骊山的皇帝陵园也加紧施工。从全国范围内征发受过宫刑或被判徒刑的罪人七十余万，分别派往朝宫和骊山陵两大工地。
朝宫位于信宫的南面，将取代原来的咸阳宫，成为大秦王朝最重要的大朝宫殿，也是上林苑新的中心建筑。首先动工建造前殿，暂时先叫“阿房殿”，打算待建成之后再更换正式的名称。
关于“阿房”两字的确切含义，一直存在多种不同的说法。《史记索隐》认为“阿”指“四阿顶”，就是庑殿形式的四坡屋顶，“房”音“旁”，意思是“广”，形容这是座宏伟宽广的四阿大殿。《太平寰宇记》说此殿位于山阿之侧，所以叫“阿房”（阿旁）。《史记正义》引唐代学者颜师古的看法，认为“阿”本身就是“近”的意思，这里的房屋距离咸阳近，故称此名。还有人说“阿”指高地，“阿房”形容在高如山阿的台基上建房。
阿房殿是一座极其雄伟的殿宇，以木兰为梁，建在长方形的高台之上，《史记》记载其台基东西长五百步，南北宽五十丈，当代学者结合考古遗址推算，大约相当于七百五十米长，一百一十六点五米宽，估计高度达到十一点六三米。台基所在位置地形高兀，但下面有一条天然河沟，存在一定的隐患，为了加固，特意向地下加挖五点八米深的基础，工程艰巨。
阿房殿被认为是人类历史上基址规模最大的宫殿建筑。通过比较可以更直观地感受此殿的壮观程度----明清时期尺度最大的建筑是紫禁城太和殿，与中和、保和二殿共用三层“土”字形平面的台基，东西总宽一百一十六米，南北通长二百?十米，高八点一三米，总面积大约只及阿房殿台基的四分之一左右。
整个朝宫预计可容纳十万之众。单是一座阿房殿，殿上便可坐万人，殿下可以建五丈高的旗帜。如果举行盛宴，将以车载酒，以马运肉，千人唱，万人和。又将昔日所铸的十二尊铜人竖立在殿前，每尊高五丈，足长六尺，宛如天神。殿北建宫门，以磁石筑成，四方蛮夷前来朝见，如果有人内穿甲胄或藏有兵器，就会被此门吸住，好像天神显灵，捉拿刺客，因此得名“朝门”。
大殿的东、北、西三面环以城墙，总长五里二百四十步，墙高八尺，上宽四尺五寸，下宽一丈五尺，防卫严密，称作“阿城”。建复道从南一直通向南边的终南山，把两座天然山峰当作宫前的双阙。又建复道向北连接信宫，再越过渭水，与咸阳宫连通。
朝宫被比作新的“天极”，咸阳宫代表“营室”，渭水依然隐喻银河，而复道则象征“阁道”。“营室”即二十八宿之一的室宿，也是天帝的宫室之一；“阁道”指紫微垣北面与奎宿之间的阁道六星。纷繁的天象格局由此在宫苑规划中得到更为完整的体现。