反过来，恺撒的日子就不好过了。元老院和庞培合谋，处心积虑要把恺撒搞下台。精心策划的法律就此出笼。第一，重申执政官候选人必须亲自来罗马办理选举登记。第二，此后，新任行省总督必须任命 5 年之前曾担任过执政官的官员。这两条单看似乎无甚稀奇，合在一起就是个请君入瓮的圈套。
根据“三头同盟”之前的安排，恺撒的高卢总督任期将持续到公元前 49 年 2 月底，他最多也只能当上公元前 48 年的执政官（而不能继续连任总督）。又根据第一条法律，恺撒必须亲自来罗马参加竞选，这就意味着他要放弃行省总督的兵权。元老院与庞培看中的正是恺撒卸任行省总督和就任执政官之间的间歇。
聪明如恺撒，自然也看出其中的玄机。为了自保，他的底线就是绝不丢掉自己的兵权，而这恰恰是元老院不能容忍的，他们甚至连恺撒与庞培“两人的军队应同时解散”的要求都拒绝接受。公元前 49 年 1 月，元老院宣布全国处于紧急状态，宣布恺撒为“公敌”，命令庞培在意大利招募新的军团，庞培把恺撒的拥护者和两名保民官逐出城外。1 月 10 日，恺撒以“保卫人民夙有权力”为名，率军渡过卢比孔河，逼近罗马。“两头”之间，最终还是武力摊牌了。
“伟人”之死
对于这场迟早到来的战争，庞培显得有些措手不及。在恺撒军队奔袭而来时，庞培却发现自已手里根本没有部队可以坚守罗马城。1 月 18 日，庞培只得随同一批元老和两名执政官仓皇逃离罗马，随后渡海前往希腊。罗马的意大利本土就这样轻易落在了恺撒手里。
以军功著称的赫赫有名的“伟人”庞培居然是如此水准？这是怎么回事呢？回顾一下庞培的政治生涯就会发现，自从公元前 62 年，结束米特里达梯战争后，一直到前 49 年内战打响，庞培未参加过任何战争，可谓早已久疏战事，自然与在高卢刚刚打了 8 年硬仗的恺撒没法比。另外，年近六旬的庞培在前一年（前 50 年）刚生过一场大病，而恺撒相对来说却要年轻和健康得多。
但庞培毕竟有着丰富的战争经验，他在退到东方以后迅速集结人马，力量超过了恺撒。公元前 49 年年底，庞培已经拥有 11 个军团的步兵、7000 名骑兵和装备完整的 600 多条战舰。依靠这支部队，庞培曾经两次大败渡海而来的恺撒，只可惜因为谨慎错过了战机。
庞培的真正弱点在于，他的决策受到了不谙战阵的元老贵族掣肘。恺撒的军队孤军深入，后勤补给是个大问题，庞培原本可以用持久战“不战而屈人之兵”，拖垮对手。无奈他身边的元老贵族们大多身负重债，这些人迫切希望尽快发动一场战争赢得胜利以获取大量的财富。
迫于压力，庞培选择在公元前 48 年 8 月 9 日的法萨卢斯（在今希腊）战役里与恺撒决战。而这正中对手下怀。得知庞培出战后，恺撒喜出望外地说，盼望的一天终于到了，他们现在要对付的不是饥饿和贫乏，而是人了。以此可见，速决战是对恺撒有利而对庞培有害的。
不过，在法萨卢斯战役里，从兵力数量上看，庞培仍占优势。史家估计，他有 4.5 万步兵和 2000 骑兵，而恺撒只有 2.2 万步兵和 1000 骑兵。庞培将他的步兵排成三列横队，列于右翼，因为右翼有一条小河可以作为屏障，而将骑兵集中在左翼，想用骑兵突破恺撒的骑兵，然后绕过恺撒的右端，攻击恺撒军闭的后部。
庞培的这一布置不能说不周到，但他漏算了两点。其一，自己的老兵都丢在了西班牙，招来的新兵素质远远比不上恺撒的百战老兵。战役开始前，庞培就已不安地发现，敌军队列严整肃静，就等着进行攻击时刻的到来；而他自己的军队却不甚消停，在骚动中来回涌动。其二，恺撒的用兵技巧居然更加高明，他将骑兵和经过与骑兵作战充分训练的轻步兵混编布置在整个阵线左面，另外，又从每个军团中抽出组成一支精兵，埋伏在骑兵部队之后。
当战斗开始后，数量超过对手一倍的庞培骑兵正如他计划的那样轻易击溃了恺撒的骑兵。出乎他们意料的是，庞培的骑兵被额外多出的一条步兵线所阻拦，交战的结果是庞培的骑兵居然被全线击退。当骑兵被击退后这支兵力又绕过庞培的左翼，从后面实施夹攻。这时候，恺撒的预备队出动了，这支养精蓄锐的部队，他们一往无前地突破了庞培的正面。庞培应变不及，未能及时巩固中军组织反击，终于一败涂地。这一仗，恺撒打得精彩至极，他的军队只损失 200 多人，却使对手丧失了 2.5 万多人，庞培仅以身免。
“伟大的人”已经到了穷途末路。庞培在失败之后，企图在埃及寻求藏身之所。可是，埃及的托勒密王朝已经决定结好胜利者恺撒。一个有影响力的宦官向君主谏言，想要结交恺撒，最好的办法就是替他除掉对手庞培。公元前 48 年 9 月 28 日，就在庞培乘坐的小船靠岸之时，埃及国王托勒密十二世的侍从挥剑向他的脊背刺去，结果了他的性命。
这位伟大的罗马将军死得太过不体面了，就连追踪而至的恺撒看着昔日盟友的首级和手上那枚刻有持剑雄狮的图章戒指时，也忍不住流下了眼泪。终于成为罗马共和国唯一主宰的恺撒绝不会想到，几年之后，当他自己在罗马元老院遭到行刺时，身中 23 刀后恰恰是倒在了庞培的雕像之下。
