科穆宁王朝的真正奠基者是阿力克塞一世。他是伊萨克一世的侄子。1081年，阿力克塞成功地推翻了杜卡斯王朝末帝尼基弗鲁斯三世，继承了皇位，中断了二十多年的科穆宁王朝再次复兴。科穆宁王朝建立之时，拜占庭帝国的国力处于全面下滑阶段，科穆宁王朝的皇帝虽想竭力制止这一情况的扩大，但始终未风成效。国家的衰落也导致了外敌的再次入侵，对帝国构成了严重的威胁。

11世纪初，突厥人的一支----塞尔柱突厥人从中亚迁到锡尔河下游，并南下据有伊朗大部分。1055年，塞尔柱突厥占领巴格达，之后继续向西扩张，攻击拜占庭帝国。1071年，他们占领了小亚细亚大部分地区。与此同时，北欧的诺曼人也开始进攻地中海地区的拜占庭领土。到了11世纪末，拜占庭帝国已经丧失了地中海东部的控制权，变得孱弱不堪。

阿力克塞一世为了驱逐突厥人，向西方的罗马教廷求援。公元1095年，教皇乌尔班二世响应了他的请求，在法兰西中部的克莱蒙一次布道中发起了一个运动，它将改变地中海和欧洲的政治、宗教、经济版图。在他号召下，西欧各国纷纷发起了十字军运动，并于1096年，开始了长达近两百年的十字军东征。

拜占庭帝国在这场声势浩大的战争中得到了喘息之机，在11世纪一度收复了小亚细亚地区的部分领土。然而，十字军的到来使得帝国陷入了另一种困境，这些名义上的救援者并没有他们自己所说的那么友善。科穆宁王朝是拜占庭帝国由鼎盛走向最终衰落的转折时期。1185年，科穆宁王朝末王安德罗尼卡一世被叛军所杀，科穆宁王朝至此结束。同时，十字军运动继续发展，在1204年十字军攻克了君士坦丁堡，并以此地为中心建立了拉丁帝国。

拉丁帝国缺乏稳固的统治基础，希腊人不断反抗拉丁帝国的统治，逐渐形成了与拉丁帝国对抗的三个中心，它们是尼西亚帝国、特拉布松帝国和伊庇鲁斯帝国。经过长期的政治斗争和军事行动，尼西亚帝国于1261年夺回了君士坦丁堡，将拉丁帝国消灭。拉丁帝国短暂的历史至此结束。尼西亚帝国恢复了拜占庭帝国的统治。但是，此时的拜占庭帝国，仅剩下很小的一块领土。所辖区域包括小亚细亚西北部、马其顿部分地区、伯罗奔尼撒半岛以及爱琴海上的一些岛屿。领土面积的减小使得帝国失去了经济支撑，不再是昔日强大而富足的拜占庭了。

1261年，尼西亚帝国国王迈克尔在圣索非亚教堂加冕为拜占庭帝国皇帝，他就是迈克尔八世。巴列奥略王朝统治开始。迈克尔八世死后，奥斯曼人开始崛起，他们不断侵扰拜占庭帝国边境。1301年，奥斯曼领导军队击败拜占庭军队，拜占庭帝国受到了严重的威胁。而此时的拜占庭帝国内却爆发了争夺皇位的内战。内忧外扰之下，拜占庭帝国耗尽了最后的力量。

1342年，拜占庭爆发吉洛特起义。无奈的帝国皇帝只得向奥斯曼帝国求援，拜占庭帝国的统治逐渐走向尾声了。1361年，奥斯曼人攻占亚德里亚堡，切断了君十坦丁堡和巴尔干诸国的联系，打开了进一步入侵的大门。14世纪后期，奥斯曼人不断进攻拜占庭帝国的领地，并于1393年征服了塞尔维亚和保加利亚。帝国处于绝望的形势中。土耳其却在不久后受到了鞑靼人的进攻，引起了混乱，拜占庭帝国才得以稍作喘息。

1448年，奥斯曼帝国发动了对拜占庭帝国的最后一击。君士坦丁十一世向西方国家求援，西方国家给出的答复是需要东正教和基督教合并。虽然皇帝同意了这一条件，但是他的人民表示强烈反对。1453年，奥斯曼帝国兵至君士坦丁堡，围城进攻帝国最后的领土。君士坦丁堡最终陷落，末代皇帝君十坦丁十一世在混战中被杀。君土耳其人将这座城市改名为伊斯坦布尔，作为奥斯曼土耳其国家的首都。拜占庭帝国自此也终于走到了尽头。