虽然恺撒在内战爆发伊始就制定了对付庞培的策略：将庞培在各地的军队和庞培本人各个击破：“我要先击败一支没有将领的军队，然后回过头来击败一名没有军队的将领。”然而庞培虽被击败，但他各地的部将故旧众多，万一老英豪逃到某个地方，跺跺脚又从泥土里面召唤出一支大军（庞培在开战前的吹嘘），法萨卢斯不就白打了么？

因此，对此时的恺撒来说，当务之急就是抓到庞培，生要见人，死要见尸。在法萨卢斯胜利后第三天，恺撒就马不停蹄地开启了追踪模式。他率领一小队人马轻装前进，先是直奔马其顿的阿姆菲波利斯（位于今希腊），在得知庞培不在此处之后随即渡过海列斯彭图斯（今圭耳其达达尼尔海峡）进入小亚细亚。

从恺撒最先轻装向小亚细亚进发的举动来看，庞培最初投奔帕提亚的计划要么是走漏风声，要么压根就是掩护他出逃埃及的烟幕弹。此举成功地为庞培争取到两个月的时间，不过恺撒也没白跑，他任命自己两名手下分別担任亚西亚行省总督和亚该亚（今希腊南部）的统治者，实则将小亚细亚和希腊纳入掌握。

与此同时，他又通过运作提升自己的国内政治地位。大约因为内战的缘故，惯于收买人心的恺撒没有向罗马发送胜利报告，但这并不妨得罗马“人民”得知法萨卢斯战果的消息就行动起来，将罗马广场讲坛上的苏拉和庞培像给砸了。元老院表现得稍微矜持一点，过了一段时间才开始授予恺撒各种荣誉和权力。

在拿到重要的没有明确期限的独裁官职务时，凯撒也得到了庞培去埃及的消息，便于10月初带着约4000 名士兵，搭乘卡西乌斯交出的船只抵达了埃及亚历山大港。在此地，他收到庞培的首级和指环。据说，当时恺撒转过脸去，只拿起了指环看了半晌，然后流着泪赦免了所有还在埃及的庞培派。

恺撒的眼泪大约是真诚的，毕竟他和庞培曾是盟友和姻亲，作为都曾立下荣耀功勋的罗马人，死于彼此之手是一回事，但被外国宵小刺杀又是另一回事。于是，恺撒很快就擦干眼泪，要求埃及立即交出一笔钱，因为他们杀了自己“至亲好友”的缘故，所以得加钱，一共是1000万迪纳厄斯（约相当于4万公斤白银）。

理论上凯撒只是在素要旧欠。前59年，托勒密十二世---现任国王的父亲—向当时执政官恺撒和和大佬庞培许下的一笔巨额贿赂金，用于换取统治埃及的托勒密王朝获得“罗马人的朋友与盟友”身份。不过，还没等钱收上来，王朝就发生了动乱，此事不了了之。谁也没想到时隔 10 年之后，债主恺撒居然还能想起这茬，而且还恰好就在埃及。

但从埃及的角度来看，恺撒自然是无礼之极。埃及刚帮他除掉了心头大患，不但没有回报还转头就被勒索一笔巨款，换谁都咽不下这口气。托密十三世的摄政波提纽斯暗中调遣军队，召回原本在外的舰队。

就在以波提纽斯为代表的托勒密王朝统治者同恺撒龌龊不断时，早先在王室内讧中被托密十三世废黜的姐姐克利奥帕特拉七世暗中投靠了恺撒，意图借罗马人之力复辟。

不少史学家如亲临现场般绘声绘色地描述了两人会面，普鲁塔克告诉大家：女王本来流亡在外，听说恺撒到来之后，由一名忠心的奴仆阿波罗多罗斯在黄昏时将她偷偷带入恺撒住处。阿波罗多罗斯将她藏在一个装衣服的袋子里，当作礼物送给了恺撒。而漫不尽心的恺撒本来以为只是埃及日常礼物，没想到当打开绳结后，出现在眼前的是一名近乎全裸的少女。如此惊艳的出场，就连见惯大场面的恺撒也不由得为女王的美貌、机敏而折服，就此拜倒在女王的石榴裙下。

正是在克利奥帕特拉七世的支持下，恺撒在埃及舰队返回，己方兵力处于绝对劣势的情况下牢牢守住了宫殿区。纵然战斗有些不利，恺撒本人都被打得跳海逃命，但罗马人还是撑到了驻叙利亚军团抵达。随后，恺撒轻松粉碎了托勒密王朝的反叛：托勒密十三世溺水身亡，他的妹妹，共治者阿尔西诺伊四世后来在克利奥帕特拉授意下被处死。整个埃及落入了克利奥帕特拉七世----换言之也就是恺撒的手中。

在法萨卢斯之战整整一年后，前 47 年夏，恺撒才离开埃及赴小亚细亚。他花了一年多时间处理埃及问题，除了留下同女王的风流韵事和一个私生子（恺撒里昂）之外，更重要的是他借着扶持克利奥帕特拉七世彻底控制了环地中海最富庶的埃及，从而让自己在接下来的战争中再无经济匮乏之忧。

虽然女王登上了法老之位，但恺撒留下了 3 个军团，由一名直接听从他本人的军官而不是元老指挥。自此之后，这种做法成为惯例，后世历任罗马皇帝都会派出一名直属皇帝的骑士统治埃及，并且禁止任何元老在无许可情况下进入埃及。换言之，正是从恺撒开始，罗马世界中最富庶的埃及成为皇帝的私人领地。